pax_global_header00006660000000000000000000000064136310144100014503gustar00rootroot0000000000000052 comment=c668054bb061df36a6ed4ae847969b098266d203 samclip-0.4.0/000077500000000000000000000000001363101441000131345ustar00rootroot00000000000000samclip-0.4.0/.gitignore000066400000000000000000000005321363101441000151240ustar00rootroot00000000000000!Build/ .last_cover_stats /META.yml /META.json /MYMETA.* *.o *.pm.tdy *.bs # Devel::Cover cover_db/ # Devel::NYTProf nytprof.out # Dizt::Zilla /.build/ # Module::Build _build/ Build Build.bat # Module::Install inc/ # ExtUitls::MakeMaker /blib/ /_eumm/ /*.gz /Makefile /Makefile.old /MANIFEST.bak /pm_to_blib /*.zip # samclip *~ /empty.fai samclip-0.4.0/.travis.yml000066400000000000000000000020241363101441000152430ustar00rootroot00000000000000language: perl sudo: false perl: - "5.14" install: - "export PATH=$PWD:$PATH" script: - "! samclip" - "samclip --version" - "samclip --help" - "! samclip --doesnotexist" - "samclip --ref doesnotexist 2>&1 | grep ERROR" - "samclip --ref test.fna 2>&1 | grep ERROR" - "touch empty.fai" - "wc -l test.sam | grep 254" - "grep -c -E '[0-9]+S' test.sam" - "grep -c '>' test.fna | grep '^4$'" - "samclip --ref empty.fai 2>&1 | grep ERROR" - "samclip --ref empty.fai /dev/null 2>&1 | grep 'Found 0 seq'" - "samclip --ref test.fna /dev/null 2>&1 | grep 'Found 4 seq'" - "samclip --ref test.fna < test.sam 2>&1 > /dev/null | grep Done" - "samclip --ref test.fna < test.sam 2>&1 > /dev/null | grep 'Header contained 5 lines'" - "samclip --max 0 --ref test.fna test.sam 2>&1 > /dev/null | grep Done" - "samclip --invert --ref test.fna test.sam 2>&1 > /dev/null | grep Done" - "samclip --progress 50 --ref test.fna test.sam 2>&1 > /dev/null | grep 'Processed 150 records'" samclip-0.4.0/LICENSE000066400000000000000000001045131363101441000141450ustar00rootroot00000000000000 GNU GENERAL PUBLIC LICENSE Version 3, 29 June 2007 Copyright (C) 2007 Free Software Foundation, Inc. Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies of this license document, but changing it is not allowed. Preamble The GNU General Public License is a free, copyleft license for software and other kinds of works. The licenses for most software and other practical works are designed to take away your freedom to share and change the works. By contrast, the GNU General Public License is intended to guarantee your freedom to share and change all versions of a program--to make sure it remains free software for all its users. We, the Free Software Foundation, use the GNU General Public License for most of our software; it applies also to any other work released this way by its authors. You can apply it to your programs, too. When we speak of free software, we are referring to freedom, not price. Our General Public Licenses are designed to make sure that you have the freedom to distribute copies of free software (and charge for them if you wish), that you receive source code or can get it if you want it, that you can change the software or use pieces of it in new free programs, and that you know you can do these things. To protect your rights, we need to prevent others from denying you these rights or asking you to surrender the rights. Therefore, you have certain responsibilities if you distribute copies of the software, or if you modify it: responsibilities to respect the freedom of others. For example, if you distribute copies of such a program, whether gratis or for a fee, you must pass on to the recipients the same freedoms that you received. You must make sure that they, too, receive or can get the source code. And you must show them these terms so they know their rights. Developers that use the GNU GPL protect your rights with two steps: (1) assert copyright on the software, and (2) offer you this License giving you legal permission to copy, distribute and/or modify it. For the developers' and authors' protection, the GPL clearly explains that there is no warranty for this free software. For both users' and authors' sake, the GPL requires that modified versions be marked as changed, so that their problems will not be attributed erroneously to authors of previous versions. Some devices are designed to deny users access to install or run modified versions of the software inside them, although the manufacturer can do so. This is fundamentally incompatible with the aim of protecting users' freedom to change the software. The systematic pattern of such abuse occurs in the area of products for individuals to use, which is precisely where it is most unacceptable. Therefore, we have designed this version of the GPL to prohibit the practice for those products. If such problems arise substantially in other domains, we stand ready to extend this provision to those domains in future versions of the GPL, as needed to protect the freedom of users. Finally, every program is threatened constantly by software patents. States should not allow patents to restrict development and use of software on general-purpose computers, but in those that do, we wish to avoid the special danger that patents applied to a free program could make it effectively proprietary. To prevent this, the GPL assures that patents cannot be used to render the program non-free. The precise terms and conditions for copying, distribution and modification follow. TERMS AND CONDITIONS 0. Definitions. "This License" refers to version 3 of the GNU General Public License. "Copyright" also means copyright-like laws that apply to other kinds of works, such as semiconductor masks. "The Program" refers to any copyrightable work licensed under this License. Each licensee is addressed as "you". "Licensees" and "recipients" may be individuals or organizations. To "modify" a work means to copy from or adapt all or part of the work in a fashion requiring copyright permission, other than the making of an exact copy. The resulting work is called a "modified version" of the earlier work or a work "based on" the earlier work. A "covered work" means either the unmodified Program or a work based on the Program. To "propagate" a work means to do anything with it that, without permission, would make you directly or secondarily liable for infringement under applicable copyright law, except executing it on a computer or modifying a private copy. Propagation includes copying, distribution (with or without modification), making available to the public, and in some countries other activities as well. To "convey" a work means any kind of propagation that enables other parties to make or receive copies. Mere interaction with a user through a computer network, with no transfer of a copy, is not conveying. An interactive user interface displays "Appropriate Legal Notices" to the extent that it includes a convenient and prominently visible feature that (1) displays an appropriate copyright notice, and (2) tells the user that there is no warranty for the work (except to the extent that warranties are provided), that licensees may convey the work under this License, and how to view a copy of this License. If the interface presents a list of user commands or options, such as a menu, a prominent item in the list meets this criterion. 1. Source Code. The "source code" for a work means the preferred form of the work for making modifications to it. "Object code" means any non-source form of a work. A "Standard Interface" means an interface that either is an official standard defined by a recognized standards body, or, in the case of interfaces specified for a particular programming language, one that is widely used among developers working in that language. The "System Libraries" of an executable work include anything, other than the work as a whole, that (a) is included in the normal form of packaging a Major Component, but which is not part of that Major Component, and (b) serves only to enable use of the work with that Major Component, or to implement a Standard Interface for which an implementation is available to the public in source code form. A "Major Component", in this context, means a major essential component (kernel, window system, and so on) of the specific operating system (if any) on which the executable work runs, or a compiler used to produce the work, or an object code interpreter used to run it. The "Corresponding Source" for a work in object code form means all the source code needed to generate, install, and (for an executable work) run the object code and to modify the work, including scripts to control those activities. However, it does not include the work's System Libraries, or general-purpose tools or generally available free programs which are used unmodified in performing those activities but which are not part of the work. For example, Corresponding Source includes interface definition files associated with source files for the work, and the source code for shared libraries and dynamically linked subprograms that the work is specifically designed to require, such as by intimate data communication or control flow between those subprograms and other parts of the work. The Corresponding Source need not include anything that users can regenerate automatically from other parts of the Corresponding Source. The Corresponding Source for a work in source code form is that same work. 2. Basic Permissions. All rights granted under this License are granted for the term of copyright on the Program, and are irrevocable provided the stated conditions are met. This License explicitly affirms your unlimited permission to run the unmodified Program. The output from running a covered work is covered by this License only if the output, given its content, constitutes a covered work. This License acknowledges your rights of fair use or other equivalent, as provided by copyright law. You may make, run and propagate covered works that you do not convey, without conditions so long as your license otherwise remains in force. You may convey covered works to others for the sole purpose of having them make modifications exclusively for you, or provide you with facilities for running those works, provided that you comply with the terms of this License in conveying all material for which you do not control copyright. Those thus making or running the covered works for you must do so exclusively on your behalf, under your direction and control, on terms that prohibit them from making any copies of your copyrighted material outside their relationship with you. Conveying under any other circumstances is permitted solely under the conditions stated below. Sublicensing is not allowed; section 10 makes it unnecessary. 3. Protecting Users' Legal Rights From Anti-Circumvention Law. No covered work shall be deemed part of an effective technological measure under any applicable law fulfilling obligations under article 11 of the WIPO copyright treaty adopted on 20 December 1996, or similar laws prohibiting or restricting circumvention of such measures. When you convey a covered work, you waive any legal power to forbid circumvention of technological measures to the extent such circumvention is effected by exercising rights under this License with respect to the covered work, and you disclaim any intention to limit operation or modification of the work as a means of enforcing, against the work's users, your or third parties' legal rights to forbid circumvention of technological measures. 4. Conveying Verbatim Copies. You may convey verbatim copies of the Program's source code as you receive it, in any medium, provided that you conspicuously and appropriately publish on each copy an appropriate copyright notice; keep intact all notices stating that this License and any non-permissive terms added in accord with section 7 apply to the code; keep intact all notices of the absence of any warranty; and give all recipients a copy of this License along with the Program. You may charge any price or no price for each copy that you convey, and you may offer support or warranty protection for a fee. 5. Conveying Modified Source Versions. You may convey a work based on the Program, or the modifications to produce it from the Program, in the form of source code under the terms of section 4, provided that you also meet all of these conditions: a) The work must carry prominent notices stating that you modified it, and giving a relevant date. b) The work must carry prominent notices stating that it is released under this License and any conditions added under section 7. This requirement modifies the requirement in section 4 to "keep intact all notices". c) You must license the entire work, as a whole, under this License to anyone who comes into possession of a copy. This License will therefore apply, along with any applicable section 7 additional terms, to the whole of the work, and all its parts, regardless of how they are packaged. This License gives no permission to license the work in any other way, but it does not invalidate such permission if you have separately received it. d) If the work has interactive user interfaces, each must display Appropriate Legal Notices; however, if the Program has interactive interfaces that do not display Appropriate Legal Notices, your work need not make them do so. A compilation of a covered work with other separate and independent works, which are not by their nature extensions of the covered work, and which are not combined with it such as to form a larger program, in or on a volume of a storage or distribution medium, is called an "aggregate" if the compilation and its resulting copyright are not used to limit the access or legal rights of the compilation's users beyond what the individual works permit. Inclusion of a covered work in an aggregate does not cause this License to apply to the other parts of the aggregate. 6. Conveying Non-Source Forms. You may convey a covered work in object code form under the terms of sections 4 and 5, provided that you also convey the machine-readable Corresponding Source under the terms of this License, in one of these ways: a) Convey the object code in, or embodied in, a physical product (including a physical distribution medium), accompanied by the Corresponding Source fixed on a durable physical medium customarily used for software interchange. b) Convey the object code in, or embodied in, a physical product (including a physical distribution medium), accompanied by a written offer, valid for at least three years and valid for as long as you offer spare parts or customer support for that product model, to give anyone who possesses the object code either (1) a copy of the Corresponding Source for all the software in the product that is covered by this License, on a durable physical medium customarily used for software interchange, for a price no more than your reasonable cost of physically performing this conveying of source, or (2) access to copy the Corresponding Source from a network server at no charge. c) Convey individual copies of the object code with a copy of the written offer to provide the Corresponding Source. This alternative is allowed only occasionally and noncommercially, and only if you received the object code with such an offer, in accord with subsection 6b. d) Convey the object code by offering access from a designated place (gratis or for a charge), and offer equivalent access to the Corresponding Source in the same way through the same place at no further charge. You need not require recipients to copy the Corresponding Source along with the object code. If the place to copy the object code is a network server, the Corresponding Source may be on a different server (operated by you or a third party) that supports equivalent copying facilities, provided you maintain clear directions next to the object code saying where to find the Corresponding Source. Regardless of what server hosts the Corresponding Source, you remain obligated to ensure that it is available for as long as needed to satisfy these requirements. e) Convey the object code using peer-to-peer transmission, provided you inform other peers where the object code and Corresponding Source of the work are being offered to the general public at no charge under subsection 6d. A separable portion of the object code, whose source code is excluded from the Corresponding Source as a System Library, need not be included in conveying the object code work. A "User Product" is either (1) a "consumer product", which means any tangible personal property which is normally used for personal, family, or household purposes, or (2) anything designed or sold for incorporation into a dwelling. In determining whether a product is a consumer product, doubtful cases shall be resolved in favor of coverage. For a particular product received by a particular user, "normally used" refers to a typical or common use of that class of product, regardless of the status of the particular user or of the way in which the particular user actually uses, or expects or is expected to use, the product. A product is a consumer product regardless of whether the product has substantial commercial, industrial or non-consumer uses, unless such uses represent the only significant mode of use of the product. "Installation Information" for a User Product means any methods, procedures, authorization keys, or other information required to install and execute modified versions of a covered work in that User Product from a modified version of its Corresponding Source. The information must suffice to ensure that the continued functioning of the modified object code is in no case prevented or interfered with solely because modification has been made. If you convey an object code work under this section in, or with, or specifically for use in, a User Product, and the conveying occurs as part of a transaction in which the right of possession and use of the User Product is transferred to the recipient in perpetuity or for a fixed term (regardless of how the transaction is characterized), the Corresponding Source conveyed under this section must be accompanied by the Installation Information. But this requirement does not apply if neither you nor any third party retains the ability to install modified object code on the User Product (for example, the work has been installed in ROM). The requirement to provide Installation Information does not include a requirement to continue to provide support service, warranty, or updates for a work that has been modified or installed by the recipient, or for the User Product in which it has been modified or installed. Access to a network may be denied when the modification itself materially and adversely affects the operation of the network or violates the rules and protocols for communication across the network. Corresponding Source conveyed, and Installation Information provided, in accord with this section must be in a format that is publicly documented (and with an implementation available to the public in source code form), and must require no special password or key for unpacking, reading or copying. 7. Additional Terms. "Additional permissions" are terms that supplement the terms of this License by making exceptions from one or more of its conditions. Additional permissions that are applicable to the entire Program shall be treated as though they were included in this License, to the extent that they are valid under applicable law. If additional permissions apply only to part of the Program, that part may be used separately under those permissions, but the entire Program remains governed by this License without regard to the additional permissions. When you convey a copy of a covered work, you may at your option remove any additional permissions from that copy, or from any part of it. (Additional permissions may be written to require their own removal in certain cases when you modify the work.) You may place additional permissions on material, added by you to a covered work, for which you have or can give appropriate copyright permission. Notwithstanding any other provision of this License, for material you add to a covered work, you may (if authorized by the copyright holders of that material) supplement the terms of this License with terms: a) Disclaiming warranty or limiting liability differently from the terms of sections 15 and 16 of this License; or b) Requiring preservation of specified reasonable legal notices or author attributions in that material or in the Appropriate Legal Notices displayed by works containing it; or c) Prohibiting misrepresentation of the origin of that material, or requiring that modified versions of such material be marked in reasonable ways as different from the original version; or d) Limiting the use for publicity purposes of names of licensors or authors of the material; or e) Declining to grant rights under trademark law for use of some trade names, trademarks, or service marks; or f) Requiring indemnification of licensors and authors of that material by anyone who conveys the material (or modified versions of it) with contractual assumptions of liability to the recipient, for any liability that these contractual assumptions directly impose on those licensors and authors. All other non-permissive additional terms are considered "further restrictions" within the meaning of section 10. If the Program as you received it, or any part of it, contains a notice stating that it is governed by this License along with a term that is a further restriction, you may remove that term. If a license document contains a further restriction but permits relicensing or conveying under this License, you may add to a covered work material governed by the terms of that license document, provided that the further restriction does not survive such relicensing or conveying. If you add terms to a covered work in accord with this section, you must place, in the relevant source files, a statement of the additional terms that apply to those files, or a notice indicating where to find the applicable terms. Additional terms, permissive or non-permissive, may be stated in the form of a separately written license, or stated as exceptions; the above requirements apply either way. 8. Termination. You may not propagate or modify a covered work except as expressly provided under this License. Any attempt otherwise to propagate or modify it is void, and will automatically terminate your rights under this License (including any patent licenses granted under the third paragraph of section 11). However, if you cease all violation of this License, then your license from a particular copyright holder is reinstated (a) provisionally, unless and until the copyright holder explicitly and finally terminates your license, and (b) permanently, if the copyright holder fails to notify you of the violation by some reasonable means prior to 60 days after the cessation. Moreover, your license from a particular copyright holder is reinstated permanently if the copyright holder notifies you of the violation by some reasonable means, this is the first time you have received notice of violation of this License (for any work) from that copyright holder, and you cure the violation prior to 30 days after your receipt of the notice. Termination of your rights under this section does not terminate the licenses of parties who have received copies or rights from you under this License. If your rights have been terminated and not permanently reinstated, you do not qualify to receive new licenses for the same material under section 10. 9. Acceptance Not Required for Having Copies. You are not required to accept this License in order to receive or run a copy of the Program. Ancillary propagation of a covered work occurring solely as a consequence of using peer-to-peer transmission to receive a copy likewise does not require acceptance. However, nothing other than this License grants you permission to propagate or modify any covered work. These actions infringe copyright if you do not accept this License. Therefore, by modifying or propagating a covered work, you indicate your acceptance of this License to do so. 10. Automatic Licensing of Downstream Recipients. Each time you convey a covered work, the recipient automatically receives a license from the original licensors, to run, modify and propagate that work, subject to this License. You are not responsible for enforcing compliance by third parties with this License. An "entity transaction" is a transaction transferring control of an organization, or substantially all assets of one, or subdividing an organization, or merging organizations. If propagation of a covered work results from an entity transaction, each party to that transaction who receives a copy of the work also receives whatever licenses to the work the party's predecessor in interest had or could give under the previous paragraph, plus a right to possession of the Corresponding Source of the work from the predecessor in interest, if the predecessor has it or can get it with reasonable efforts. You may not impose any further restrictions on the exercise of the rights granted or affirmed under this License. For example, you may not impose a license fee, royalty, or other charge for exercise of rights granted under this License, and you may not initiate litigation (including a cross-claim or counterclaim in a lawsuit) alleging that any patent claim is infringed by making, using, selling, offering for sale, or importing the Program or any portion of it. 11. Patents. A "contributor" is a copyright holder who authorizes use under this License of the Program or a work on which the Program is based. The work thus licensed is called the contributor's "contributor version". A contributor's "essential patent claims" are all patent claims owned or controlled by the contributor, whether already acquired or hereafter acquired, that would be infringed by some manner, permitted by this License, of making, using, or selling its contributor version, but do not include claims that would be infringed only as a consequence of further modification of the contributor version. For purposes of this definition, "control" includes the right to grant patent sublicenses in a manner consistent with the requirements of this License. Each contributor grants you a non-exclusive, worldwide, royalty-free patent license under the contributor's essential patent claims, to make, use, sell, offer for sale, import and otherwise run, modify and propagate the contents of its contributor version. In the following three paragraphs, a "patent license" is any express agreement or commitment, however denominated, not to enforce a patent (such as an express permission to practice a patent or covenant not to sue for patent infringement). To "grant" such a patent license to a party means to make such an agreement or commitment not to enforce a patent against the party. If you convey a covered work, knowingly relying on a patent license, and the Corresponding Source of the work is not available for anyone to copy, free of charge and under the terms of this License, through a publicly available network server or other readily accessible means, then you must either (1) cause the Corresponding Source to be so available, or (2) arrange to deprive yourself of the benefit of the patent license for this particular work, or (3) arrange, in a manner consistent with the requirements of this License, to extend the patent license to downstream recipients. "Knowingly relying" means you have actual knowledge that, but for the patent license, your conveying the covered work in a country, or your recipient's use of the covered work in a country, would infringe one or more identifiable patents in that country that you have reason to believe are valid. If, pursuant to or in connection with a single transaction or arrangement, you convey, or propagate by procuring conveyance of, a covered work, and grant a patent license to some of the parties receiving the covered work authorizing them to use, propagate, modify or convey a specific copy of the covered work, then the patent license you grant is automatically extended to all recipients of the covered work and works based on it. A patent license is "discriminatory" if it does not include within the scope of its coverage, prohibits the exercise of, or is conditioned on the non-exercise of one or more of the rights that are specifically granted under this License. You may not convey a covered work if you are a party to an arrangement with a third party that is in the business of distributing software, under which you make payment to the third party based on the extent of your activity of conveying the work, and under which the third party grants, to any of the parties who would receive the covered work from you, a discriminatory patent license (a) in connection with copies of the covered work conveyed by you (or copies made from those copies), or (b) primarily for and in connection with specific products or compilations that contain the covered work, unless you entered into that arrangement, or that patent license was granted, prior to 28 March 2007. Nothing in this License shall be construed as excluding or limiting any implied license or other defenses to infringement that may otherwise be available to you under applicable patent law. 12. No Surrender of Others' Freedom. If conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not excuse you from the conditions of this License. If you cannot convey a covered work so as to satisfy simultaneously your obligations under this License and any other pertinent obligations, then as a consequence you may not convey it at all. For example, if you agree to terms that obligate you to collect a royalty for further conveying from those to whom you convey the Program, the only way you could satisfy both those terms and this License would be to refrain entirely from conveying the Program. 13. Use with the GNU Affero General Public License. Notwithstanding any other provision of this License, you have permission to link or combine any covered work with a work licensed under version 3 of the GNU Affero General Public License into a single combined work, and to convey the resulting work. The terms of this License will continue to apply to the part which is the covered work, but the special requirements of the GNU Affero General Public License, section 13, concerning interaction through a network will apply to the combination as such. 14. Revised Versions of this License. The Free Software Foundation may publish revised and/or new versions of the GNU General Public License from time to time. Such new versions will be similar in spirit to the present version, but may differ in detail to address new problems or concerns. Each version is given a distinguishing version number. If the Program specifies that a certain numbered version of the GNU General Public License "or any later version" applies to it, you have the option of following the terms and conditions either of that numbered version or of any later version published by the Free Software Foundation. If the Program does not specify a version number of the GNU General Public License, you may choose any version ever published by the Free Software Foundation. If the Program specifies that a proxy can decide which future versions of the GNU General Public License can be used, that proxy's public statement of acceptance of a version permanently authorizes you to choose that version for the Program. Later license versions may give you additional or different permissions. However, no additional obligations are imposed on any author or copyright holder as a result of your choosing to follow a later version. 15. Disclaimer of Warranty. THERE IS NO WARRANTY FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW. EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES PROVIDE THE PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM IS WITH YOU. SHOULD THE PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION. 16. Limitation of Liability. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MODIFIES AND/OR CONVEYS THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES, INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER PROGRAMS), EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGES. 17. Interpretation of Sections 15 and 16. If the disclaimer of warranty and limitation of liability provided above cannot be given local legal effect according to their terms, reviewing courts shall apply local law that most closely approximates an absolute waiver of all civil liability in connection with the Program, unless a warranty or assumption of liability accompanies a copy of the Program in return for a fee. END OF TERMS AND CONDITIONS How to Apply These Terms to Your New Programs If you develop a new program, and you want it to be of the greatest possible use to the public, the best way to achieve this is to make it free software which everyone can redistribute and change under these terms. To do so, attach the following notices to the program. It is safest to attach them to the start of each source file to most effectively state the exclusion of warranty; and each file should have at least the "copyright" line and a pointer to where the full notice is found. Copyright (C) This program is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version. This program is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License for more details. You should have received a copy of the GNU General Public License along with this program. If not, see . Also add information on how to contact you by electronic and paper mail. If the program does terminal interaction, make it output a short notice like this when it starts in an interactive mode: Copyright (C) This program comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details type `show w'. This is free software, and you are welcome to redistribute it under certain conditions; type `show c' for details. The hypothetical commands `show w' and `show c' should show the appropriate parts of the General Public License. Of course, your program's commands might be different; for a GUI interface, you would use an "about box". You should also get your employer (if you work as a programmer) or school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the program, if necessary. For more information on this, and how to apply and follow the GNU GPL, see . The GNU General Public License does not permit incorporating your program into proprietary programs. If your program is a subroutine library, you may consider it more useful to permit linking proprietary applications with the library. If this is what you want to do, use the GNU Lesser General Public License instead of this License. But first, please read . samclip-0.4.0/README.md000066400000000000000000000106561363101441000144230ustar00rootroot00000000000000[![Build Status](https://travis-ci.org/tseemann/samclip.svg?branch=master)](https://travis-ci.org/tseemann/samclip) [![License: GPL v3](https://img.shields.io/badge/License-GPL%20v3-blue.svg)](https://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0) # samclip Filter SAM file for soft and hard clipped alignments ## Introduction Most short read aligners perform [*local alignment*](https://en.wikipedia.org/wiki/Sequence_alignment#Global_and_local_alignments) of reads to the reference genome. Examples includes `bwa mem`, `minimap2`, and `bowtie2` (unless in `--end-to-end` mode). This means the *ends* of the read may not be part of the best alignment. This can be caused by: * adapter sequences (aren't in the reference) * poor quality bases (mismatches only make the alignment score worse) * structural variation in your sample compared to the reference * reads overlapping the start and end of contigs (including circular genomes) Read aligners output a [SAM file](https://en.wikipedia.org/wiki/SAM_(file_format)). Column 6 in this format stores the [CIGAR string](https://www.drive5.com/usearch/manual/cigar.html). which describes which parts of the read aligned and which didn't. The unaligned ends of the read can be "soft" or "hard" clipped, denoted with `S` and `H` at each end of the CIGAR string. It is possible for both types to be present, but that is not common. Soft and hard don't mean anything biologically, they just refer to whether the full read sequence is in the SAM file or not. Some examples of a 100bp aligned read: * `100M` - the read is fully aligned * `30S70M` - soft clipped 30 bp on left end, followed by 70 aligned bp. * `95M5H` - 95 aligned bp, followed by 5 bp unaligned (hard clipped). * `25S40M35S` - only the middle 40bp of the read aligned ## Motivation One may wish to remove these alignments to avoid downstream problems. In particular, `samclip` was designed to remove clipped alignments to improve variant calling, by removing suspicious local aligments causing false positives near structural variation. However, it does keep them if they hit the ends of contigs, which is particularly important given the lower coverage often observed at those locations. ## Installation `samclip` has no dependencies except [Perl 5.10](https://www.perl.org/) or higher. It only uses core modules, so no CPAN needed. ### Direct script download ``` % cd /usr/local/bin # choose a folder in your $PATH % wget https://raw.githubusercontent.com/tseemann/samclip/master/samclip % chmod +x samclip ``` ### Homebrew ``` % brew install brewsci/bio/samclip ``` ### Conda ``` % conda install -c bioconda -c conda-forge samclip ``` ### Github ``` % git clone https://github.com/tseemann/samclip.git % cp samclip/samclip /usr/local/bin # choose a folder in your $PATH ``` ## Test Installation ``` % ./samclip --version samclip 0.2 % ./samclip --help SYNOPSIS Filter SAM file for soft & hard clipped alignments AUTHOR Torsten Seemann (@torstenseemann) USAGE % samclip --ref ref.fa < in.sam > out.sam % minimap2 ref.fa R1.fq R2.fq | samclip --ref ref.fa | samtools sort > out.bam OPTIONS --help This help --version Print version and exit --ref FASTA Reference genome - needs FASTA.fai index --max NUM Maximum clip length to allow (default=5) --invert Output rejected SAM lines and ignore good ones --debug Print verbose debug info to stderr --progress N Print progress every NUM records (default=100000,none=0) HOMEPAGE https://github.com/tseemann/samclip ``` ## Examples ``` % samclip --ref ref.fa < in.sam > out.sam % samclip --ref ref.fa in1.sam in2.sam > out.sam # the -h is to emsure the SAM header is included % samtools view -h in.bam | samclip --ref ref.fa | samtools sort > out.bam % bwa mem ref.fa R1.fq R2.fq | samclip --ref ref.fa | samtools sort > out.bam ``` ## Options * `--ref FILE` should be a FASTA file indexed with `samtools faidx FILE` * `--max INTEGER` is the maximum soft+hard clipping to allow, use 0 to reject all bar contig edges * `--invert` will output the records that would have clipped and discard the good ones * `--progress N` will print a progress message every N records it processes, use 0 to disable * `--debug` is verbose debugging information for testing purposes ## Issues Submit feedback to the [Issue Tracker](https://github.com/tseemann/samclip/issues) ## License [GPL v3](https://raw.githubusercontent.com/tseemann/samclip/master/LICENSE) ## Author [Torsten Seemann](http://tseemann.github.io/) samclip-0.4.0/samclip000077500000000000000000000121171363101441000145140ustar00rootroot00000000000000#!/usr/bin/env perl use strict; use warnings; use Getopt::Long; use File::Basename; use Data::Dumper; #---------------------------------------------------------------------- # the sitch # 1 6 11 16 21 26 30 # contig: NNNNN NNNNN NNNNN NNNNN NNNNN NNNNN # # 11,20,+ 10M xxxxx xxxxx # 11,20,+ 6M4S xxxxx x---- # 11,20,+ 4S6M ----x xxxxx # 11,20,+ 3S5M2S ---xx xxx-- #---------------------------------------------------------------------- # globals my $EXE = basename($0); my $VERSION = "0.4.0"; my $AUTHOR = 'Torsten Seemann (@torstenseemann)'; my $HOMEPAGE = "https://github.com/tseemann/samclip"; # SAM file TSV columns use constant { SAM_RNAME => 2, SAM_POS => 3, SAM_CIGAR => 5, SAM_TLEN => 8, SAM_SEQ => 9, }; #---------------------------------------------------------------------- # command line parameters my $max = 5; my $ref = ''; my $invert = 0; my $debug = 0; my $progress = 100_000; #---------------------------------------------------------------------- sub usage { my($exitcode) = @_; $exitcode=0 if !defined($exitcode) or $exitcode eq 'help'; my $fh = $exitcode ? \*STDERR : \*STDOUT; print $fh "SYNOPSIS\n Filter SAM file for soft & hard clipped alignments\n", "AUTHOR\n $AUTHOR\n", "USAGE\n", " % samclip --ref ref.fa < in.sam > out.sam\n", " % minimap2 ref.fa R1.fq R2.fq | samclip --ref ref.fa | samtools sort > out.bam\n", "OPTIONS\n", " --help This help\n", " --version Print version and exit\n", " --ref FASTA Reference genome - needs FASTA.fai index\n", " --max NUM Maximum clip length to allow (default=$max)\n", " --invert Output rejected SAM lines and ignore good ones\n", " --debug Print verbose debug info to stderr\n", " --progress N Print progress every NUM records (default=$progress,none=0)\n", "HOMEPAGE\n $HOMEPAGE\n", ""; exit($exitcode); } #---------------------------------------------------------------------- # getopts @ARGV or usage(1); GetOptions( "help" => \&usage, "version" => \&version, "ref=s" => \$ref, "max=i" => \$max, "invert" => \$invert, "debug" => \$debug, "progress=i" => \$progress, ) or usage(1); $ref or err("Please supply reference genome with --ref"); $max >= 0 or err("Please supply --max >= 0"); $ref .= ".fai" unless $ref =~ m/\.fai$/; -r $ref or err("Can't see '$ref' index. Run 'samtools faidx $ref' ?"); !@ARGV and -t STDIN and err("Please provide or pipe a SAM file to $EXE"); #---------------------------------------------------------------------- # main msg("$EXE $VERSION by $AUTHOR"); # get a hash of { seqname => length } msg("Loading: $ref"); my $len = fai_to_dict($ref); msg(Dumper($len)) if $debug; msg("Found", scalar keys %$len, "sequences in $ref"); my $total=0; my $removed=0; my $kept=0; my $header=0; # read SAM one line ar a time while (my $line = ) { # SAM header if ($line =~ m/^@/) { print $line; $header++; next; } $total++; msg("Processed $total records...") if $progress and $total % $progress == 0; my @sam = split m/\t/, $line; # do a quick 'clipped?' check before heavyweight parsing if ($sam[SAM_CIGAR] =~ /\d[SH]/) { my($HL, $SL, undef, $SR, $HR) = ($sam[5] =~ m/ ^ (?:(\d+)H)? (?:(\d+)S)? (.*?) (?:(\d+)S)? (?:(\d+)H)? $/x); $HL ||= 0; $SL ||= 0; $SR ||= 0; $HR ||= 0; # if either end is clipped more than --max allowed, then remove it # unless it is at a contig end my $start = $sam[SAM_POS]; my $end = $start + length($sam[SAM_SEQ]) - 1; my $contiglen = $len->{$sam[SAM_RNAME]} or err("Reference", $sam[SAM_RNAME], "not in '$ref'"); my $L = $HL + $SL; my $R = $HR + $SR; $L = 0 if $start <= 1+$L; $R = 0 if $end >= $contiglen-$R; my $info = $debug ? "CHROM=$sam[SAM_RNAME]:1..$contiglen POS=$start..$end CIGAR=$sam[SAM_CIGAR] L=$L R=$R | HL=$HL SL=$SL SR=$SR HR=$HR max=$max)" : "need --debug"; if ($L > $max or $R > $max) { msg("BAD! $info") if $debug; $removed++; next; } msg("GOOD $info") if $debug; # otherwise pass through untouched print $line if $invert; $kept++; } print $line unless $invert; } # stats msg("Total SAM records $total, removed $removed, allowed $kept, passed", $total-$removed); msg("Header contained $header lines"); msg("Done."); #---------------------------------------------------------------------- sub fai_to_dict { my($fname) = @_; open my $fai, '<', $fname or err("Can't read FAI '$fname'"); my $len = {}; while (<$fai>) { my($name, $bp) = split m/\t/; $len->{$name} = $bp; } close $fai; return $len; } #---------------------------------------------------------------------- sub version { print "$EXE $VERSION\n"; exit(0); } #---------------------------------------------------------------------- sub msg { print STDERR "[$EXE] @_\n"; } #---------------------------------------------------------------------- sub err { msg("ERROR:", @_); exit(1); } samclip-0.4.0/test.fna000066400000000000000000000125771363101441000146150ustar00rootroot00000000000000>contig01 GAGTTTTATCGCTTCCATGACGCAGAAGTTAACACTTTCGGATATTTCTGATGAGTCGAAAAATTATCTT GATAAAGCAGGAATTACTACTGCTTGTTTACGAATTAAATCGAAGTGGACTGCTGGCGGAAAATGAGAAA ATTCGACCTATCCTTGCGCAGCTCGAGAAGCTCTTACTTTGCGACCTTTCGCCATCAACTAACGATTCTG TCAAAAACTGACGCGTTGGATGAGGAGAAGTGGCTTAATATGCTTGGCACGTTCGTCAAGGACTGGTTTA GATATGAGTCACATTTTGTTCATGGTAGAGATTCTCTTGTTGACATTTTAAAAGAGCGTGGATTACTATC TGAGTCCGATGCTGTTCAACCACTAATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTT TCCAGACCGCTTTGGCCTCTATTAAGCTCATTCAGGCTTCTGCCGTTTTGGATTTAACCGAAGATGATTT CGATTTTCTGACGAGTAACAAAGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTGCTCGTCGCTGCGTTGAGGCT >contig02 TGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTGGGATACCCTCGCTTTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATTGCTGCCG TCATTGCTTATTATGTTCATCCCGTCAACATTCAAACGGCCTGTCTCATCATGGAAGGCGCTGAATTTAC GGAAAACATTATTAATGGCGTCGAGCGTCCGGTTAAAGCCGCTGAATTGTTCGCGTTTACCTTGCGTGTA CGCGCAGGAAACACTGACGTTCTTACTGACGCAGAAGAAAACGTGCGTCAAAAATTACGTGCGGAAGGAG TGATGTAATGTCTAAAGGTAAAAAACGTTCTGGCGCTCGCCCTGGTCGTCCGCAGCCGTTGCGAGGTACT AAAGGCAAGCGTAAAGGCGCTCGTCTTTGGTATGTAGGTGGTCAACAATTTTAATTGCAGGGGCTTCGGC CCCTTACTTGAGGATAAATTATGTCTAATATTCAAACTGGCGCCGAGCGTATGCCGCATGACCTTTCCCA TCTTGGCTTCCTTGCTGGTCAGATTGGTCGTCTTATTACCATTTCAACTACTCCGGTTATCGCTGGCGAC TCCTTCGAGATGGACGCCGTTGGCGCTCTCCGTCTTTCTCCATTGCGTCGTGGCCTTGCTATTGACTCTA CTGTAGACATTTTTACTTTTTATGTCCCTCATCGTCACGTTTATGGTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAA GGATGGTGTTAATGCCACTCCTCTCCCGACTGTTAACACTACTGGTTATATTGACCATGCCGCTTTTCTT GGCACGATTAACCCTGATACCAATAAAATCCCTAAGCATTTGTTTCAGGGTTATTTGAATATCTATAACA ACTATTTTAAAGCGCCGTGGATGCCTGACCGTACCGAGGCTAACCCTAATGAGCTTAATCAAGATGATGC TCGTTATGGTTTCCGTTGCTGCCATCTCAAAAACATTTGGACTGCTCCGCTTCCTCCTGAGACTGAGCTT TCTCGCCAAATGACGACTTCTACCACATCTATTGACATTATGGGTCTGCAAGCTGCTTATGCTAATTTGC ATACTGACCAAGAACGTGATTACTTCATGCAGCGTTACCATGATGTTATTTCTTCATTTGGAGGTAAAAC CTCTTATGACGCTGACAACCGTCCTTTACTTGTCATGCGCTCTAATCTCTGGGCATCTGGCTATGATGTT GATGGAACTGACCAAACGTCGTTAGGCCAGTTTTCTGGTCGTGTTCAACAGACCTATAAACATTCTGTGC CGCGTTTCTTTGTTCCTGAGCATGGCACTATGTTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGAC TAAAGAGATTCAGTACCTTAACGCTAAAGGTGCTTTGACTTATACCGATATTGCTGGCGACCCTGTTTTG TATGGCAACTTGCCGCCGCGTGAAATTTCTATGAAGGATGTTTTCCGTTCTGGTGATTCGTCTAAGAAGT TTAAGATTGCTGAGGGTCAGTGGTATCGTTATGCGCCTTCGTATGTTTCTCCTGCTTATCACCTTCTTGA AGGCTTCCCATTCATTCAGGAACCGCCTTCTGGTGATTTGCAAGAACGCGTACTTATTCGCCACCATGAT >contig03 TATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGAATAGTCAGGTTAAATTTAATGTGACCGTTT ATCGCAATCTGCCGACCACTCGCGATTCAATCATGACTTCGTGATAAAAGATTGAGTGTGAGGTTATAAC GCCGAAGCGGTAAAAATTTTAATTTTTGCCGCTGAGGGGTTGACCAAGCGAAGCGCGGTAGGTTTTCTGC TTAGGAGTTTAATCATGTTTCAGACTTTTATTTCTCGCCATAATTCAAACTTTTTTTCTGATAAGCTGGT TCTCACTTCTGTTACTCCAGCTTCTTCGGCACCTGTTTTACAGACACCTAAAGCTACATCGTCAACGTTA TATTTTGATAGTTTGACGGTTAATGCTGGTAATGGTGGTTTTCTTCATTGCATTCAGATGGATACATCTG TCAACGCCGCTAATCAGGTTGTTTCTGTTGGTGCTGATATTGCTTTTGATGCCGACCCTAAATTTTTTGC CTGTTTGGTTCGCTTTGAGTCTTCTTCGGTTCCGACTACCCTCCCGACTGCCTATGATGTTTATCCTTTG AATGGTCGCCATGATGGTGGTTATTATACCGTCAAGGACTGTGTGACTATTGACGTCCTTCCCCGTACGC CGGGCAATAACGTTTATGTTGGTTTCATGGTTTGGTCTAACTTTACCGCTACTAAATGCCGCGGATTGGT TTCGCTGAATCAGGTTATTAAAGAGATTATTTGTCTCCAGCCACTTAAGTGAGGTGATTTATGTTTGGTG CTATTGCTGGCGGTATTGCTTCTGCTCTTGCTGGTGGCGCCATGTCTAAATTGTTTGGAGGCGGTCAAAA AGCCGCCTCCGGTGGCATTCAAGGTGATGTGCTTGCTACCGATAACAATACTGTAGGCATGGGTGATGCT GGTATTAAATCTGCCATTCAAGGCTCTAATGTTCCTAACCCTGATGAGGCCGCCCCTAGTTTTGTTTCTG GTGCTATGGCTAAAGCTGGTAAAGGACTTCTTGAAGGTACGTTGCAGGCTGGCACTTCTGCCGTTTCTGA TAAGTTGCTTGATTTGGTTGGACTTGGTGGCAAGTCTGCCGCTGATAAAGGAAAGGATACTCGTGATTAT CTTGCTGCTGCATTTCCTGAGCTTAATGCTTGGGAGCGTGCTGGTGCTGATGCTTCCTCTGCTGGTATGG TTGACGCCGGATTTGAGAATCAAAAAGAGCTTACTAAAATGCAACTGGACAATCAGAAAGAGATTGCCGA GATGCAAAATGAGACTCAAAAAGAGATTGCTGGCATTCAGTCGGCGACTTCACGCCAGAATACGAAAGAC CAGGTATATGCACAAAATGAGATGCTTGCTTATCAACAGAAGGAGTCTACTGCTCGCGTTGCGTCTATTA TGGAAAACACCAATCTTTCCAAGCAACAGCAGGTTTCCGAGATTATGCGCCAAATGCTTACTCAAGCTCA AACGGCTGGTCAGTATTTTACCAATGACCAAATCAAAGAAATGACTCGCAAGGTTAGTGCTGAGGTTGAC TTAGTTCATCAGCAAACGCAGAATCAGCGGTATGGCTCTTCTCATATTGGCGCTACTGCAAAGGATATTT CTAATGTCGTCACTGATGCTGCTTCTGGTGTGGTTGATATTTTTCATGGTATTGATAAAGCTGTTGCCGA TACTTGGAACAATTTCTGGAAAGACGGTAAAGCTGATGGTATTGGCTCTAATTTGTCTAGGAAATAACCG TCAGGATTGACACCCTCCCAATTGTATGTTTTCATGCCTCCAAATCTTGGAGGCTTTTTTATGGTTCGTT CTTATTACCCTTCTGAATGTCACGCTGATTATTTTGACTTTGAGCGTATCGAGGCTCTTAAACCTGCTAT TGAGGCTTGTGGCATTTCTACTCTTTCTCAATCCCCAATGCTTGGCTTCCATAAGCAGATGGATAACCGC ATCAAGCTCTTGGAAGAGATTCTGTCTTTTCGTATGCAGGGCGTTGAGTTCGATAATGGTGATATGTATG TTGACGGCCATAAGGCTGCTTCTGACGTTCGTGATGAGTTTGTATCTGTTACTGAGAAGTTAATGGATGA ATTGGCACAATGCTACAATGTGCTCCCCCAACTTGATATTAATAACACTATAGACCACCGCCCCGAAGGG GACGAAAAATGGTTTTTAGAGAACGAGAAGACGGTTACGCAGTTTTGCCGCAAGCTGGCTGCTGAACGCC CTCTTAAGGATATTCGCGATGAGTATAATTACCCCAAAAAGAAAGGTATTAAGGATGAGTGTTCAAGATT >contig04 GCTGGAGGCCTCCACTATGAAATCGCGTAGAGGCTTTGCTATTCAGCGTTTGATGAATGCAATGCGACAG GCTCATGCTGATGGTTGGTTTATCGTTTTTGACACTCTCACGTTGGCTGACGACCGATTAGAGGCGTTTT ATGATAATCCCAATGCTTTGCGTGACTATTTTCGTGATATTGGTCGTATGGTTCTTGCTGCCGAGGGTCG CAAGGCTAATGATTCACACGCCGACTGCTATCAGTATTTTTGTGTGCCTGAGTATGGTACAGCTAATGGC CGTCTTCATTTCCATGCGGTGCACTTTATGCGGACACTTCCTACAGGTAGCGTTGACCCTAATTTTGGTC GTCGGGTACGCAATCGCCGCCAGTTAAATAGCTTGCAAAATACGTGGCCTTATGGTTACAGTATGCCCAT CGCAGTTCGCTACACGCAGGACGCTTTTTCACGTTCTGGTTGGTTGTGGCCTGTTGATGCTAAAGGTGAG CCGCTTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGTTGGTTTCTATGTGGCTAAATACGTTAACAAAAAGTCAGATA TGGACCTTGCTGCTAAAGGTCTAGGAGCTAAAGAATGGAACAACTCACTAAAAACCAAGCTGTCGCTACT TCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAATGAGCCGCAACTTCGGGATGAAAATGCTCACAATGACAAATCTG TCCACGGAGTGCTTAATCCAACTTACCAAGCTGGGTTACGACGCGACGCCGTTCAACCAGATATTGAAGC AGAACGCAAAAAGAGAGATGAGATTGAGGCTGGGAAAAGTTACTGTAGCCGACGTTTTGGCGGCGCAACC TGTGACGACAAATCTGCTCAAATTTATGCGCGCTTCGATAAAAATGATTGGCGTATCCAACCTGCA samclip-0.4.0/test.fna.fai000066400000000000000000000001371363101441000153400ustar00rootroot00000000000000contig01 560 10 70 71 contig02 1610 588 70 71 contig03 2310 2231 70 71 contig04 906 4584 70 71 samclip-0.4.0/test.sam000066400000000000000000004311451363101441000146250ustar00rootroot00000000000000@SQ SN:contig01 LN:560 @SQ SN:contig02 LN:1610 @SQ SN:contig03 LN:2310 @SQ SN:contig04 LN:906 @PG ID:minimap2 PN:minimap2 VN:2.10-r761 CL:minimap2 -x sr -a test.fna R1.fq.gz R2.fq.gz L1 83 contig03 908 60 250M = 590 -568 GCTGGTATGAAATCTGCCATGCAAGGCTCTAATGTTCCTAACCCTGATGAGGCCGCCCCTAGTTTTGTTTTTGGTGCTATGGCTAAAGCTGGTAAAGGACTTCTTGAAGGTACGTTGCAGGCTGGCACTTCTGCCGTTTCTGATAAGTTGCTTGATTTGGTTGGACTTGGTGGCAAGTCTGCCGCTGATAAAGGAAAGGATACTCGTGATTATCTTGCTGCAGCAGTTCCTGAGCTTAATGCTTGGGAGC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:25 s1:i:323 s2:i:0 L1 163 contig03 590 60 250M = 908 568 CGTCAAGGACTGTGTGACTATTGACGTCCTTCCCCGTACGCCGGGCAATAACGTTTATGTTGGTTTCATGGTTTGGTCTAACTTTACCGCTACTAAATGCCGCGAATTGGTTTCGCTGCATCAGGTTATTAAAGAGATTATTTGTCTGCAGCCACTTAGGTGAGGTGACTTATGTTTGGTGCTATTGCTGGCGGTATTGCTTCTGCTCTTGTTCGTGGCGCCATGTCTAAATTGCTTGGAGGCGGTCAAA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:8 ms:i:420 AS:i:420 nn:i:0 tp:A:P cm:i:20 s1:i:323 s2:i:0 L2 99 contig02 552 60 250M = 875 573 GCTGGCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGTTGGCGCTCTCGGTCTTTCTCCATTTCGTCGTGGCCTTGCTAGTGACTCTACTGTAGACATTTTTCCTTTTTATGTCCCTCATCGTCACGTTTATGGTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAAGTATGGTGTTAATGCCACTCCTCTCCCGACTGTTAACACTACTGGTTATATTGACCATGCCGCTTTTCTTGGCACGATGAACGCTGATACCAATAAAATCC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:7 ms:i:430 AS:i:430 nn:i:0 tp:A:P cm:i:20 s1:i:361 s2:i:0 L2 147 contig02 875 60 250M = 552 -573 CGAGGCTAACCCGAATGAGCTTAATCAAGATGATGCTCGTTATGGTTTCCGTTGCTGCCATCTCAAAAACATTTGGACTGCTCCGCTTCCTCCTGAGACTGAGCTTTCTCGCCAAATGACGACTTCTACCACATCTAGTGACATTATGGGTCTGCAAGCTGCTTATGCTAATTTGCATACTGACCAAGAACGTGATTACTTCATGCAGCGTTACCATGATGTTATTTCTTCATTTGGAGGTAAAACCTCT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:480 AS:i:480 nn:i:0 tp:A:P cm:i:33 s1:i:361 s2:i:0 L3 83 contig03 736 60 250M = 576 -410 TCCAGCCACTTAAGTGAGGTGATTTATGTTTGGTGCTAGTGCTGGCGGTATTGCTTCTGCTCTTGCTGGTGGCGCCATGTCTAAATTGTTTGGAGGCGGTCAAAAAGCCGCCTCCGGTGGCATTCAAGGTGATGGGCTTGCTACCGATAACAATACTTTAGGCATGGGTGGTGCTGGTATTAAATCTGCCATTCAAGGCTCTAATGTTCCTAACCCTGATGAGGCCGCCCCTAGTTTTGTTTCTGGTGCT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:460 AS:i:460 nn:i:0 tp:A:P cm:i:22 s1:i:307 s2:i:0 L3 163 contig03 576 60 250M = 736 410 GGTGGTTATTATACCGTCAAGGACTGTGTGACTATTGACGTCCTTCCCCGTACGCCGGGCAATAACGTTTATGTTTGTTTCATTGTTTGGCCTAACTTTACCGCTACTAAATGCCGCGGATTGGTTTCGCTGAATCAGGTTATTAAAGAGATTATTTGTCTCCAGCCACTTAAGCGAGGTGATTTATGGTTGGTGCTATTGCTGGCGGGATTGCTTCTGCTCTTGCTGGTGGCGCCATGTCTCAATTGTT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:7 ms:i:430 AS:i:430 nn:i:0 tp:A:P cm:i:22 s1:i:307 s2:i:0 L4 81 contig03 118 60 250M contig02 1437 0 AAGATTGAGTGTGAGGTTATACCGCCGAAGCGGTAAAAATTTTAATTTTTGCCGCTGAGGGGTTGACCAAGCGAAGCGCGGTAGGTTTTCTGCTTAGGAGTTTATTCATGTTTCAGACTTTTATTTCTCGCCAAAATTCAAACTTCTTTTCTGATAAGCTGGTTCTCACTTCTGCTACTCCAGCTTCTTCGTCACCTGTTTTAAAGACAGCTAAAGCTCCATCATCAACGTTTTATTTTGATAGTTTGAC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:11 ms:i:390 AS:i:390 nn:i:0 tp:A:P cm:i:10 s1:i:144 s2:i:0 L4 161 contig02 1437 60 174M76S contig03 118 0 GATGTTTTCCGTTCTGGTGATTCGTCTGAGAAGTTTAAGATTGCTGAAGGTCAGTGGTATCGTTATGCGCCTTCGTATGTTTCTCCTGCTTATCACCTTCTTGAAGGCTTCCCATGCATTCAGGAACCCCCTTCTGGTGATTTGCAAGAACGCGAACTTATTCGCCACCATGATTATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGAAGAGTCAGGTTAAATTAAATGTGACCGTTTATCGCA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:298 AS:i:298 nn:i:0 tp:A:P cm:i:7 s1:i:67 s2:i:0 SA:Z:contig03,1,+,174S76M,40,2; L4 2209 contig03 1 40 174H76M = 118 367 TATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGAAGAGTCAGGTTAAATTAAATGTGACCGTTTATCGCA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:132 AS:i:132 nn:i:0 tp:A:P cm:i:3 s1:i:144 s2:i:0 SA:Z:contig02,1437,+,174M76S,60,5; L5 83 contig02 455 60 250M = 221 -484 AACTGGCGCCGAGCGTATGCCGCATGACCTTTCCCATCTTGGCTTCCTTGCTGGTCAGATTGGTCGTCTTATTACCATTCCAACTACTCCGGTTATCGCTGGCCACTCCTTTGAGATGGACGCCGTTGGCGCTCTCCGTCTTTCTCCATGGCGTCGTGGCCTTGCTATTGACTCTACTGTAGACATTGTTACTTTTTATGTCCCTCATCGTCATGTTTATGGTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAAGGAT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:17 s1:i:323 s2:i:0 L5 163 contig02 221 60 250M = 455 484 ACTCTGACGTTCTTACTGACGCAGAAGAAAACGTGCGTCAAAAATTACGTGCGGAAGGAGTGATGTAATGTCTAAAGGTAAAAAACGTTCTGGCGCTCGCCCTGGTCGTCCGCAGCCGTTGCGAGGTACTAAAGGCGAGCGAAAAGGCGCTCGTCTTTGGTATGTTGGTGGTCAACAATTTTAATTGCAGGGGCTTCGGCCACTTACTTGAGGATAAATTATGTCTAATATTCAAACTGGCGCCGAGCGT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:454 AS:i:454 nn:i:0 tp:A:P cm:i:24 s1:i:323 s2:i:0 L6 83 contig03 524 60 250M = 345 -429 GACTACCCTCCCGACTGCCTATGATGTTTATCCTTTTAATGGTCGCCATGATGGTGGTTATTATACCGTCAAGGACTGTGTGACTATTGACGTCCTTCCCCGTACGCCGGGCAATAACGTTTATGTTGGTTTCATGGTTTGGTCTAACTTTACCGCTACTAAATGCCGCGGATTGGTTTCGCTGAATCAGGTTATTAAAGAGATTATTTGTCACCAGCCACTTAAGTCAGGTGATTTATGTTTGGTGCTA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:470 AS:i:470 nn:i:0 tp:A:P cm:i:30 s1:i:361 s2:i:0 L6 163 contig03 345 60 250M = 524 429 ACGTTATATTTTGATAGTTTGACGGTTAATGCTGGTAATGGTGGTTTTCTTTATTGCATTCAGATGGATACATCTGTCAACGCCGCTAATCAGGTTGTTTCTGTTGGTGCTGATATTGCTTTTGATGCCGACCCTAAATTTTTTGCCTGTTTGGTTCGCTTTGAGTCTTCTTCGGTTCCGACTACCCTCCCGACTGCCTATGCTGTTTATCCTTTGAATGGTCGCCATGATGTTGGTTATTATACCGTCA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:470 AS:i:470 nn:i:0 tp:A:P cm:i:30 s1:i:361 s2:i:0 L7 99 contig03 393 60 250M = 589 446 CTTCATTGGATTCAGATGGATACATCTGTCAACGCCGCTAATCAGGTTGTTTCTGTTAGTGCTGATATTGCTTTTGATGCCGACCCTAAATTTTTTGCCTGTTTGGTTCGCTTTGAGTCTTCTTCGGTTCCGAATACCCTCCCGACTGCCTTTGATGATTATCCTTTGAATGGTCGCCATGATGGTGGTTATTATACCGTCAAGGACTGTGTGACTATTGACGTCCTTCCCCGTACGCCGGGCAATAACG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:27 s1:i:344 s2:i:0 L7 147 contig03 589 60 250M = 393 -446 CCGTCACGGAGTGTGTGACTATTGACGTCCTTCCCCGTACGCCGGGCAATAACGTTTATGTTGGTTTCAAGGTTTTGTCTAACTTTACCGCTACTAAATGCCGCGGATTGGTTTCGCTGAATCAGGTTATTAAAGAGATTATTTGTCTCCAGCCACTTAAGTGAGGTGATTTATGTTTGGTGCTATTGCTGGCGGTATTGCTTCTGCTCTTGCTGGTGGCGCCATGTCTAAATTGTTTTGAGGCGGTCAA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:29 s1:i:344 s2:i:0 L8 99 contig04 180 60 250M = 408 478 TTGGTCGTATGGTTCTTGCTGCCGAGGGTCGCAAGGCTCATGATTCGCACGACGACTGCTATCAGTATTTTTGTGTGCCTGAGTATGGTACAGCTAATGGCCGTCTTCATTTCCATGCGGTGCACTTTATGCGGACACTTTCTACAGGTAGCGTTGACCCTAATTTTGGTCGTCGGGTACGCAATCGCCGCCAGTTTAATAGCTTGCAAAATACGTGGCCTTATGGTTACAGTATGCCCATCGCAGTTCG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:27 s1:i:399 s2:i:0 L8 147 contig04 408 60 250M = 180 -478 AGAGTATGCCCATCGCAGTTCGCTACACGCAGGACGCTTTTTCACGTTCTGGTTGGTTGTGGGCTGTTGATGCTAAAGGTGAGCCGCTTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGTTGGTTTCTATGTTGCTAAATACGTTAACAAAAAGTCAGATATGGACCTTGCTGCTAAGGGTCTAGGAGCTAAAGAATGGAACAACTCACTAAAAAGCAAGCTGTCGCTACTTCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAAT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:456 AS:i:456 nn:i:0 tp:A:P cm:i:23 s1:i:399 s2:i:0 L9 83 contig04 444 60 250M = 235 -459 CTTTTTCACGTTCTGGTTGGTTGTGGCCTGTTGATGCTAAAGGTGAGCCGCTTAAAGCTACCAGTTATATCGCTGTTGCTTTCTATGTGGCTAAATACGTTAACAAAAAGTCAGATATGGACCTTGCTGCTAAAGGTCTAGGAGCTAAAGAATGGAACAACTCACTAAGAACCAAGCTGACGCTACTTCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAATGAGCCGCAACTTCGGGATGAAAATGCTCACAATGAC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:460 AS:i:460 nn:i:0 tp:A:P cm:i:27 s1:i:372 s2:i:0 L9 163 contig04 235 60 250M = 444 459 CTGCTATCAGTATTTTTGTGTGCCTGAGTCTGGTACAGCTAATGGCCGTCTTCATTTCCATGCGGTGCACTTTATGCGGACACTTGCTACAGGTAGCGTTGACCCTAATTTTGGTCGTCGGGTACGCAATCGGCGCCAGTTAAATAGCTTGCAAAATACGTGGCCTTATGGTTACAGCATGCCCATCGCAGTTCGCTACACGCAGGACGCTTTTTCACGTTCTGGTTGGTTATGGCCTGTTGATGCTAAA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:20 s1:i:372 s2:i:0 L10 99 contig03 459 60 250M = 692 483 ATTGCTTTTGATGCCGACCCTAAATTTTTTGCCTGTTTGGTTAGCTTTGAGTCTTCTTCGGTTCCGACTACCCTCCCGACTGCCTCTGATGTTCATCCTTTGAATGGTCGCCATGATGGTGGTTATTATACCGTCAAGGACTGTGTGACTATTGACGTCCTTCCCTGTACGCCGGGCAATAACGCTTATGTTGGTTTCATGGTTTGGTCTAACTTTGCCGCTACTAAATGCCGCGGATTGGTTTCGCTGA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:22 s1:i:381 s2:i:0 L10 147 contig03 692 60 250M = 459 -483 CGGATTGGTTTCGCTGAATCTGGTTATTAAAGAGATTATTTGTCTCCAGCCACTTAAGTGAGGTGATTTATGTTTGGTGCTATTGCTGGAGGTATTCCTTCTGCTCTTGCTGGTGGCGCCATGTCTAAATTGTTTGGAGGCGGTCAAAAAGCCGCCTCCGGTGGCATTCAAGGTGATGTGCTTGCTACCGATAACAATACTGTAGGCATGGGTGATGCTGGTATTAAATCTGCCATTCAAGGCTCTAATG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:470 AS:i:470 nn:i:0 tp:A:P cm:i:28 s1:i:381 s2:i:0 L11 99 contig02 1238 60 250M = 1402 373 ACAGACCTATAAACATTCTGTGCCGCGTTTCTTTGTTCCTGAGCATGGCACTATGTTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGATTCAGTACCTTAATGCTAACGGTGCTTTGACTTATACCGATATTGCTGGCGACTCTGTTTTGTGTGGCAACTTGCCGCCGCGTGAAATTTCTATGAAGGATGTTTTCCGTTCTGGTGATTCGACTAAGAAGTTTAAGATTGCTGAGGGT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:25 s1:i:271 s2:i:0 L11 147 contig02 1402 60 209M41S = 1238 -373 ATGGCAACTTGCCGCCGCGTGAAATTTCTATGAAGGATGTTTTCCGTTCTGGTGATTCGTCTAAGAAATTTAAGATTGCTGAGGGTCAGTGGTATCGTTATGCGCCATCGTATGTTTCTCCTGCTTATCACCTTCTTGAAGGCTTCCCATTCATTCAGGGACCGCCTTCTGGTGATTTGCAATAACGCGTACTTATTCGCCACCATGATTATGATCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTCTTGCAGTGGAA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:378 AS:i:378 nn:i:0 tp:A:P cm:i:13 s1:i:271 s2:i:0 L12 99 contig03 1056 60 250M = 1407 601 TGCTTGATTTGGTTGGACTTGGTGGCAAGTCTGCCGCTGATAAAGGAAAGGATACTCGTGATTATCTTGCTGCTGCATTTCCTGAGCTTAATGCTTGGGAGCGTGCTGGTGCTGATGCTTCCTCTGCTGGTATGGTTGACGCCGGATTTGAGAATCAAAAAGAGCTTACTAAAATGCAACTGGACAATCAGAAAGAGATTGCCGAGATGCAAAATGAGACTCAAAAAGAGATTGCTGGCATTCAGTCGGC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:0 ms:i:500 AS:i:500 nn:i:0 tp:A:P cm:i:33 s1:i:437 s2:i:0 L12 147 contig03 1407 60 250M = 1056 -601 ACACCAATCTTTCTAAGCAACAGCAGGTTTCCGAGATTATGCGCCAAATGCTTACTCAAGCTCAAACGGCTGGTCAGTATTTTACCAATGACCAAATCAAAGAAATGTCTCGCAAGGTTAGTGCTGAGGTTGACTTAGTTCATCAGAAAACGCAGAATCAGCGGTATGGCTCTTCTCATATTGGCGCTACTGCAAAGGATATTTCTAATGTCGTCACTGATGCTGCTTCTGGTGTGGTTGATATTTTTCA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:470 AS:i:470 nn:i:0 tp:A:P cm:i:26 s1:i:437 s2:i:0 L13 83 contig03 840 60 250M = 557 -533 AAGCCGCCTCCGGTGGCATTCAAGGCGATGTGCTTGCTACCGATAACAATACTGTAGGCATGGGTGATGCTGGTATTAAATCTGCCATTCAAGGCTCTAATGTTCCTAACCCTGATGAGGCCGCCCCTAGTTTTTTTTCTGGAGCTATGGCTAAAGCTGGTAAAGGACTTCTTGAAGGTTCGTTGCAGGCTGGCACTTCTGCCGTTTCTGATAAGTTGCTTGATTTGGTTGGACTTGGTTGCAAGTCTAC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:446 AS:i:446 nn:i:0 tp:A:P cm:i:23 s1:i:405 s2:i:0 L13 163 contig03 557 60 250M = 840 533 TTTGAATGGTCGCCATGATGGTGGTTAATATACCGTCAAGGACTGTGTGACTATTGACGTCCTTCCCCGTACGCCGAGCAATAACGTTTATGTTGGTTTCAGGGTTTGGTCTAACTTTACCGCTACTAAATGCCGCGGATTGGTTTCGCTGAATCAGGTTATTAAAGAGATTATTTGTCTCCAGCCACTTAAGTGAGGTGATTTATGTTTGGTGCTATTGCTGGCGGTATTGCTTCTGCTCTTGCTGGTG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:470 AS:i:470 nn:i:0 tp:A:P cm:i:30 s1:i:405 s2:i:0 L14 99 contig02 824 60 250M = 1148 574 TTTGAATATCTATAACATCTATTTTAAAGCGCCGTGGATGCCTGACCGAACCGAGGCTAACCCTAATGAGCTTAATCAAGATGATGCTCGTTATGGTTTCCGTTGCTGCCATCTCAAAAACATTTGGACTGCTCCGCTTCCTCCTGAGACTGAGCTTTCTCGCCAAATGACGACTTCTACCACATCTATTGATATTATGGGTCTGCAAGCTGCTTATGCTAATTTGCATACTGACCAAGAACGTGATTAC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:470 AS:i:470 nn:i:0 tp:A:P cm:i:30 s1:i:403 s2:i:0 L14 147 contig02 1148 60 250M = 824 -574 ACTTGTCATGCGCTCTAATCTCTGGGCATCTGGCTATGATGTTGATGGAATAGACCAAACATCGTTAGGCCAGTTTTCTGGTCGTGTTCAACAGACCTATAAACATTCTGTGCCGCGTTTCGTTGTTCCTGAGAATGGCACTATGTTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTAGTGCGACTAAAGAGATTCAGTACCTTAACGCTAAAGGTGCTTTGACTTATACCGATATTGCTGGCGACCCTGTT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:31 s1:i:403 s2:i:0 L15 83 contig03 414 60 250M = 169 -495 ACATCTGTCAACGCCGCTAATCAGGTTGTTTCTGTTGGTGCTGGTATTGCTTTTGATGCCGACCCTAAATTTTTTGCCTGTTTGGTTCGGTTTGAGTCTTCTTCGGTTCCGACTACCCTCCCGACTGCCTATGATGTTTATCCTTTGAATGGTCGCCATGACGGTCGTTATTATACCGTCAAGGACTGTGTGTCTATTGACGTCCTTCCCCGTACGCCGTGCAATAACGTTTATGCTGGTTTCATGGTTT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:7 ms:i:430 AS:i:430 nn:i:0 tp:A:P cm:i:18 s1:i:390 s2:i:0 L15 163 contig03 169 60 250M = 414 495 CCGCTGAGGGGTTGACCAAGCGAAGCGCGGTAGGTTTTCTGCTGAGGAGTTTAATCATGTTTCAGACTTTTATTTCTCGCCATAATTCAAACTTTTTTTCTGATAAGCTGGTTCTCACTTCTATTACTCTAGCTTCTTCGGCACCTGTTTTACAGACACCTAAAGCTACATCGTCAACGTTATATTTTGATAGTTTGACGGTTAATGCTGGTAATGGTGGTTTTCTTCATTGCATTCAGATGGATACATC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:470 AS:i:470 nn:i:0 tp:A:P cm:i:28 s1:i:390 s2:i:0 L16 99 contig02 269 60 250M = 596 577 GTGCGGAAGGAGTGATGTAATGTCTAAAGGTAAAAAACGTTCTGGCGCTCGCCCTGATCGTCCGCAGCCGTTGCGAGGTACTAAAGGCAAGCGTAAAGGCGCTCGTCTTTGGTATGTAGGTGGTCAACAATTTTAATTGCAGGGGCTTCGGCCCCCTACTTGAGGATAAACTATGTCTAATATTCAAACTGGCGCCGAGCGTGTGCCGCATGACCTTTCCCATCTTGGCTTCCATGTTGGTCAGATTGGT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:22 s1:i:341 s2:i:0 L16 147 contig02 596 60 250M = 269 -577 TTCTCCATTGCGTCGTGGCCTTGCTATTTACTCTACTGTAGACATTGTTGCTTTTTATGTCCCTCATCGTCACGTTTATGGTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAAGGATGGTGTTCATGCCACTCCTCTCCCGACTGTTAACACTACTGGTTATATTGTCCATGCCGCTTTTCTTGGCACGATTAACCCTGATACCAATAAAATCCCTAAGCATTTGTTTCAGGGTTATTTGACTATCTATAACAACTAT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:19 s1:i:341 s2:i:0 L17 99 contig04 26 60 250M = 188 412 CGTAGAGGCTTTGCAATTCAGCGTTTGATGAATGCAATGCGACAGGCTCATGTTGATGGTTGGTTTATCGTTTTTGACACTCTCACGTTGGCCGACGACCGATTAGAGGCGTTTTAGGATAATCCCAATGCTTTGCGTGACTATTTTCGTGATAGTGGTCGTATGGTTCTTGCTGCCGAGGGTCGCAAGGCTAAGGATTCACACGACGACTGCTATCAGTATTTTTGTGTGCCTGAGTATGGTACAGCTA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:7 ms:i:430 AS:i:430 nn:i:0 tp:A:P cm:i:11 s1:i:303 s2:i:0 L17 147 contig04 188 60 250M = 26 -412 ATGGTTCTTGCTGCCGAGGGTCGCAAGGCTAATGATTTACACGACGACTGCTATCAGTATTTTTGTGTGCCTGAGTATGGTACAGCTAATGGCCGTCTTCATTTCCATGCGGTGCACTTTATGCGGACACTTCCTACCGGTAGCGTTGACCCTGATTTTGGTCGTCGGGTACGCAATCGCCGCCAGTTAAATAGCTTGCAAAATACGTGGCCTTATGGTTACAGTATGCCCATCGCAGTTCGCTACACGC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:460 AS:i:460 nn:i:0 tp:A:P cm:i:26 s1:i:303 s2:i:0 L18 83 contig03 1242 60 250M = 1019 -473 ATCAGAAAGAGATTGCCGAGATCCAAAATGAGACTCAAAAAGAGGTTGCTGGCATTCAGCCGGCGACTTCACTCCAGAATACGAAAGACCAGGTATATGCACAAAATGAGATGCTTGCTTATCATCAGAAGGAGTCTACTGCTCGCGTTGCGTCTATTATGGAAAACCCCAATCTTTCCAAGCAACAGCAGGTTTCCGAGATTATGCGCCAAATGCTTACTCAAGCTCAAACGGCTGGTCAGTATTTTAC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:18 s1:i:323 s2:i:0 L18 163 contig03 1019 60 250M = 1242 473 ACGTTGCAGGCTGGCACTTCTGCCGTTTCTGATAAGTTGCTTGATTTCGTTGGACTTGGTGGCAAGTCTGCCGCTGATAAAGGAAAGGTTACTCGTGATTATTTTGCTGCTTCATTTCCTGAGCTTAATGCTTGGGAGCGTGCTGGTGCTGAAGCTTCCTCTGCTGGTATGGTTGACGCCGGATTTGAGAATCAAAAAGAGCTTACTAAAATGCAACTGGACAATCAGAAAGAGATTGCCGAGATGCAAA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:17 s1:i:323 s2:i:0 L19 83 contig01 340 60 221M29S = 93 -468 GGATTACTATCTGAGTCCAATGCTGTTCAACCACTAATAGGTAAGAAGTCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGCACGTTTCCAGACCGTTTTGGCCTCTATTAAGCTCATTCAGGCTTCTGCCGTTTTGGATTTAACCGAAGATGATTTCGATTTTCTGACGAGTAACAATGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTGCTCGTTGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTCGG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:382 AS:i:382 nn:i:0 tp:A:P cm:i:17 s1:i:365 s2:i:0 L19 163 contig01 93 60 250M = 340 468 CTTGTTTACGAATTAAATCGAAGTGGACTGCTGGCGGAAAATGAGAAAATCCGACCTATCCTTGCGCAGCTCGAGAAGCTCTTACTTTGCGACCTTTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAAAACTGACGCGTTGGATGAGGAGAAGTGGCTTAATATGCTTCGCACGTTCGTCAAGGACTGGTTTAGATATGAGTCACATTTTGTTCATGGTAGAGATTCTCTTGTTGACATCTTAAAAGAGCGTGGA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:470 AS:i:470 nn:i:0 tp:A:P cm:i:30 s1:i:365 s2:i:0 L20 83 contig04 478 60 250M = 237 -491 TGCTAAATGTGAGCCGCTTAAAGCTACCATTTATATGGCTGTTGGTTTCTATGTGGCTAAATACGTTAACAAAAAGTCAGATATGGACCTTGCAGCTAAAGGTCTAGGAGCTAAAGAATGGAACAACTCACTAAAAACCAAGCTGTCGCTACTTCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAGTGAGCCGCAACTTCGGGATGAAAAAGCTCACAATGACAAATCTGTCCACGGAGTGCTTAATCCAACTTACC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:19 s1:i:316 s2:i:0 L20 163 contig04 237 60 250M = 478 491 GCTATCAGTATTTTTGTGTGCCTGAGTATGGTACAGCTAATGGCAGTCTTCATCTCCATGCGGTGCAATTTATGCGGACACTTCCTACAGGTAGCGTTGACCCTAATTTTGGTCGTCGGGTACGTAATCGCCGCCAGTTAAATACCTTGCAAAATACGTGGCTTTATGGTTACAGTATGCCCATCGCAGTTCGCTACACGCAGGACGCTTTTTCACGTTCTGGTTGGTCGTGGCCTGTTGATGCTAAAGG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:7 ms:i:430 AS:i:430 nn:i:0 tp:A:P cm:i:16 s1:i:316 s2:i:0 L21 83 contig02 944 60 250M = 653 -541 CATGTGGACTGCTCCGCTTCCTCCTGAGACTGAGCTTTCTCGCCAAATGACGACTTCTACCACATCTATTGACATTATGGGTCTGCAAGCTGCTTATGCTAACTTGCATACTGACCAAGAACGTGATTACTTCATGCAGCGTTACCATGATGTTATTTCTTCATTTGGAGGTAAAACCTCTTATGACGCTGACAACCGTCCTTTACTTGTCATGCGCTCTAATCTCTGGGCATCTGGCTATGATGTTGAT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:482 AS:i:482 nn:i:0 tp:A:P cm:i:36 s1:i:355 s2:i:0 L21 163 contig02 653 60 250M = 944 541 TGTCCCTCATCGTTACGTTTATGGTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAAGGATCGTGTTAATGCCACTCCTCTCCCGACTGTTAACACTACTCGTTATATTGACCATGCCGCTTTTCTTGGCACGATTAACCCTGATTCCAATAAAATCCCTAAGCATTTGTTTCAGGGTTATTTGAATATCTATATCAACTTTTTTAAAGCGCCGTGGATGCATGACCGTGCCGAGGCTAACCCAAATGAGCTTAATCAA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:9 ms:i:410 AS:i:410 nn:i:0 tp:A:P cm:i:13 s1:i:355 s2:i:0 L22 99 contig04 160 60 250M = 351 441 GCGTGACCATTTTAGTGATAGTGGTCGTATAGTTCTTACTGCCGAGGGTCGCAAGGCTAATGATTCACACGACGACTGCTAGCAGTATTTTTGTGTGCCTGAGTATGGTACAGCTAATGGCCGTCTTCATTTCCATGCGGTGCACTTTATGCGGACACTTCCTACAGGTAGCGTTGACCCTAATTTAGGTCGTCGGGTACGCAATCGCCGCCAGTTAAATAGCTTGCAAAATACGTGGTCTTATGGTTAC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:9 ms:i:410 AS:i:410 nn:i:0 tp:A:P cm:i:22 s1:i:272 s2:i:0 L22 147 contig04 351 60 250M = 160 -441 GTCGGGTACGCAATCGCCGCCAGTTAAATAGCTTGCAAAATACGTGGCCTTATGGTTACAGTATGCCCATCGCAGTTCGCTACACGCAGGACGCTTTTTCACGTTCTGGTTGGTTGTGGCCTGTTCATGCTAAAGGCGAGCCGCTTAAAGCTACCAGTTATATCGCTGTTGGTTTCTATGTGGCTAAATTCGTTAACAAAAAGTCAGGTATGGACCTTGCTTCTAAAGGTCTAGGAGCTAAAGAAAGGAA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:7 ms:i:430 AS:i:430 nn:i:0 tp:A:P cm:i:15 s1:i:272 s2:i:0 L23 83 contig03 986 60 250M = 755 -481 ATGGCTAAAGCTGGTAAAGGACTTCTTGAAGGTACGTTGCAGGCTGGCACTTCTGCCGTTTCTGATAAGTTGCTTGATTTGGTTGGACTTGGTGGCAAGTCTGCCGCTGATAAAGGAAAGGATACTCGTGATTATCTTGCTGCTGCATTTCCTGAGCTTAATACTTGGGAGCGTGCTGGTGCTGATGCTTCCTCTGCTGGTATGGTTGACGCCGGATTTGAGAATCAAAAAGAGCTTACTAAAATGCAAC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:1 ms:i:490 AS:i:490 nn:i:0 tp:A:P cm:i:31 s1:i:354 s2:i:0 L23 163 contig03 755 60 250M = 986 481 TGATTTATGTTTGGTGCTATTGCTGGCGGTATTGCTTCTGCTCTTGCTGGTGGCGCCATGTCTAAATTGTTTGGATGCGGTCAAAAAGCCGCCTCACGTGGCATTCAAGGTGATGTGCTTGGTACCGATAACAATACTGTAGGCATGGGTGATGCTGGTATTAAATCGGTCATTAAAGGCTCTAATGTTCCTTGCCCTGATGAGGCCGCCCCTACTTTTGTTTCTGGTGCTATGGCTACAGCTGGTAAAG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:11 ms:i:390 AS:i:390 nn:i:0 tp:A:P cm:i:13 s1:i:354 s2:i:0 L24 97 contig03 1956 60 250M contig04 1 0 ACCGCATCAAGCTCTTGGAAGAGATTCTCTCTTTTCGTATGCATGGCGTCGAGTTCGTTAATGGTGATATGTATGTTGAAGGCCATAAGCCTGCCTCTGACGTTCGTGATGAGTTTGTATCTGTTTCTGAGAAGTCAATGGATGAATTGTCACAATGCTACAATGTGCTCCCCCGACTTGATATTAATAACACTATAGACCACCGCCCCGAAGGGGACGAAAAATGGGTTTTAGAGAACGAGAAGACGGT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:12 ms:i:380 AS:i:380 nn:i:0 tp:A:P cm:i:8 s1:i:179 s2:i:0 L24 145 contig04 1 60 96S154M contig03 1956 0 TTGCCGCAAGCTGGCTGCTGAACGCCCTCTTAAGGATATTCGCGATGAGTATAATCACCCCAAAAAGAAAGGTATTAAGGATGAGTGTTCAAGATTGCTGGAGGCCTCCACTATGAAATCGCGTAGAGGCTTTACTATTCAGCGTTTGATGAATGCAATGCGACAGGCTCATGCTGATTGTTCGTTTATCGTTTTTGACACTCTCACGTTGGCTGAGGACCGATTAGAGGCGTTTTATCATAATCCCAAT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:258 AS:i:258 nn:i:0 tp:A:P cm:i:9 s1:i:111 s2:i:0 SA:Z:contig03,2215,-,96M154S,60,1; L24 2193 contig03 2215 60 96M154H = 1956 -355 TTGCCGCAAGCTGGCTGCTGAACGCCCTCTTAAGGATATTCGCGATGAGTATAATCACCCCAAAAAGAAAGGTATTAAGGATGAGTGTTCAAGATT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:1 ms:i:182 AS:i:182 nn:i:0 tp:A:P cm:i:7 s1:i:179 s2:i:0 SA:Z:contig04,1,-,96S154M,60,5; L25 97 contig03 2036 60 250M contig04 5 0 GGGCATAAGGCTGCTTCTGACGTTCGTGATGAGTTTGTATCTGTTACTGAGAAGTTAATGGATGAATTGGCGCAATGCTACAATGTGCTCCCCCAACTTGATATTAATAACACTATAGACCACCGACCCGAAGCGGACGAAAAATTGGTTTTAGAGAACGAGAAGACGGTTACGCAGTCTTGCCGCAAGCTGGCTGCTGAACGCCCTCTTAAGGATAATCGCGAGGAGTATAATTACCCCAAAAAGAGAG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:10 ms:i:408 AS:i:408 nn:i:0 tp:A:P cm:i:15 s1:i:174 s2:i:0 L25 145 contig04 5 60 75S175M contig03 2036 0 CCTCTTAGGGATATTCGCAATGAGTATAACTACCCCAAAAAGAAAGGTATTAAGGATGAGTGTTCAAGATTGCTTGAGGCCTCCATTATGAAATCGCGTAGAGGCTTTGCTATTCAGCGTTTGATGAATGCAATCCGACAGGCTCATGCTGATGGTTGGTTTATCGTTTTTGACACTCTCACGATGGCTGACGACCGATTAGAGGCGTTTTATGATAATCCCAATGCTTTGCGTGACTATATTCGTGATA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:310 AS:i:310 nn:i:0 tp:A:P cm:i:14 s1:i:130 s2:i:0 SA:Z:contig03,2240,-,71M179S,26,3; L25 2193 contig03 2240 26 71M179H = 2036 -275 CCTCTTAGGGATATTCGCAATGAGTATAACTACCCCAAAAAGAAAGGTATTAAGGATGAGTGTTCAAGATT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:112 AS:i:112 nn:i:0 tp:A:P cm:i:2 s1:i:174 s2:i:0 SA:Z:contig04,5,-,75S175M,60,4; L26 81 contig03 6 60 87S163M contig02 1272 0 TCACCTTCTTGAAGGCTTCCCATTCATTCAGGAACCGCCTTCTGTTGATTTGCAAGAACACGTACTTATACGCCACCATGATTATGTCCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGAATAGTCAGGTTAAATTTAATGTGACCGTTTATCGCAATCTGCCGACCACTCGCGATTCAATCATAACTTCGTGATAAAAGATTGAGTTTGAGGTTATAACGCCGAAGCGGTAAAAATTTTAATTTTTG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:306 AS:i:306 nn:i:0 tp:A:P cm:i:15 s1:i:131 s2:i:0 SA:Z:contig02,1529,-,82M168S,42,3; L26 2129 contig02 1529 42 82M168H = 1272 -339 TCACCTTCTTGAAGGCTTCCCATTCATTCAGGAACCGCCTTCTGTTGATTTGCAAGAACACGTACTTATACGCCACCATGAT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:134 AS:i:134 nn:i:0 tp:A:P cm:i:3 s1:i:197 s2:i:0 SA:Z:contig03,6,-,87S163M,60,2; L26 161 contig02 1272 60 250M contig03 6 0 GTTCCTGAGCATGGCAGTATGTTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGATTCAGTACCTTAACGCTAATGGTGCTTTGACTTATACCGATATTGCTGGCGACCCTGTTTTGTATGGCAACTTGCCGCCGCGTGAAATTTCTATGAAGGATGTTTTCCGTTTTGGTGATTCGTCTAAGAAGTGTAAGATTGCTGAGGGTCAGTGGTATCGCTATGCGCCTTCGTATGTTTCTC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:21 s1:i:197 s2:i:0 L27 99 contig02 17 60 250M = 345 578 TGGACTTTGTAGGATACCCTCGCTTTCCTGCTCCTGTTGACTTTATTGCTGCCGTCATTGCTTATTATTTTCATCCCGTCAACATTCAAACGGCCTGTCTCATCATGGAAGGCGCTGACTTTACGGAAAACATTATTAATGGCGTCGAGCGTCCGGTTAAAGCCGCTGAATTGTTCGCGTTTATCTTGCGTGTCCGCGCAGGAAACTCTGACGTACTTACTGACGCAAAGCAAAACGTGCGTCAAAAATT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:11 ms:i:390 AS:i:390 nn:i:0 tp:A:P cm:i:13 s1:i:340 s2:i:0 L27 147 contig02 345 60 250M = 17 -578 GGTACTAAAGGCAAGCGTAAAGGCGCTCGTCTTTGGTATGTAGGTGGTCAACAATTTTAATTGCAGGGGCTTCGGCCCCTTACTTGAGGATAAATCATGTTTAATATACTAAGTGGCGCCGAGCGTATGCCGCATGACCTTTCCCATCTTGGCTTCCTTGCCGGTCAGATTGGTCGTCTTATTACCATTTCAACTACTCCGGTTATCGCTGGCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGTTGGCGCTCTCCGTC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:32 s1:i:340 s2:i:0 L28 81 contig02 60 60 250M contig01 369 0 TATGGCTACCGTCATTGCTTATTATGTTCATCCCGTCAACATTCAAACGGCCTGTCTCATCATGGAAGGCGCTGAATTTACGGAAAACATTATTAATGGCGTCGAGCGTCCGGTTAAAGCCGCTGAATTGTTCGCGTTTACCTTGCGTGTACATGCAGGAAACTCTGACGTTCTTACTGACGCAGAAGAAAACGTGCGTCAAAAATTACGTGCGGAAGGAGTGATGTAATGTCTAAAGGTAACAAACGTT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:444 AS:i:444 nn:i:0 tp:A:P cm:i:35 s1:i:256 s2:i:0 L28 161 contig01 369 60 192M58S contig02 60 0 ACCACTAATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAAAAATCCGTACGTTTCCAGACCGCTTTGGCCTCTATTAAGCTCATTCACGTTTCTGCCGTTTTGGATTTAACCGAAGATGATTTCGATTTTCTGACGAGTAACAATGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTGCTCGTGGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTGGGATACCTTCGCTTTCCTGCTCCTGTTGAGT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:334 AS:i:334 nn:i:0 tp:A:P cm:i:17 s1:i:148 s2:i:0 SA:Z:contig02,1,+,192S58M,42,1; L28 2209 contig02 1 42 192H58M = 60 309 TGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTGGGATACCTTCGCTTTCCTGCTCCTGTTGAGT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:1 ms:i:106 AS:i:106 nn:i:0 tp:A:P cm:i:3 s1:i:256 s2:i:0 SA:Z:contig01,369,+,192M58S,60,5; L29 99 contig02 725 60 250M = 980 505 CCCGACTGTTAACACTACTGGTTATATTGGCCATGCCGCTTTTCCTGGCACGATTAACCCTGATACCAATAAAATCCCTAAGCATTTGTTTCAGGATTATTTGAATATCTATAACAACTATTTTAAAGCGCCGTGGATGCCTGACGGTACCGAGGCTAACCCTAGTGAGCTTAATCAAGATGATGCTCGTTATGGTTTCCGATGCTGTCATCTCAAAAACATTTGGACTGCTCCGCTTCCTCCTGAGACT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:7 ms:i:430 AS:i:430 nn:i:0 tp:A:P cm:i:15 s1:i:382 s2:i:0 L29 147 contig02 980 60 250M = 725 -505 TTCTCGCCAAATGACGACTTCTACCACATCTATTGACATTATGGGTCTGCACGCTGCTTATGCTAATTTGCATACTGACCAAGAACGTGATTACTTCATGCAGCGTTACCATGATGTTATTTCTTCATTTGGAGGTAACACCTCTTATGACGCTGACAACCGTCCTTTACTTGTCATGCGCTCTAATCTCTGGGCATCTGGCTATGATGTTGATGGAACTGACCAAACGTCGTTAGGCCAGTTTTCTGGG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:478 AS:i:478 nn:i:0 tp:A:P cm:i:29 s1:i:382 s2:i:0 L30 99 contig02 117 60 250M = 364 497 CATCATGGAAGGCGCTGAATTTACGGGAAACCTTATTAATGGCGCCGAGCGTCCGGTTAAAGCCGCTGAATTGTTCGCGTTTACCTTGCGTGTACGCGCAGGATACTCTGACGTTCTCACTGACGCAGAAGAAAACGTGGGTCAAAAATTACGTGCGGAAGGAGTGATGTAGTGTCTAAAGGTAAAAAACGTTCTGGCGCTCGCCCTGTTCGTCCGCAGCCGTTGCGAGGTACTAAAGGCAAGCGTAAAG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:9 ms:i:410 AS:i:410 nn:i:0 tp:A:P cm:i:12 s1:i:299 s2:i:0 L30 147 contig02 364 60 250M = 117 -497 AAGGCGCTCGTCTTTGGTAAGTAGGTGGTCAACAATTTTAATTGCAGGGGCTTCGGCCCCTAACTTGAGGATAAATTATGTCTAATATTCAAACCGGCACCGAGCGTATGCCGCATGACCTTTCCCATCTTGGCTTCCTTGTTGGTCAGATTGGTCGTCTTATTAACATTTCAACTACTCCGGTTATCGCTGGCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGTTGGCGCTCTCCGTCTTTCTCCATTGCGTCGTGG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:18 s1:i:299 s2:i:0 L31 99 contig02 785 60 250M = 1105 570 TGATACCAATAAAATCCCTAAGCATTTGTTGCAGGGTTATTTGAATATCTATAACAAGTATTTTAAAGCGCCTTGGTTGCCTGACCGCACCGAGGCTAACTCTAATGAGCTTGATCAAGATGATGCTCGTTATGGTTTTCGTTGCTGCCATCTCAAAAACATTTGGACTGCTCCGCTTCCTCCTGAGACTGAGCTTTCTCTCCAAATGACGACTTCTACCACATCTATTGACATTATGGGTCTGCAAGCT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:9 ms:i:410 AS:i:410 nn:i:0 tp:A:P cm:i:13 s1:i:380 s2:i:0 L31 147 contig02 1105 60 250M = 785 -570 CATTTGGAGGTAAAACCTCTTATGACGCTGACAACCGTCCTTTACTTGTCATGCGCTCTAATCTCTGGGCATCTGGCTATGATGTTGATGGAACTGACCAAACGTCGTTAGGCCAGTTTTCTGGTCGTGTTCAACAGACCTATAAACATTCTGTGCCGCGTTTCTTTGTTCCTGAGCATGGCACTATGTTTACTCTTGCGCTTGTGCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGATTCAGTACCTTAACGC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:1 ms:i:490 AS:i:490 nn:i:0 tp:A:P cm:i:34 s1:i:380 s2:i:0 L32 83 contig03 2080 60 231M19S = 1837 -474 TACTGAGAAGTTAATGGATGAATTGGCACAATGCTACAATGTGCTCCCCCAACTTGACATTAATAACACTATAGACCACCGCCCCGAAGGGGACGAAAAATTGGTTTTAGAGAACGAGAAGACGGTTACGCAGTTTTGCCGCAAGCTGGCTGCTTAACGCCCTCTTAAGGATATTCGCGATGAGTATAATTACCCCAAAAAGAAAGGTATTAAGGATGAGTGTACAAGATTGCTGGAGGCCTCCACTATG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:412 AS:i:412 nn:i:0 tp:A:P cm:i:19 s1:i:330 s2:i:0 L32 163 contig03 1837 60 250M = 2080 474 ATGTCACGCTGATTATTTTGACTTTGAGCGTATAGAGGCTCTTAAACCTGCTATTGAGTCTTGTGGCATTTCTACTCTTCCTCAATCCCCAATGCTTGGCTTCCATAAGCAGATGGATCACCGCATCAAGCGCTTTGAAGAGATTCTGTCTTTTCGTATGCATGGCGTTGAGTTCGTCAAAGGTGATATGTATGTTGACGGCCATAAGGCTGCTTCTGACGTTCGTCATGAGTTTGTATCTGTTACTGAG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:11 ms:i:390 AS:i:390 nn:i:0 tp:A:P cm:i:14 s1:i:330 s2:i:0 L33 99 contig03 1558 60 250M = 1793 485 GCAGAATCAGCGGTATGGCTCTTCTCATATTGGCGCTACTGCAAAGGATATTTCGAATGTCGTCACTGATGCTGCTTCTGGTGTGGTTGATATTTTTCATGGTATTGATAAAGCTGTTGCCGATACTTGGAACAATTTCTGGAAAGACGGTAAAGCTGATGGTATTGGCTCTAATTTGTCTAGGAAATAACCGTCAGGATTGACACCCTCCCAATTGTATGTTTTCCTGCCTCTAAATCTTGGAGGCTTT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:470 AS:i:470 nn:i:0 tp:A:P cm:i:26 s1:i:393 s2:i:0 L33 147 contig03 1793 60 250M = 1558 -485 AATCTTGGAGGATTTTTTATGGTTCGTTCTTATTACCCTTCTGAATGTCACGCTGATTATTTTGACTTTGAGCGTATCGAGGCTCTTAAACCTGCTATTGAGGCTTGTGGCATTTCTACTCTTTCTCAATCCCCAATGCTTGGCTTGCATAAGCAGATGGATAACCGCATCAAGCTCTTGGAAGAGATTCTGTCTTTTCGTATGCATGGCGTTGAGTTCGTTAATGGTGATATGTATGTTTACGGCCATA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:23 s1:i:393 s2:i:0 L34 97 contig02 1400 60 211M39S contig03 69 0 GTATGGCAACTTGCCGCCGCGTGAAATTTCTATGAAGGATGTTTTGCGTTCTGGTGATTCGTCTAAGAAGTTTAAGATTGCTAAGGGTCAGTGGTATCGGTATGCGCCTTCGTATGTTTCTCCTGCTTATCAGCTTCTTGAAGGCTTCCCATTCATTCAGGAACCGCCTTCTGGTGATTTGCAAGAACGCGTACTTATTCGCCACCATGATTATGACCAGGGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:382 AS:i:382 nn:i:0 tp:A:P cm:i:16 s1:i:147 s2:i:0 L34 145 contig03 69 60 250M contig02 1400 0 TTATCGCAATCTGCCGACCACTCGCGATTCAATCATGACTTCGTGATAAAAGATTGAGTGTGAGGTTATAACGCCGAAGCGGTCAAAATTTTAATTGTTGCCGCTGAGGGGTTGACCAAGCGAAGCGCGGTAGGTTTTCTGCTTAGGAGTTTAATCATGTTTCAGACTTTTATATCTCGCCATAATTCAAACTTTTTTGCTGATAAGCTGGTTCTCACTTCTGTTACTCCAGCTTCTTCCGCACCTGTTT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:22 s1:i:188 s2:i:0 L35 99 contig03 316 60 250M = 517 451 TTTTACAGACACCTAAAGCTACATCGTCAACATTATATTTTGATAGTTTGACGGTTAATGCGGGTAATGGTGGTTTTCTTCATTGCATTCAGATGGATACATCTGTCAACGCCGCTAATCAGGTTGTTTCTGTTGGTGCTGATATTGCTTTTGATGCCGACCCTAAATTTTTTGCCTGTTTGGTTCGCTTTGAGTCTTCTTCGGTTCCGACTACCCTCCCGACTGCCTATGATGTTTATCCTTTGAATGG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:480 AS:i:480 nn:i:0 tp:A:P cm:i:33 s1:i:431 s2:i:0 L35 147 contig03 517 60 250M = 316 -451 CGGTTCCGACTACCCTCCCGACTGTCTATGATGTTTATCCTTTGAATGGTCGCCATGATGGTGGTTATTATACCGTCAAGGACTGTGTGACTATTGACGTCCTTCCCCGTACGCCGGGCAATAACGTTTATGTTGGTTTCATGGTTTGGTCTAACTTTACCGCTACTAAATGCCGCGGATTGGTTTCTCTGAATCAGGTTATTAAAGAGATTATTTGTCTCCAGCCACTTAAGTGAGGTGATTTATGTTT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:480 AS:i:480 nn:i:0 tp:A:P cm:i:36 s1:i:431 s2:i:0 L36 81 contig03 47 60 250M contig02 1430 0 AGGTTAAATTTAATGTCACCGTTTATCGCAACCTGCCGACCACTCGCGATGCAATCATGACTTCGTGATAAAAGATTGAGTGTGAGGTTATAACGCCGACGCGGTAAAAATTTTAATTTTTGCCGCTGAGGGGTTGACCAAGCGACGCGCGGTAGGTTTTCTGCTTAGGAGTTTAATCATGTTTCAGACTTTTATTTCTAGCCATAATTCAAACTTTTTTTCTGATAAGCTGGTTCTCACTTCTGTTACT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:18 s1:i:234 s2:i:0 L36 161 contig02 1430 14 181M69S contig03 47 0 TTTGAAGGTTGTTTTCCGTTCTGGTGATTGGTCTAAGAAGTTTAAGCTTGCTGAGGGTCAGTGGTATCACAATGCGCCTTCGTATGTTTCTCCTGCATATCACCTTCTTCAAGGCTTCCCTTTCATTCAGGGACCGCCTTCTGGTGATTTGCAAGAACGCGTAGTTATTCGCCCCCATGATTATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGAATAGTCAGGTTAAATTTAATGTGACCGTT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:13 ms:i:238 AS:i:238 nn:i:0 tp:A:P cm:i:2 s1:i:42 s2:i:0 SA:Z:contig03,1,+,181S69M,60,0; L36 2209 contig03 1 60 181H69M = 47 296 TATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGAATAGTCAGGTTAAATTTAATGTGACCGTT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:0 ms:i:138 AS:i:138 nn:i:0 tp:A:P cm:i:7 s1:i:234 s2:i:0 SA:Z:contig02,1430,+,181M69S,14,13; L37 99 contig03 1627 60 250M = 1833 456 TGCTGCCTCTGGTGTGGTTGATATTTTTCATGGTATTGATAAAGCTGTTGCCGATACTTGGAACAATTCCTGGAAAGACGGTAAAGCTGATGGTATTGGCTCTAATTTGTCTAGGAAATAACCGTCAGGATTGACACCCTCCCAATTGTATGTTTTCATGCCTCCAAATCTTGGAGGCTTTTTTATGGTTCGTTCTTATTACCCGTCTAAATGTCACGATGATTATTTTGACTTTGAGCGTGTCGAGGCT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:21 s1:i:364 s2:i:0 L37 147 contig03 1833 60 250M = 1627 -456 CTGAATGTCACGCTGATTATTTTGACTTTGAGCGTATCGAGGCTCTTAAACCTGCTATTGAGGCTTGTGGCATTTCTACTCTTTCTCAATCCCCAATGCTTGGCTTCCATAAGCAGATGGATAACCGCATCAAGCTCTTGGATGAGATTCTGTCTTTTCGTATGCATGGCGTTGAGTTCGTTAATGGTGGTATGTATGTTGACGGCCATAAGGCTGCTTCAGACGTTCGTGATGAGTTTGTATCTGTTAC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:21 s1:i:364 s2:i:0 L38 97 contig02 1437 60 174M76S contig03 68 0 GATTTTTTCCGTTCTGGTGATTCGTCTAAGAAGTTTAAGATTGCTGGGGGTCAGTGGTATCGTTATGCGCCTTCGTATGTTTCTCCTGCTTATCACCTTCTTGAAGGCTTCCCATTCATTCAGGAACCGCCTTCTGGTGATTTGCAAGAACGCGTATTTATTCGCCAACATGATTATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGCATAGTCAGGTTAAATTTAATCTGACCGTTTATCGCA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:310 AS:i:310 nn:i:0 tp:A:P cm:i:17 s1:i:139 s2:i:0 SA:Z:contig03,1,+,174S76M,43,2; L38 2145 contig03 1 43 174H76M = 68 317 TATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGCATAGTCAGGTTAAATTTAATCTGACCGTTTATCGCA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:132 AS:i:132 nn:i:0 tp:A:P cm:i:3 s1:i:209 s2:i:0 SA:Z:contig02,1437,+,174M76S,60,4; L38 145 contig03 68 60 250M contig02 1437 0 TTTATCGCAATGTGCCGACCACTCGCGATTCAATCATGACTTCGTGATAAAGGATTGAGTGTGAGGTTATAACGCCGAAGCGGTAAAAATTTTAATTCTTGCCGCTGAGCGGTTGACCAAGCGAAGCGCGGTAGGTTTTCTGCTTAGGAGTGTAATCATGTTTCAGACTTTTATTTCTCGCCATAATTCAAACTTTTTTTCTGATAAGCTGGTTCTCACTTCTATTACTCCAGCTTCTTCGGAACCTGTT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:7 ms:i:430 AS:i:430 nn:i:0 tp:A:P cm:i:19 s1:i:209 s2:i:0 L39 83 contig03 968 60 250M = 765 -453 AGTTTTGTTTCTGGTGCTATGGCTAAAGCTGGTAAAGGACTTCTTGAAGGTACGTTGCAGGCTGGCACTTTTGCCGTTTCTGATAAGTTGCTTGATTTGGTTGGACTTGGTGACAAGTCTGCCCCTGATAAAGGAAAGGATACTCCTGATTATCTTGCTGCTGCATTTCCTGAGCTTAATACTTGGGAGCGTGCTGGTCCTGATGCTTCCTCTGCTCGTATGGTTGACGCCGGATTTGAGAATCAAAAAG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:7 ms:i:430 AS:i:430 nn:i:0 tp:A:P cm:i:13 s1:i:290 s2:i:0 L39 163 contig03 765 60 250M = 968 453 TTGGTGCTATTGCTGGCGGTATTGCTTCTGCTATTGCTGGTGGCGCCATGTCTAAATTGTTTGGAGGCGGTCAAAAAGCCGCCTCCGGTGGCATTCAAGGTGATGAGCTTGCTACCGATAACAATACAGTAGGCATGAGTCATGCTTGTATTAAATCTGCCATTCAAGGCTCTAATGTTCCGAACCCTGATGAGGCCGCCCCTAGTTTTGTTTCTGGTGCTATGGCTAAAGCTGGTAAAGGACTTCTTGA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:7 ms:i:430 AS:i:430 nn:i:0 tp:A:P cm:i:17 s1:i:290 s2:i:0 L40 83 contig03 1260 60 250M = 965 -545 AGATGCAAAATGAGACTTAAAAAGAGATTGCTGGCATTCAGTCGGCGACTTCACGCCAGAATACGAAAGACCAGGTATATGCACAAAATGAGATGCTTGCTTATCAACAGAAGGAGTATAGTGCTCGCGTTGCGTCTATTATGGAAAACACCAATCTTTCCAAGCAACAGGAGGTTTCCGAGCTTATGCGCCAAATGCGTACTCAAGCTCAAACGGCTGGTCAGTATTTTACCAATGACCAAATCAAAGA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:23 s1:i:386 s2:i:0 L40 163 contig03 965 60 250M = 1260 545 CCTAGTTTTGTTTCTGGTGCTATGGCTAAAGCTGGTAAAGGACTTCTTGAAGGTACGTTGCAGGCTGGCACTTCGGCCGTTTCTGATAAGTTGCTTGATTTGGTTGGACTTGGTGGCAAGTCTGCCGCTGATGACGGAAAGGATACTCGTGATTATCTTGCTGCTGCATTTCCTGAGCTTAATGCTTGGGAGCGTGCTGGTGCTGGTGCTTCCTCTGGTGGTATGGTTGACGCCGGATTTGAGAATCAAA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:22 s1:i:386 s2:i:0 L41 83 contig03 1268 60 250M = 1058 -460 AATGAGACTCAAAAAGAGATTGCTGGCATTCGGTCGGCGACTTCACGCCAGAATACGAAAGACCAGGTATATGCACAAAATGAGATGCTTGCTTATCAACAGAAGGAGTCTACTGCTCGCGTTGCGTCTATTATGGAAAACACCAATCTCTCAAAGCAGCAGCAGGTTTCCGAGATTATGCGCCAAATGCTTACTCAAGCTCAAACGGCTGGTCAGTATTTTACCAATGACCAAACCAAAGAAATGACTC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:25 s1:i:383 s2:i:0 L41 163 contig03 1058 60 250M = 1268 460 CTTGATTTGGTTGGACTTGGTGGCAAGTCTGACGCTGATAAAGGAAAGGATACTCGTGATTATCTTGCTGCTGCATTTCCTGAGCTTAATGCTTGGGAGCGTGCTTGTGCTGATGCTTCCTCTGCTGGTATGGTTGACGCCGGATTTGAGAATCAAAAAGAGCTTACTAAAATGCAACTGGACAATCAGAAAGAGATTGCCGAGTTGCAAAATGAGACTCAAAAAGAGATTGCTGGCATTCAGTCGGCGA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:470 AS:i:470 nn:i:0 tp:A:P cm:i:22 s1:i:383 s2:i:0 L42 97 contig02 1292 60 250M contig03 1 0 GTTTACACTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGATTCAGTACCTTAACGCTAAAGGTGCTTTGACTTATACCGATATTGCTGGCGACCCTGTTTTGTATGGCAACTTGCCGCCGCGTGAAATTTCTATGAAGGATGTTTTCCGTTCTGGTGATTCGTCTAAGAAGTTTAAGATTGCTGAGGGTCAGTGGTATCGTTATGCGCCTTCGTATGTTTCCCCTGCTTATCACCTTCTTGAA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:480 AS:i:480 nn:i:0 tp:A:P cm:i:37 s1:i:232 s2:i:0 L42 145 contig03 1 60 44S206M contig02 1292 0 CTTCTGGTGATTTGCAAGAACGCGTACTTATTCGCCGCCATGATTATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCATTGGAATAGTCAGGTTAAATTTAATGTGACCGTTTATCGCAATCTGCCGACCACTCGCGATTCACTCATGACTTCGTGATAAAAGATTGAGTGTGAGGTTATAACGCCGAAGCGGTCAAAACTTTAATTATTGCCGCTGAGGGGTTGACCAAGCGAAGCGCGGTAGGTTTT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:362 AS:i:362 nn:i:0 tp:A:P cm:i:14 s1:i:146 s2:i:0 SA:Z:contig02,1567,-,44M206S,38,1; L42 2193 contig02 1567 38 44M206H = 1292 -319 CTTCTGGTGATTTGCAAGAACGCGTACTTATTCGCCGCCATGAT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:1 ms:i:78 AS:i:78 nn:i:0 tp:A:P cm:i:3 s1:i:232 s2:i:0 SA:Z:contig03,1,-,44S206M,60,5; L43 99 contig03 1148 60 250M = 1368 470 GCTTGGGAGCGGCCTGGTGCTGATGCTTCCTCTGCTGGTATGGTTGACGCCGGATTTGAGAATCAAAAAGAGCTTACTAAAATGCAACTGGACAATCAGAAAGAGATTGCCGAGATGCAAAATGAGACTCAAAAAGAGATTGCTGGCATTCAGTCGGCGACTTCACGCCAGAATACGAAAGACCAGGTATATGCACAAAATGAGATGCTTGCTTATCAACAGAAGGAGTCTACTGCTCGCGTTGCGTCTA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:480 AS:i:480 nn:i:0 tp:A:P cm:i:33 s1:i:417 s2:i:0 L43 147 contig03 1368 60 250M = 1148 -470 AGAAGGAGTCTACTGCTCGCGTTGCGTCTATTATGGAAAACACCAATCTTTCCAAGCAACAGCAGGTTTCCGAGATTATGCGCCAAATGCTTACTCAAGCTCAAACGGCTGGTCAGTATTTTACCAATGACCAAATCAAAGAAATGGCTCGCAAGGTTAGTGCTGAGGTTGACTTAGTTCATCAGCAAACGCAGAATCAGCTGTATGGCTCTTCTCATATTGGCGCTACTGCAAAGGATATTTCTAATGT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:480 AS:i:480 nn:i:0 tp:A:P cm:i:29 s1:i:417 s2:i:0 L44 83 contig02 519 60 250M = 214 -555 CGTCTTATTACCATTTCAACTACTCCGGTTATCGCTGGCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGTTGGCGCTCTCCGTCTTGCTTCTTTGCGTCGTTGCCTTGCTTTTGACTCTACTGTAGAAATTTTTACTTTTTATGTCCCTCATCGTCACGTTTATGGTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAAGGATGGTGTTAATGCCATTCCTCTCCCGACTGTTAACACTACTGGTTATATTGAACATGCCGCTTTTC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:8 ms:i:420 AS:i:420 nn:i:0 tp:A:P cm:i:24 s1:i:359 s2:i:0 L44 163 contig02 214 60 250M = 519 555 GCAGGAAACTCTGACGTTCTTACTGACGCAGAAGAAAACGTGCGTCAAAAATTACGTGCGGAAGGAGTGATGTAATGTCTAAAGGTAAAAAACGTTCTGGCGCTCGCCCTGGTCGTCCGCAGCCGTTGCGAGGTACTAAAGGCACGCGTAAAGGCGCTCGTCTTTGGTATGTAGGTGGTCAACAATTTTAATTGCAGGGGCCTCGGCCCCTTACTTGAGGATAAATTATGTCGAATATTCAAACTGGCGC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:460 AS:i:460 nn:i:0 tp:A:P cm:i:30 s1:i:359 s2:i:0 L45 83 contig01 425 60 136M114S = 153 -408 GACCGCTTTGGCCTCTATTAAGCTCATTCAGGCTTCTGCCGTTTTGGATTTAACCGAAGATGATTTCGATTTTCTGACGAGTAACAATGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTGCTCGTTTCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTGGGATACCCTCACTTTCCTGCTCCTGTTCAGTTTATTGCTGCCGTCATTGCTTATTATGTTCATCCCGTCAACATTCAAACGGCCTGT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:242 AS:i:242 nn:i:0 tp:A:P cm:i:16 s1:i:279 s2:i:0 SA:Z:contig02,1,-,136S114M,60,2; L45 2129 contig02 1 60 136H114M contig01 153 0 TGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTGGGATACCCTCACTTTCCTGCTCCTGTTCAGTTTATTGCTGCCGTCATTGCTTATTATGTTCATCCCGTCAACATTCAAACGGCCTGT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:208 AS:i:208 nn:i:0 tp:A:P cm:i:10 s1:i:75 s2:i:0 SA:Z:contig01,425,-,136M114S,60,3; L45 163 contig01 153 60 250M = 425 408 CTTGCGCAGCTCGAGAAGCTCTTACTTTGCGAGCTTTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAAAACTGACGCGTTGGATGAGGAGAAGTGGCTTAATATGCTTGGCACGTTCGTCAAGGACTGGTTTAGATATGAGTCACATTTTGTTCATGGGAGAGATTCTCTTGTTGTCATTTTAAAAGAGCGTGGATTACTATCTGAGTCCGATGCTGTTCAACAACTAATAGGTAAGAAATCTTGAGTCAAGTTA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:21 s1:i:279 s2:i:0 L46 81 contig04 1 60 12S238M contig03 2072 0 GTGTTCAAGATTGCTGGAGGCCTCCACTATGAAATCGCGTAGAGGCTTTGCTATTCAGCGTTTGATGAATGCAATGCGACAGGCTCATGCTGATGGTTGGTTTATCGTTTTTGACACTCTCACGTTGGCTGACGACCGATTAGAGGCGTGTTATGATAATCCCAATGCTTTGCGTGACAATTTTCGTGATATCGGTCGTAGGGTTCTTGCTGCCGAGGGTCGCAAGGCTAATGATTCACACGACGACTGC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:426 AS:i:426 nn:i:0 tp:A:P cm:i:20 s1:i:174 s2:i:0 L46 161 contig03 2072 60 239M11S contig04 1 0 GTATCTGTTACTGAGAAGTTAATGGATGAATTGGCACAATGCTACAATGTGCTCCCCCAACTTGATATTAATAACACTATAGACCACCGCCCCGAAGGGGACGATAAATGGGTTTTAGAGAACGAGAAGACGGTTACGCAGTTTTGCCGTAAGCTGGCTGCTGAACGGCCTCTTAAGGATTTTCGCGATGAGTATAATTACCCCAAAAAGAAAGGTATTAAGAATGAGTGTTCAAGATTGCTGGAGGCCT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:418 AS:i:418 nn:i:0 tp:A:P cm:i:18 s1:i:158 s2:i:0 L47 99 contig02 17 60 250M = 263 496 TGGACTTTGTGGGATACCCTCGCTTTCCTACTCCTGTTGAGTTTATTGCTGCCGTCATTGCTTATTATGTTCATCCCGTCAACATTCATACGGCCGGTCTCATCATGGAAGGCGCTGAATTTACGGAAAACATTATTAATGGCGTCGAGCGTCCGGTTAAAGCCGCTGAATTGTTCGCGTTTACCTTGCGTGTACGCGCAGGAAACTCTGACGTTCTTACTGACGCAGAAGAAAACGCGCGTCAAAAATT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:26 s1:i:423 s2:i:0 L47 147 contig02 263 60 250M = 17 -496 AATTACGTGCGGAAGGAGTGATGTAATGTCTAAAGGTAAAAAACGTTCTGGCGCTCGCCCTGGTCGTCCGCAGCCGTTGCGAGGTACTAAAGGCAAGCGTAAAGGCGCTCGTCTTTGGTATGTAGGTGGTCAACAATTTTAATTGCAGGGGCTTCGGCCCCTTTCTTGAGGATAAATTATGTCTAATATTCAAACTGGCGCCGAGCGTATGCCGCATGACCTTTCCCATCTTGGCTTCCTTGCTGGTCAG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:1 ms:i:490 AS:i:490 nn:i:0 tp:A:P cm:i:34 s1:i:423 s2:i:0 L48 99 contig02 92 60 250M = 399 557 CCGTCAACATTCAAACGGCCTGTCTCATCATGGAAGGCGCTGAATTTACGGAAAACATTATTAATGGCGTCGAGCGTCCGGTTACAGCCGATGAATTGTTTGCATTTACCTTGCGTGTACGCGCAGGAAACTCTGACGTTCTTACTGACGCAGAAGAAAACGTGCGTCAAAAATTACCTGCGGAAGGAGTGATGTAATGTCTAAAGGTAAAAAACGTTCTGGCGCTCTCCCTGGTCGTCCGCAGCCGTTG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:7 ms:i:430 AS:i:430 nn:i:0 tp:A:P cm:i:22 s1:i:317 s2:i:0 L48 147 contig02 399 60 250M = 92 -557 TTTTAATTGCATGGGCTTCGGCCCCTTACTTGAGGATAAATTATGTCTAATACTCAAACTGGCGCCGAGCGTATGTCGCATGACCTTTCCCATCTTGGCTTCCTTGCTGGTCAGATTGGCCGTCTTATTCCCCTTTCAACTACTCCGGTTATCGTTGGCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGTTGGCGCTCTCCGTCTTTCTCCATTGCGTCGTGGCCATGCTATTGACTCTACTGTAGACATTTTTACTT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:8 ms:i:420 AS:i:420 nn:i:0 tp:A:P cm:i:15 s1:i:317 s2:i:0 L49 99 contig02 659 60 250M = 896 487 TCACCGTCACGTTTATGGTGAACAGTGGAGTAAGTTCATGAAGGATAGTGTTAATGCCACTCCTCTCCCGACTGTTAACACTACTGGTTATATTGACCATGCCGCTTTTCTTGGCACGATTAACCCTGATACCAATAAAATCCCTAAGCATTTGTTTCAGGGTTATTTGAATATCTATAACAACTATTATAAAGCGCCGTGGATGCCTGACCGTACCGAGGCTAACCCTTATGGGCTTAATCAAGATGAT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:442 AS:i:442 nn:i:0 tp:A:P cm:i:24 s1:i:352 s2:i:0 L49 147 contig02 896 60 250M = 659 -487 TCATCAAGATGATGCTCGTTATGGTTTCCGTTGCTGCCATCTCAAAAATATTTGGACTGCTCCGCTTCCTCCTGAGACTGAGCTTTCTCGCTAAATGACGACTTCTACCACATCTATTGACATTATGGGTCTGCAAGCTGCTTATGCTAATTTGCATACTGACCAAAAACCTGATTACTTCATGCAGCGTTACCATGACGTTATTTCTTCATTTGGAGGTAAAACCTCTTATGACGCTGACAACCGTCCT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:446 AS:i:446 nn:i:0 tp:A:P cm:i:21 s1:i:352 s2:i:0 L50 99 contig02 889 60 250M = 1154 515 ATGAGCTAAATCAAGATGATGCTCGTTATGGTATCCGTTGCTGGCATCTCAAAAACATTTGGACTGCTCCGCTTCCTCCAGAGACTGAGCTTTCTCGCCAAATGAGGACTTCTACCACATCTATTGACATTATGGGTCTGCAAGCTGCTTATGCTAATTTGCATACTGACCAAGAACGTGATTACTTCATGCAGCGATACCATGATGTTATTTCTTCATTTGGAGGTAAAACCTCTTATGACGCTGACAA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:19 s1:i:381 s2:i:0 L50 147 contig02 1154 60 250M = 889 -515 CATGCGCTCTAATCTCTGGGCATCTGGCTATGATGTTGATGGAACTGACCAAACGTCGTTAGGCCAGTTTTCTGGTCGTGTTCAACAGACCTATAAACATTCAGTGCCGCGTTTCTTTGTTCCTGAGCATGGCACTATGTTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGATTCAGTACCTCAACGCTAAAGGTGCTTTGACTGATACCGATATTGCTGGCGACCCTGTTTTGTAT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:470 AS:i:470 nn:i:0 tp:A:P cm:i:26 s1:i:381 s2:i:0 L51 83 contig02 110 60 250M = 1 -359 CCTGTCTCATCATGGAAGGCGCTGAATTTACGGAAAGCATTATTAATGGCGTCGAGCGTCCGGTTAAAGCCGCTGAATTGTTCGCGTTTACCTTGCGTGTACGCGCAGGAAACTCTGACGTTCTTACTGACGCATAAGAAAACGTGCGTCAAAAATTACGTGCGGAAGGAGTGATGTAATGTCTAAAGGTAAAAAACGTTCTGGCGCTCGCCCTGGTCGTCCGCAGCCGTTGCGAGGTACTAAAGGCAAG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:470 AS:i:470 nn:i:0 tp:A:P cm:i:25 s1:i:279 s2:i:0 L51 163 contig02 1 60 56S194M = 110 359 GTAACAATGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTGCTCGTCGCTGCGTTGAGGCATGCGTTTATGGTACGCTGCACTTTGTGGGATACCTTCGCTTTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATAGCTGCCGTCATTGCTTATTATGTTCATCCCGTCAACATTGAAACGGCCTGTCTCATCATGGAAGGCGCTGAATTTACGGAAAACATTATTAATGGCGTCGAGCGTCCGGTTAAAGCCGCTGAATTGTGCGC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:340 AS:i:340 nn:i:0 tp:A:P cm:i:18 s1:i:279 s2:i:0 SA:Z:contig01,505,+,55M195S,27,1; L51 2209 contig01 505 27 55M195H contig02 110 0 GTAACAATGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTGCTCGTCGCTGCGTTGAGGC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:1 ms:i:100 AS:i:100 nn:i:0 tp:A:P cm:i:5 s1:i:43 s2:i:0 SA:Z:contig02,1,+,56S194M,60,5; L52 83 contig01 306 60 250M = 85 -471 TAGAGATTCTCTTGTTGACAGTTTAAAAGAGCGTGGATTACTATCTGAGTCCGATGCTGTTCAACCACGAATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTTTCCAGACCGCTTTGGCCTCTATTAAGCTCATTCAGGCTTCTGCCGTTTTGGATTTAACCGAAGATGATTCCGCTTTTCTGACGAGTAACAATGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTGCTCGTCGCTGCGTTG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:26 s1:i:351 s2:i:0 L52 163 contig01 85 60 250M = 306 471 TACTACTGCTTGTTTACGAATTAAATCGAAGTGGACTGCTGGCGGAAAATTAGAAAATCCGACCTATCCTTGCGCAGCGCGAGAAGCTCTTACTTTGCGACCTTTCGCCATCAACTAACGAATCTTTCAAAAACTGACGCGTTGGATGAGGAGAAGTGGCTTAATATGCTTGGCACGCTCGTCAAGGACTGGTTTAGATATGAGTCACATTTTGTTCATGGCAGAGATTCTCTTGTTGACATTTTAAAAG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:7 ms:i:430 AS:i:430 nn:i:0 tp:A:P cm:i:21 s1:i:351 s2:i:0 L53 97 contig02 1353 60 250M contig03 44 0 GCTAAAGGTGCTTTGACTTATACCGATATTGCTGGCGACCCTGTTTTGTATGGCAACTTGCCGCCGCGTGAAATTTCTATGAAGGATGTTTTCCGTTCTGGTGATTCGTCTAAGAAGTTTAAGATTGCTGAGGGACAGTGGTATCGTTATGCGCCTTCGTATGTTTCTCCTGCTTATCACCTTCTTGAAGCCTTCCCATTCATTCAGGAACCGCCTTCTGGTGATTTGCGAGAACGTGTACTTATTCGCC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:460 AS:i:460 nn:i:0 tp:A:P cm:i:23 s1:i:193 s2:i:0 L53 145 contig03 44 60 250M contig02 1353 0 GTCAGGTTAAATTTAATGTGACCGTTTATCGCAATCTACCGGCCACTCGCGATTCAATCATGACTTCGTGATAAAAGATTGAGTGCGAGGTTATAACGCCGAAGCGGTAAAAATTTTAGTTTTTGCCGCTGAGGGGTTGACCAAGCGAAGCGCGGTAGGTTTTCTGCTTAGGAGTTTAATCATGTTTCCGACTTTTATTTCTCGCCATAATTCAAACTTTTTTTCTGATAAGCTGGTTCTCACTTCTGTT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:22 s1:i:216 s2:i:0 L54 83 contig02 1091 60 250M = 799 -542 TGATGTTATTTCTTCATTTGGAGGTAAAACCTCTTATGACGCTGACAACCGTCCTTTACTTGTCATGCGCTCTAATCTCTGGGCATCTGGCTATGATGTTGATGGAACTGACCAAACGTCGTTAGGCCAGTTTTCTGGTCGTGTTCAACAGACCTATAAACATTCTGTGCCGCGTTTCTTTGTTCCTGAGCATGGCACTATGTTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACAGCGACTAAAGAGATT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:1 ms:i:490 AS:i:490 nn:i:0 tp:A:P cm:i:34 s1:i:355 s2:i:0 L54 163 contig02 799 60 250M = 1091 542 TCCCTAAGCATTTGTTTCAGGGTTATTTGAATATCTATAACCACTATTTTAAAGCGCCGTGTATGCCTGACCGTACCGAGGCTAACCCTAATGAGCTTAATCAAGATGGTGCTCGTTATGGTTTCAGTTGCTGCCATCTCAAAAACATTTGGACTGCTCGGCTTCCTCCTGAGACTGAGCTTTCTCGCCAAATGACGACTTCTACCACATCTATTACCATTATGGGTCTGCAAGCTGTTTATGCTAATTT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:8 ms:i:420 AS:i:420 nn:i:0 tp:A:P cm:i:15 s1:i:355 s2:i:0 L55 99 contig03 1532 60 250M = 1846 564 AAGGTTGACTTAGTTCATCAGCAAACGCAGAATCAGCGGTATGGCTCTTCTCATATTGGCGCTACTGCAAAGGATATTTCTAATGTCGTCACTCATGCTGCTTCTGGTGTGGTTGATATTTTTCATGGTATTCATAAAGCTGTTGCCGGTACTTGGAACAATTTCTGGAAAGACGGTAAAGCTGGTGGTATTGGCTCTAATTTATCTACGAAATAACCGTCAGGATTGACACCCTCCCAATTATATGTTT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:8 ms:i:428 AS:i:428 nn:i:0 tp:A:P cm:i:17 s1:i:327 s2:i:0 L55 147 contig03 1846 60 250M = 1532 -564 TGATTATTTTGACTTTGAGCGTGTCGAGGCTCTTAAACCTGCTATTGAGGCTTGTGGCATTTCTACTCTTTCTCAATCCCCAATGCTTGGCTTCCATAACCAGATGGATAACCGCATCAAGCTCTTGGAAGAGATTCTGTCTTTTCGCATGCATGGCGTTGAGTTCGTTAATGGTGATATGTATGTTGACGGCCATAAGGCTGCTTCTGACGTTCGTGATGAGTTTGTATCTGTTACTTAGAAGTTAATG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:20 s1:i:327 s2:i:0 L56 83 contig04 210 60 250M = 1 -459 GCAAGGCTAATGATTCACACGACGACTGCTATCAGTATTTTTGTGTGCCTGAGTATGGTACAGCTAATGGCCGTCTTCATTTCCATGCGGTGCACATTATGCGGACTCTTCCTACAGGTAGCGTTGACCCTAATTTTGGTCGTCGGGTACGCAATCGCCGCCAGTTAAATAGCTTGCAAAATACGTGGCCTTATGGTTACAGTATGCCCATCGCAGTTCGCTAGACGCAGGACGCTTTTTCACGTTCTGG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:460 AS:i:460 nn:i:0 tp:A:P cm:i:27 s1:i:372 s2:i:0 L56 163 contig04 1 60 41S209M = 210 459 TACCCCAAAAAGAAAGGTATTAAGGATGAGTGTTCAAGATTGCTGGAGGCCTCCACTATGAAATCGCGTAGAGGCTTTGCTATTCAGCGTTTGATGAATGCAATGCGACAGGCTCATGCTGATGGTTGGTTTATCGTTTTTGACACTCTCACGTTGGCTGACGACCGATTAGAGGCGTTTTATGATAATCCCAATGCTTTGCGTGACTATTTTCGTGATATTGGTCGTATGGTTCTTGCTGCCGAGGGTC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:0 ms:i:418 AS:i:418 nn:i:0 tp:A:P cm:i:28 s1:i:372 s2:i:0 SA:Z:contig03,2270,+,41M209S,1,0; L56 2209 contig03 2270 1 41M209H contig04 210 0 TACCCCAAAAAGAAAGGTATTAAGGATGAGTGTTCAAGATT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:0 ms:i:82 AS:i:82 nn:i:0 tp:A:P cm:i:2 s1:i:26 s2:i:0 SA:Z:contig04,1,+,41S209M,60,0; L57 99 contig02 874 60 250M = 1180 556 CCGAGGCTAACCCTAATGAGCTTAATCAAGATGATGCTCGTTATGGTTTCCGTTGCTGCCATCTCAAAAACATTTGGACTGCTCCGCTTCCTCCTGAGACTGAGCTTTCTCGGCAAATGACGACTTCTACCACATCTATTGGCATTATGGGTCTGCAAGCTGCTTATGCTAATATGCATACTGACCAAGAACGTGATTACTTCATGCAGCGTTACCATGAGGTTATTTCTTCATTTGGAGGTAAAACCTC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:460 AS:i:460 nn:i:0 tp:A:P cm:i:26 s1:i:421 s2:i:0 L57 147 contig02 1180 60 250M = 874 -556 GCTATGATGTTGATGGAACTGACCAAACGTCGTTAAGCCAATTTTCTGGTCGTGTTCAACAGACCTATAAACATTCTGTGCCGCGTTTCTTTGTTCCTGAGCATGGCACTATGATTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGATACAGTACCTTAACGCTAAAGGTGCTTTGCCTTATACCGATATTGCTGGCGACCCTGTTTTGTATGGCAACTTGCCGCCGCGTGAAATTTC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:21 s1:i:421 s2:i:0 L58 83 contig03 608 60 250M = 352 -506 TATTGACGTCCTTCCCCGTACGCCGGGCAATAACGTTTATGTTGGTTTAATGGTTTGGTCTAACTTTACCGCTACTAAATGCCGCGGATTGGTTTCGCCGAATCAGGTTATTAAAGAGATTATTTGTCTCCAGCCACTTAAGTGAGGAGATTTATGTTTGGTGCTATTGCTGGCGGTATTGCTTCTGCTCTTGCTGGTGGCGCCATGTCTAAATTATTTGGAGGCGGTCAAAAAGCCGCCTCCGGTGGCA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:460 AS:i:460 nn:i:0 tp:A:P cm:i:21 s1:i:397 s2:i:0 L58 163 contig03 352 60 250M = 608 506 ATTTTGATAGTTTGACGGTTAATGCTGGTAATGGTGGTTTACTTCATTGCATTCAGATGGATCCATCTGTCAACGCCGCTAATCAGGTTGTTTCCGTTGGTGCTGATAATCCTTTTGATGCCGAGCCTAAATTTTTTGCCTGTTTGGTTCGCTTTGAGTCTTCTTCGGTTCCGACTACCCTCCCGACTGCCTATGATGTTTATCCTTTGAATGGTCGCCATGATGGTGGTTATTATACCGTCAAGGACTG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:21 s1:i:397 s2:i:0 L59 83 contig03 512 60 250M = 350 -412 TTCTTCGGTCCCGACTACCCTCCCGACTGCCTATGATGTTTATCCTTTGAATGGTCGCCATGATGGTGGTTATTATACCGTCAAGGACTGTGTGACTATTGACGTCCTTCCCCGTACGCCGGGCAACAACGTTTATGTTGGTTTCATGGTTTGGTCTAACTTTACCGCTACGAAATGCCGCGGATTGGTTTCGCTGAATCAGGTTATTAAAGAGATTATTTGTCTCCAGCCACTTAAGTGAGGTGATTTA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:470 AS:i:470 nn:i:0 tp:A:P cm:i:32 s1:i:354 s2:i:0 L59 163 contig03 350 60 250M = 512 412 ATATTTTGATAGTTTGACGGTTAATGCTGGTAATGGTGGTTTTCTTCATTGCATTCAGATGGATACATCTGTCAACGCCGCTAACCCGGTTGTTTCTGTTGGTGCTGATATTGCTTTTGATGCCGACCCTAAATTTTTTGCCTGTTTGGTTCGGTTTGAGTCTTCTTGGGTACCGACTACCCGCCCGACTGCTTATGATGTTTATCCTTTGAATGGTCGCCATGATGGGGGTTATTATACCGTCAAGGAT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:9 ms:i:418 AS:i:418 nn:i:0 tp:A:P cm:i:21 s1:i:354 s2:i:0 L60 83 contig02 731 60 250M = 464 -517 TGTTAACGCTACTGGTTATATTGACCATGCCGCTTTTCTTGGCACGATTAACCCTGATACCAATAAAATCCCTAAGCATTTGTTTCAGGGTTATTTGAATATCTATAACAACTATTTTAAAGCGCGGGGCATGCCTGACCGTACGGAGGCTAACACTAATGAGCTTAATCAAGATGATGCTCGTTATGGTTTCCGTTGCTGCCATCTCAAAAACATTTGGACTGGTCCGCTTCCTCCTGAGACTGAGCTT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:7 ms:i:430 AS:i:430 nn:i:0 tp:A:P cm:i:24 s1:i:417 s2:i:0 L60 163 contig02 464 60 250M = 731 517 CGAGCGTATGCCGCATGACCTTTCCCATCTTGGCTTCCTTGCTGGTCAGATTGGTCGTCTTATTACCATTTCAACTACTCCGGTTATCGCTGGCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGTTGGCGCTCTCCGTCTTTCTCCATTGCGTCGTGGCCTTGCTATTGACTCTACTGTAGACATTTTTACTTTTTTTGTCCCTCATCGTCACGTTTATGGTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAAGGACGGTGTTAAT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:480 AS:i:480 nn:i:0 tp:A:P cm:i:33 s1:i:417 s2:i:0 L61 99 contig02 1212 60 250M = 1458 399 TTAGGCCAGTTTTCTGGTCGTGTTCAACAGACCTATTAATATTCTGTGCCGCGTTTCTTTGGTCCTGAGCATGGCACTATGTTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGACATTAAGTACCTTAACGCTAAAGGTGCTTTGACTTATACCGATATTGCTGGCGACCCTGTTTTGTATGGCAACTTGCCGCCGCGTGAAATTTCTATGAAGGATGTTTTCCGTTCTGGTGATTCGT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:27 s1:i:312 s2:i:0 L61 147 contig02 1458 60 153M97S = 1212 -399 TCGTCTAAGAAGTTTAAGATTGCTGAGGGTCAGTGGTATCGTTCTGCGCATTCGTATGTTTCTCCCGCTTATCACCTTCTTGAAGGCTTCCCATTCATTCAGGAACCGCCTTCTGGTGATTTGCAAGAACGCGTACTTATTCGCCACCATGATTATGACCAGTGTTTCCAGTACGTTCAGTTGTGGCAGTGGAATAGTCAGGTTAAATTTAATGTGACCGTTTATCGCAATCTGCCGACCACTCGCGATT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:276 AS:i:276 nn:i:0 tp:A:P cm:i:17 s1:i:312 s2:i:0 SA:Z:contig03,1,-,153S97M,48,2; L61 2193 contig03 1 48 153H97M contig02 1212 0 TATGACCAGTGTTTCCAGTACGTTCAGTTGTGGCAGTGGAATAGTCAGGTTAAATTTAATGTGACCGTTTATCGCAATCTGCCGACCACTCGCGATT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:174 AS:i:174 nn:i:0 tp:A:P cm:i:6 s1:i:53 s2:i:0 SA:Z:contig02,1458,-,153M97S,60,3; L62 83 contig02 841 60 250M = 553 -538 ACTATTTTAAAGCGCCGTGGATGCCTGACCGTACCGAGGCTAACCCTAATGACCTTAATCAAGATGATGCTCGTTATGGTTTCCGTTGCTGGCATCTCTAAAACATTTGGACTGCTCCGCTTCCTCCTGAGACTGAGCTTTCTCGCCAAATGACGACTTCTACCACATCTATTGACATTATGGGTCTGCAAGCTGCTTGTGCTAACTTGCATACTGACCAGGAACGTGATTACTTCATGCAGCGTTACCA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:22 s1:i:365 s2:i:0 L62 163 contig02 553 60 250M = 841 538 CTGGCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGTTGGCACTCTCCCTCTTTCTCGATTGCGTCGTGGCCTTGCTATTGACTCTACTGTAGACATTTTTACTTTTTATGTCACTCATCGTCACGTTTATGGTGAACGGTGGATTAAGTTCATGAAGGTTGGTGTTAATGCCACTCCTCTCCCGACTGTTAACACTACTGGTTATATTGACCATGCCGCTTTTCTTGGCACGATTAACCCTGATACCAATAAAATCCC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:22 s1:i:365 s2:i:0 L63 81 contig02 52 60 250M contig01 363 0 GTTGAGTTTATTGCTGCCGTCATTGCTTATTATGTTCATCCCGTCAACATTCAAACGGCCTGTCTCATCATGGAAGGCGCTGAATTTACGGAAAACATTATTAATGGCGTCGAGCGCCCGGTTAAAGCGGCTGAATTGTTCGCGTTTACCTTGCATGTACGCGCAGGAAACTCTGACGTTCTTACTGACGCAGAAGAAAACGTGCGTCAAAAATTACGTGCGGAAGGAGTGATGTAATGTCTAAAGGTAA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:460 AS:i:460 nn:i:0 tp:A:P cm:i:28 s1:i:213 s2:i:0 L63 161 contig01 363 60 198M52S contig02 52 0 TGTTCAAGCACTAATAGGTAGGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTTTCCAGACCGCTTTGGCCACTATTAAGCTCATTCAGGCTTCTGCCGTTTTGGATTTAACCGAAGATGATTTCGATTTTCTGACGAGTAACAATGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTGCTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTATGTCGGATACCCTCGCTTTCCTGCTCCTG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:356 AS:i:356 nn:i:0 tp:A:P cm:i:23 s1:i:157 s2:i:0 SA:Z:contig02,1,+,198S52M,12,2; L63 2209 contig02 1 12 198H52M = 52 301 TGCGTTTATGGTACGCTGGACTATGTCGGATACCCTCGCTTTCCTGCTCCTG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:84 AS:i:84 nn:i:0 tp:A:P cm:i:1 s1:i:213 s2:i:0 SA:Z:contig01,363,+,198M52S,60,4; L64 99 contig01 33 60 250M = 189 406 CACTTTCGGATATTTCTGATGAGTCCAAAAATTATCTTGATAAAGCAGGAATTACTACTGCTTGTTTACGAATTAAATCAAAGTGGACTGCTGGCGGAAAATGAGAAAATCCGACCTATCCTTGCGCAGCTCGAGAAGCTCTTACTTTGCGACCTTTCGCGATCAAATAACGCTTCTGTCAAAAACTGACGCGTTGGATGAGGAGAAGTGGCTTAATATGCTTGGCACGTTCGTCTAGGACTGCTTTAGA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:8 ms:i:420 AS:i:420 nn:i:0 tp:A:P cm:i:12 s1:i:317 s2:i:0 L64 147 contig01 189 60 250M = 33 -406 TCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAAAACTGACGCGTTGGATGAGGAGAATTGGCTTAATATGCTTGGCACGTTCGTCAAGGACTGGTTTAGATATGAGTCACATTTTGTTCATGGTAGAGATTCGGTTGTTGACATTATAAAAGAGCGTGGATTACTATCTGAGTCCGATGCTGTTCAACCACTAATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTTTCCAGACTGTTTTGGCGT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:7 ms:i:438 AS:i:438 nn:i:0 tp:A:P cm:i:24 s1:i:317 s2:i:0 L65 99 contig03 701 60 250M = 967 516 TTCGCTGAATCAGGTTATTAAAGAGATTATTTGTCTCCAGCCACTTAAGTGAGGTGATTTATGTTTGGTGCTATTGCAGGCGGTATTGCTTCTGCTCTTGCTGGTGGCGCCATGTCTAAATTGTTTGGAGGCGGTCAAAAAGCCGCCTCCGGCGGCATTCAAGGTGATGTGCTTGCAACCGATAACAATACTGTAGGCATGGGTGATGCTGGTATTAAATCTGCCGTTCAAGGCTCTAATGTTCCTAACC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:460 AS:i:460 nn:i:0 tp:A:P cm:i:25 s1:i:308 s2:i:0 L65 147 contig03 967 60 250M = 701 -516 TAGTTTTGTTTCTGGTACTATGGCTAAAGCTGGTAAAGGACTTCTTGAAGGTACGTTGCAGGCTGGCACTTCTCCCGTTTCTGATAAGTTGCTGGATTTGGTTGGACTTGGTGGCAAGTCTGCCGCTGAAAAAGGAAAGGATCCTCGTGATTATCTTGCTGCTGCACTTCCTGAGCTTAATGCTTGGGAGCGTGCTTGTGCTGATGCTTCCTCTGCTGGTATGTTTGACGCCGGATTTGTGAATCAAAAA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:9 ms:i:410 AS:i:410 nn:i:0 tp:A:P cm:i:13 s1:i:308 s2:i:0 L66 83 contig03 497 60 250M = 226 -521 GGTTCGCTTTGAGTCTTATTCGGTTCCGACTACGCTCCCGACTGCCTATGATGTTTATCCTTTGAATGGTCGCCATGATGGTGGTTATTATACCGTCAAGGACTGGGTGACTATTGACGTCCTTCCCCGTACGCCGGGCAATAACGTTTATGTTGGTTTCATGGTTTGCTCTAACTTTACCGCTACTAAATGCCGCGGATTGGTTTCGCTGAATCAGGTTATTAAAGACGTTATTTGTCTCCAGCCACTT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:23 s1:i:378 s2:i:0 L66 163 contig03 226 60 250M = 497 521 TGTTTCAGACTTTTATTTCTCGCCATAATTCAAACTCTTTTTCTGATAAGCTGGTTCTCACTTCTGTTACTCCAGCTTCTTCGGAACCTGTTTTACAGACACCTAAAGCTACATCGTCAACGTTATATTTTGATAGTTTGACGGTTAATGCTGGTATTGGTCGTTTTCTTCATTGCATTCAGATGGATACATCTGTCAACGCCGCTAATCAGGTTGTTTCTGTTGGTGCTGATAGTGCTTTTGATGCCGA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:25 s1:i:378 s2:i:0 L67 2129 contig02 1 60 121H129M contig01 146 0 TGCGTTTATGATACGCTGGACTTTGTGGGATTCCCTCGCTTTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATTGCTGCCGTCATTGCTTATTATGTTCATCCCGTCAACATCGAAAAGGCCTGTCTCATCATGGAAGGC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:208 AS:i:208 nn:i:0 tp:A:P cm:i:9 s1:i:64 s2:i:0 SA:Z:contig01,440,-,108M142S,60,2; L67 83 contig01 440 60 108M142S = 146 -402 TATTAAGCTCATTCAGGCTTCTGCCGTTTTGGATTTAACCGAAGATGATTTCGATTTTCTGACGAGTAACAATGTTTGGATTCCTACTGACCGCTCTCGTGCTCGTCGTAGCGTTGCGGCTTGCGTTTATGATACGCTGGACTTTGTGGGATTCCCTCGCTTTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATTGCTGCCGTCATTGCTTATTATGTTCATCCCGTCAACATCGAAAAGGCCTGTCTCATCATGGAAGGC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:196 AS:i:196 nn:i:0 tp:A:P cm:i:12 s1:i:305 s2:i:0 SA:Z:contig02,1,-,121S129M,60,5; L67 163 contig01 146 60 250M = 440 402 ACCTATCCTTGCGCAGCTCGAGAAGCTCTTACTTTGCGACCTTTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAAAACTGACGCGTTGGATGAGGAGAAGTGGCTTAATATGGTTGGCACGTTCGTCAAGGACTGGTTTAGATATGAGTCACATTTTGTTCATGGTAGAGATTCTCTTGTTGACATTTTAAAAGAGCGTGGATTACTATCTGAGTCCGATGCTGTTCAACCACTAATAGGTAAGAAATCATGAGT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:1 ms:i:490 AS:i:490 nn:i:0 tp:A:P cm:i:33 s1:i:305 s2:i:0 L68 99 contig03 61 60 250M = 208 397 GTGACCGTTTATCGCAATCTGTCGACCACTCGCGATTCAATCATGACTTCGTGATAAAAGATTGAGTGTGAGGTTATAACGCCGAAGCGGTAAAAATTTTAATTTTTGCCGCTGAGGGGTTGACCAAGCGAAGCGCGGTAGGTTTTCTGCTTAGGAGTTTAATCATGTTTCAGACTTTTATTTCTCGCCATAATTCAAACTTTTTTTCTGATAAGCTGGTTCTCACTTCTGGTACTCCAGCTTCTTCGGC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:480 AS:i:480 nn:i:0 tp:A:P cm:i:28 s1:i:264 s2:i:0 L68 147 contig03 208 60 250M = 61 -397 TGCTTAGGAGTTTAATCATGTTTCAGACTTTTATTGCTCGCCATAATTCAAACTTTTTTTCTGATAAGCTGGTTCTCACTTATGTTACTCCAGCTTCTTCGGCACCTGTTTTACAGACCCTTAAAGCTACATCGTCAACGTTAAATTTTGATAGTTTGACGCTTAATGCTGGTAATGGTGGTTTTCTTCATTGCATTCAGATGGATAAATCTGTCAATGCCGCTAATCAGGCTGTTTCTGTTGGTGCTGA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:9 ms:i:410 AS:i:410 nn:i:0 tp:A:P cm:i:6 s1:i:264 s2:i:0 L69 81 contig03 1 60 39S211M contig02 1322 0 GGTGATTTGCAAGAACGCGTACTTATTCGCCACCATGATTATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGAATAGTCAGGTTAAATTTAATGTGACCGTTTATCGCAATCTGCCGACCACTCGCGATTCACTCATGACTTCGTGATAAAAGATTGAGTGTGAGGTTATAGCGCCGAAGCGGTAAAAATTTTAATTTTTGCCGCTGAGGGGTAGACCAAGCGAAGCGCGGTCGGTTTTCTGCT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:382 AS:i:382 nn:i:0 tp:A:P cm:i:16 s1:i:150 s2:i:0 SA:Z:contig02,1572,-,39M211S,25,0; L69 2129 contig02 1572 25 39M211H = 1322 -289 GGTGATTTGCAAGAACGCGTACTTATTCGCCACCATGAT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:0 ms:i:78 AS:i:78 nn:i:0 tp:A:P cm:i:2 s1:i:209 s2:i:0 SA:Z:contig03,1,-,39S211M,60,4; L69 161 contig02 1322 60 250M contig03 1 0 TACTGCGACTAAAGAGATTCAGTACCTGAACGCTAAAGGTGCTTTGACTTAAACCGATATTGCTGGCGACCCTGTTTTGTATGGCAACTTGCCGCCGCGTGAAATTTCTATGAAGGATGATTTCCGTTCTGGTGATTCGTCTAAGAAGTTTAAGATTTCTGACGGTCAGTGGTATCGTTATGCGCCTTCGTATGTTTCTCCTGCTTATCACCTTCTTGAAGGCTTCCCATTCATTCAGGAACCGCCTTCT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:19 s1:i:209 s2:i:0 L70 99 contig01 73 60 250M = 336 488 TAAAGCAGGAATTACTACTGCTTGTTTACGAATTAAATCGAAGTGGACGGCTGGCGGAAAATGAGAAAATCCGACCTATCCTTGCGCAGCTCGAGAAGCTCTTACTTTGCGACCTTTCTCCATCAACTAACGATTCTGTCAAAAACTGACGCGGTGGATGAGGAGAAGTGGCTTAAAATGCTTGGCACGTCCGTCAAGGAGTGGTTTAGATATGAGTCACATTTTGTTCATGGTAGAGATTCTCTTGTTG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:7 ms:i:430 AS:i:430 nn:i:0 tp:A:P cm:i:13 s1:i:284 s2:i:0 L70 147 contig01 336 60 225M25S = 73 -488 GCGTGGATTACTATCTGAGTCCGATGCTGTTCAACCACTAATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCATACGTTTCCAGAGCGCTTTGGCCTCTATTAAGCTCGTTCAGGCTTCTGCCGTTTTGGATTTAACCGAAGATGATTTGGATTTTCTGACGAGTAACAATGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTGCTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:400 AS:i:400 nn:i:0 tp:A:P cm:i:20 s1:i:284 s2:i:0 L71 77 * 0 0 * * 0 0 TTTTCCCAGACCTATAGCGGGCCTTCACTTACCATCAGACAAGAGGACTTCCGTGTCACCTTAAGCCCTCCTAATAGGTAGCGACATCACCGACAAAAAATCACACCGTCTCATGATGTGGGCCCCTCCGTTGGAAAATCGCCGGTCGTTGCCTACGCTCACCTTGAGCTCCATTCGTTGCAAGATAGCCACCTCCCGAGTCGATAACATAGGATAGGCTGCGCACTCTAGTTCGCGATAACTGATCTGT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB L71 141 * 0 0 * * 0 0 TCTTGTAATAATGGTTGAGCAATAGGACTCAGACATGACCAAGGCACGTTAATTCTCGTTGGTTTTTGCAAGGGACACCTGTACGGGGAATGCCGTAAGAGGAGTAACTGTGTTCTGTTGACACGCTTGGTTTACGCAACCACAACGACAGTTCAACTATCTTGCTGGGAGCGCGCAGGCGGCGCAAGCTGCCCCGCTGTCGCGGCAGGTGGTGGCCACTGCATCAAGATTCAAATCGGCTTCACGCTTC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB L72 83 contig03 2041 60 250M = 1696 -595 TAAGGCTGCTTCTGACGTTCGTGATGAGTTTGTATCTGTTACTGAGAAGTTAATGGATGAATCGGCACAATGCTACAATGTGCTCCCCCAACTTGATATTAATAACACTATAGACCACCGCCCCGAAGGGGACGAAAAATGGGTTTTAGAGAACGAGAAGACGGTTACGGAGTTTTGCCGCAAGCTGGCTGCTGAACGCCCTCTTAAGGATATTCGCGATGAGTATAATTACCCGAAAAAGAAAGGTATT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:460 AS:i:460 nn:i:0 tp:A:P cm:i:21 s1:i:368 s2:i:0 L72 163 contig03 1696 60 250M = 2041 595 CTGGAAAGACGGTAAAGCTGATGGTATTGTCTCTAATTTGTCTAGGAAATAACCGTCAGGATTGACACCCTCCCAATTGTATGTTTTCATGCCTCCAAATCTTGGAGGCTTTTTTATGGTTCGTTCTTATTACCCTTCTGAATGTCACGCTGATTATTTAGACTTTGAGGGTATCGAGGCTCTTAAACCTGCTATTGAGGCTTGTGGCATTTCTACTCTTTCTCAATCCCCAATGCTTGGCTCCCATAAG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:460 AS:i:460 nn:i:0 tp:A:P cm:i:24 s1:i:368 s2:i:0 L73 83 contig03 1487 60 250M = 1213 -524 TTTACCAATGACCAAATCAAAGAAATGACTCGCAAGGTTAGTGCTGAGGTTGACTTAGTTCATCAGCAAACGCAGAATCAGCGGTATGGCTCTTCTCATATTGGCGCTACTGCAAAGGATATTTCTAATATCGTCACTGATGCTGCTCCTGGTGTGGTTGATATTTTTCATGGTATTGATAAAGCTGTTGCCGATACTTGGAACAATTTCTGGAAAGACGGTAAAGCTGATGGTATTGGCTCTAATTTGT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:480 AS:i:480 nn:i:0 tp:A:P cm:i:26 s1:i:405 s2:i:0 L73 163 contig03 1213 60 250M = 1487 524 AAAAGAGCTTACTAAAATGCAACTGGACAATCAGAAAGAGATTGCCGAGATGGAAAATGCGACTCAAAAAGAGATTGCTGGCATTCAGTCGGCGACTTCACGCCAGAATACGAATGACCAGGTATATGCACAAAATGAGATGCTTGCTTATCAACAGAAGGCGTCTACTGCTCGCGTTGCGTCTAATATGGAAAACACCAATCTTTCCAAGCAACAGCAGGTTTCCGAGATTATCCGCCACATGCTTCCT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:8 ms:i:424 AS:i:424 nn:i:0 tp:A:P cm:i:20 s1:i:405 s2:i:0 L74 99 contig03 1795 60 250M = 2042 497 TCTTGGAGGCTTTTTTATGGTTCGTTCTTATTACCCTTCTGAATGTCACGCTGATTATTTTGACTTTGAGCTTATCGAGGCTCTTAAACCTGCTATTGAGGCTTGTGGCATTTCTACTCTTTCTCAATCCCCAATGCTCGGCTTCCATAAGCAGATGGATAACCGCATCAAGCTCTTGGAAGAGATACTGTCTTGTCGTAAGCATGGCGTTGAGTTCGTTAATGGTGATATGTATGTTAACGGCCATAAG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:8 ms:i:420 AS:i:420 nn:i:0 tp:A:P cm:i:19 s1:i:360 s2:i:0 L74 147 contig03 2042 60 250M = 1795 -497 AAGGCTGCTTCTGACGTTCGTGATGAGTTTGTATCTGTTACTGAGAAGTTGATGGATGCATTGGCACAATGCTACAATGTGCTCCCCCAACTTGATATTAATAACACTATAGACCACCGCCCCGAAGGGGACGAAAAATGGGTTTTAGAGAACGAGAAGACGGTTACGCAGTTTTGCCGCAAGCTGGCTGCTGAACGCCCTCTTAAGGATATTCGCGATGAGTATAATTACCCCAAAATGAAAGGTATTA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:460 AS:i:460 nn:i:0 tp:A:P cm:i:24 s1:i:360 s2:i:0 L75 83 contig04 607 60 250M = 286 -571 ACTAAAAACCAAGCTGTCGCTACTTCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAATGAGCCGCAACTTCGGTATGAAAATGCTCACAATGACAAATCTGTCCACGGAGTGCTTAATCCACCTTACAAAGCTGGGTTACGACGCGACGCCGTTCAACCAGATATTGAAGCAGAACGCAAAAAGGGAGATGAGATTGAGTCTGGGAAAAGTTACTGGAGCCGACGTTTTGGTGGCGCAACCTGTGACGACAAATCTG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:7 ms:i:430 AS:i:430 nn:i:0 tp:A:P cm:i:20 s1:i:339 s2:i:0 L75 163 contig04 286 60 250M = 607 571 TCATTTCCATGCGGTGCACTTTATGCGGACACTTCCTACAGGTAGCGTTGACCCTAATTTTGGTCGTCGGGTACGCAATCGCCGCCAGTTAAATAGCTTGCAAAATACGTGGCCTTATGGTTACAGTATGCCCATAGCAGTTCGCTACACGCAGGACGCATTTTCACGTTCTGGTTGGTTGTGGCCTGTTGATGCTAAAGGTGAGCCGCTTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGTTGGTTTCTATGTGGCT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:480 AS:i:480 nn:i:0 tp:A:P cm:i:29 s1:i:339 s2:i:0 L76 81 contig04 1 60 25S225M contig03 1989 0 GTATTAAGGATGAGTGTTCAAGATGGCTGGAGGCCTCCACTATGAAATCGCGTAGAGGCTTTGCTATTCAGCGTTTGATGAATGCAATGCGACAGGCTCATGCAGATGGTTGGTTTATCGTTTTTGACACTCTCACGTTGGCTGACGACCGATTGGAGGCATTTTATAATAATCCCAATGCTTGGCGTGACTATTTTCTTGATATTGGTCGTATGGTTCTTGCTGCCGAGGGTCGCAAGGCTAATGATTC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:390 AS:i:390 nn:i:0 tp:A:P cm:i:14 s1:i:137 s2:i:0 L76 161 contig03 1989 60 250M contig04 1 0 TTCGTATGCATGGCGTTGAGCTCGTTAATGGTGATATGTATGTTGACGGCCATAAGGCTGCTTCTGACGTTCGTGATGAGTTTGTATCTGTTACTGAGAAGTTAATGGAAGAATTGGCACAATGCTACAATGTGCTCCCCCAACTTGATATTAATAACACTATAGACCACCACCCCCAAGGGAATGAAAAATGGGTTTTAGAGAACGAGAAGACGGTTACGCAGTTTTGCCGCAAGCTGGCTGCTAAACG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:10 ms:i:400 AS:i:400 nn:i:0 tp:A:P cm:i:18 s1:i:154 s2:i:0 L77 81 contig03 105 60 250M contig02 1462 0 GACTTCGTGATAAAAGATTGAGTGTGAGGTTATAACGCCGAAGCGGTAAAAATTTTAATTTTTGCCGCTGAGGGGTTGACCAAGCGAAGCGCGGTAGGTTTTCTGCTTAGGAGTTTAATCATGTTTCAGACTTTTATTTCGCGCCATAATTCAAACTTTATTTCTGATAAGCTGGTTCTCACTTCTGTTACTCCAGCTTCTTCGGCACCTGTTTCACAGACACCTAAAGCTACATCGTCAGCGTTATATT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:460 AS:i:460 nn:i:0 tp:A:P cm:i:23 s1:i:265 s2:i:0 L77 161 contig02 1462 60 149M101S contig03 105 0 CTAAGAAGTTTAAGATTGCTGAGGGTCAATGGTCTCGTTATGCGCCTTCGTATGTTTCTCCTGCTTATCACCTTCTTGAAGGCTTCCCATTCATTAAGGAACCGCCTTCTGGTGATTTGCAAGAACGCGTACTTATACGCCACCATGATTATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGGATAGTCAGGTTAAATTTAATGTGACCGTTTATCGCAATCTGCCGACCAATCGCGATTCAAT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:258 AS:i:258 nn:i:0 tp:A:P cm:i:9 s1:i:88 s2:i:0 SA:Z:contig03,1,+,149S101M,60,2; L77 2209 contig03 1 60 149H101M = 105 354 TATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGGATAGTCAGGTTAAATTTAATGTGACCGTTTATCGCAATCTGCCGACCAATCGCGATTCAAT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:182 AS:i:182 nn:i:0 tp:A:P cm:i:6 s1:i:265 s2:i:0 SA:Z:contig02,1462,+,149M101S,60,4; L78 83 contig02 1134 60 250M = 941 -443 GACAACCGTCCATTACTTGTCATGCGCTCTAATCTCTAGGCATCTGGCTATGATGTTGATGGAACTGATCAAACGTCGTTAGGCCAGTTTTCTGGTCGTGTTCAACAGACCTATAAACATTCTGTGCCGCGTTTCTTTGTTCCTGAGCACGGCACTATGTTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGATTCAGTACCTTAACGCTACAGGTGCTTTGACTTATACCGATATTG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:23 s1:i:373 s2:i:0 L78 163 contig02 941 60 250M = 1134 443 AGACATTTGGACTGCTCCGCTTCCTCCTGAGACTGAGCTTTCTCGCCAAATGACGACTTCTACCACATCTATTGACATTATGGGTCTGCAAGCTGCTTATGCTAATTTGCATACTGACCAAGAACGTGATTACTTCATGCAGCGTTACCATGATGTTATTTCTTCATTTGGAGGTAAAACCGCTTATGACGCTGACAACCGTCCTTCTGTTGTCATGCGCTCTATTCTCTGGGCATCTGGCTATGATGTT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:446 AS:i:446 nn:i:0 tp:A:P cm:i:27 s1:i:373 s2:i:0 L79 77 * 0 0 * * 0 0 GATTACGCAGGGAATGAAATAAATGACAGTTTAAAGGCTCTTCAGATTATTAACGCCTCAAGAGCGGACAAGATATAATAGAGCATTCCGAGGGGGGTCTGCGGCGCGGTATTGCCATCGATGTCGAAAGGTCCTTATGCCTGAGATATTAGTATCTCAGGACACTTTGTAGTCTTCTGATTATGTTCGGAGCGGAACCATACAACGTCCGTGTTCAATACCACCTTGGGGTAGGATCATCTAGGCACAG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB L79 141 * 0 0 * * 0 0 AGCCGATCTGAGGTATTGCACGTGGACGAGCACCTGCGCCCGCTAGCCGCATACTGGCGTTCGCTACGAGCCAAGCGTCTGATGACTTCTCTTAACTGATGGGTCTCTGATCACTATTGCTCTATGTGACCTATGCTAGATGTATCTGCCGTGACCGGATCTACGCAGCGTGGATTCGGCGCTCCCCGGGACTAGCTGGTTTGGGGCCTATGAGAGCCAAATTTGCGACAGGTTACTGATGGGGACCATA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB L80 83 contig01 377 48 184M66S = 324 -237 TAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTTTCCAGACCGCTTTGGCCTCTATTAAGCTCATTCAGGCTTCTGCCGTTTTGGATTTAACCGAAGATGATTTCGATTTTCTGACGAGTAACAATGTTTGGATTGCGACTGACCGCTCTCGTGCTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGAATTTGTGGGATACCCTCGCTTTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATTGCT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:348 AS:i:348 nn:i:0 tp:A:P cm:i:11 s1:i:48 s2:i:208 SA:Z:contig02,1,-,184S66M,19,1; L80 2129 contig02 1 19 184H66M contig01 324 0 TGCGTTTATGGTACGCTGGAATTTGTGGGATACCCTCGCTTTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATTGCT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:1 ms:i:122 AS:i:122 nn:i:0 tp:A:P cm:i:4 s1:i:37 s2:i:0 SA:Z:contig01,377,-,184M66S,48,2; L80 163 contig01 324 60 236M14S = 377 237 CATTTTAAAAGAGCGTGGTTTACTATCTGAGTCCGATGCTGTTCAACCACTAATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTTTCCAGACCGCTTTGGCCTCTATTAAGCTCATTCAGGCTTCTGCCGTTTTGGATTTAACCGAAGATGATTTCGATTTTCTGACGAGTAACAATGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTGCTCGTCGCTGCGTTGAGGCATGCGTTTATGGTA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:452 AS:i:452 nn:i:0 tp:A:P cm:i:32 s1:i:208 s2:i:0 L81 83 contig04 159 60 250M = 1 -408 TGCGTGACTATTTTCGTTATATTGGTCGTATGGTTCTAGCTGCCGAGGGTCGCAAGTCTAATGATTCACACGACGACGGCTAACAGTATTTCTGTGTGCCTGAGAATGGTACAGCGAATGGGCGTCTTCATTTCCATGCGGTGCACTTTACGCGGACACTTCCTACAGGTAGCGTTGACCCTAATTTCGGTCGTCGGGTACGCAATCGCCGCCAGTTAAATAGCTTGCTAAATACGTGGCCTTATGGTTA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:13 ms:i:370 AS:i:370 nn:i:0 tp:A:P cm:i:6 s1:i:133 s2:i:0 L81 2209 contig03 2184 60 125M125H contig04 159 0 TTTTAGAGAACGAGAAGACGGTTACGCAGTTTTGCCGCAAGCTGACTGCTGAACGCCCTCTTAAGGATATTCGCGATGAGTCTAATTACCCCAAAAAGAAAGGTATTAAGGATGAGTGTTCAAGA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:230 AS:i:230 nn:i:0 tp:A:P cm:i:5 s1:i:80 s2:i:0 SA:Z:contig04,1,+,127S123M,60,3; L81 163 contig04 1 60 127S123M = 159 408 TTTTAGAGAACGAGAAGACGGTTACGCAGTTTTGCCGCAAGCTGACTGCTGAACGCCCTCTTAAGGATATTCGCGATGAGTCTAATTACCCCAAAAAGAAAGGTATTAAGGATGAGTGTTCAAGACTGCTGGAGGCCTCCACTATGAAATCGCGTAGAGGCTTTGCTATTCAGCGTTTGATGAATGCAATGCGACAGTCTCATGCTGATGGTTGGTTTAGCGTTTTTGACACTCTCACGTTGTCTGACGA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:216 AS:i:216 nn:i:0 tp:A:P cm:i:6 s1:i:133 s2:i:0 SA:Z:contig03,2184,+,125M125S,60,2; L82 83 contig03 1378 60 250M = 1154 -474 TACTGCTCGCGTTGCGTCTATTATGGAAAACACCAATCTTTCCAAGCAACAGCAGGTTTCCGAGATTATACGCCAAATGCTTACTCAAGCTCAAACGGCTGGTCAGGATTATACCAATGACCAAATCAAAGAAATGACTCGCAAGGTTAGTGCTGAGGTTGACTTAGTTCATCAGCAAACGCAGAATCAGCGGTATGGCTCTTCTCACAGTGGCGCTACTGCAAAGGATATTCCTAATGTCGTCACTGAT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:20 s1:i:353 s2:i:0 L82 163 contig03 1154 60 250M = 1378 474 GAGCGTGCTGGTGCTGATGCTTCCTCCGCTGGTATGGTTGACGCCGGATTTGAGAATCAAAAAGAGCTTACTAAAATGCAACTGGACAATCAGAAAGAGATTGCCGAGATGCAAAATGAGACTCAAAAAGAGATTGCTGGCATTCAGTCGGCGACTTCACGCCAGAATACGAAAGACTAGGCATATGCACAAAATCAGATGCTTGCTTATCAACAGAAGGAGTCTACTGCTCGCGTCGCGTCTATTGTGG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:442 AS:i:442 nn:i:0 tp:A:P cm:i:24 s1:i:353 s2:i:0 L83 83 contig04 418 60 250M = 226 -442 CATCGCAGTTCGCTACACGCAGGACGCTTTTTCGCGTTCTGGTTGGTTGTGGCCTGTTGATGCTAAAGGTGAGCCGCTTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGTTGGTTTCTATGTGGCTAAATACGTTAACAAAAAGTCGGATATGGACCTTACTGCTAAAGGTCTAGGAGCTAAAGACTGGAACAACTCACTAAAAACCAAGCTGTCGCTATTTCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAATGAGCCGCAAC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:18 s1:i:317 s2:i:0 L83 163 contig04 226 60 250M = 418 442 ACACGACAACTGCTATCAGTATTTTTGTGTGCCTGAGTATGGTACAGCTAATGGCCGTCTTCATTTCCATGCGGTGCACTTTACGCCGACGCTTCCTACAGTTAGCGTTGACCCTAATTTTGGTCGTCGGGTACGCAATCGCCGCCAGTTAAATAGCTTGCAAAATACGTGGCCTTATGGTTACAGTATGCCCATCGCAGTTCGCTACACGCAGGACGCCTTTTCACGTTCTGCTTGGTGGTGGCCTGTT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:9 ms:i:414 AS:i:414 nn:i:0 tp:A:P cm:i:25 s1:i:317 s2:i:0 L84 97 contig03 2064 60 247M3S contig04 34 0 ATGAGTTTGTATCTGTTACTGAGAAGTTAATGGATGAATTGTCACAATGCTACAATGTGCTCCCCCAACTTGATATTAATAACACTATAGACCACCGCCCCGAAGGGGACGAAAAATGGGTTTTAGAGAACGAGAAGACGGTTACGCAGTTTTGCCGCAAGCTGGCGGCTGAACGCCCTCTTAAGGATATTCGCGATGAGTATAATTACCCCAAAAAGAAAGTTATTAAGGATGAGTGTTCAAGATTGCT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:454 AS:i:454 nn:i:0 tp:A:P cm:i:19 s1:i:188 s2:i:0 L84 145 contig04 34 60 250M contig03 2064 0 CTTTGCTATTCAGCGTTTGATGAATGCAATGCTACAGGCTCATGCTGATGGTTGGTTTATCGTTTTTGACACTCTCACATTGGCTGACGACCAATTGGAGGCGTTTTATGATAATCCCAATGCTTTGCGTGACTATTTTCGTGATATTGGTCGTATGGTTCTTGGTGCCGAGGGTCGCAAGGCTAATGATTCACACGACGACTGCTATCAGTATTTTTGTGTGCCTGAGTATGGTACAGCTAATGGCCGT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:20 s1:i:202 s2:i:0 L85 99 contig04 361 60 250M = 476 365 CAATCGCCGCCAGTTAAATAGCTTGCAAAATACGTGGCCTTATGGTTACCGTATGCCCATCGCAGTTCGCTACACGCGGGACGCTCTTTCACGTTCTGGTTGGTTATGGCCTGTTGATGCTAAAGGTGAGCCGCTTAAAGCTACCAGCTATATGGCTGTTGGTTTCTATGTGGCTAAATACGTTAAGAAAAAGTCAGATATGGACCTTGCTGCTAAAGGTCTAGGAGCTAAAGAATGGAACAACTCACTA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:10 s1:i:299 s2:i:84 L85 147 contig04 476 60 250M = 361 -365 GATGCTAAAGGTGAGCCGCTTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGTTGGTTTCTATGTGGCTAAATACGTTAACAAAAAGTCAGATATGGACCTTGCTGCTAAAGGTCTAGGAGCTAAAGAATGGAACAACTCACTAAAAACCAAGCTGTCGCTACTTCCCAAGAAGTTGTTCAGAATCAGAATGAACCGCAACTTCGGGATGAAAATGCTCACAATGACAAATCTGTCCACGGAGTGCTTAATCCAACTTA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:480 AS:i:480 nn:i:0 tp:A:P cm:i:27 s1:i:299 s2:i:0 L86 99 contig02 1274 60 250M = 1466 337 TCCTGAGCATGGCACTATGTTTGCTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGGCTACTGCGACTAAAGAGATTCAGTACCTTAACGCTAAAGGTGCTTTGACTTATACCGATATTGCTGGAGACCCTGTTTTGTATGGCAACTTGCCGCCGCGTGAAATTTCTATGAAGGATGTTTTCCGTTCTGGTGATTCGTCTAAAAAGTTTAAGATTGCTGAGGGTCAGTGGTATCGTTATGCGCCTTCGTATGTTTCTCCT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:460 AS:i:460 nn:i:0 tp:A:P cm:i:27 s1:i:254 s2:i:0 L86 147 contig02 1466 60 145M105S = 1274 -337 GAAGTTTAAGATTGCTGAGGGTCAGTGGTACCGTTATGCGCCTTCGTATGTTTCTCCTGCTTATCACCTTCTTGAAGGCTTCCCATTCATTAAGGAACCGCCTTCTGGTGATTTGCAAGAACTCGTTCTTATTCGCCACCATGATTATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGAATAGTCAGGTTAAATTTATTGTGACCGTTTATCGCTATCTGCCGACCGCTCGCGATTCAATCATG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:250 AS:i:250 nn:i:0 tp:A:P cm:i:8 s1:i:254 s2:i:0 SA:Z:contig03,1,-,145S105M,43,3; L86 2193 contig03 1 43 145H105M contig02 1274 0 TATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGAATAGTCAGGTTAAATTTATTGTGACCGTTTATCGCTATCTGCCGACCGCTCGCGATTCAATCATG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:180 AS:i:180 nn:i:0 tp:A:P cm:i:5 s1:i:50 s2:i:0 SA:Z:contig02,1466,-,145M105S,60,4; L87 83 contig03 659 60 250M = 316 -593 GGTTAGTTCTAACTTTACCGCTACTAAATGCCGCGGATTGATTTCGCTGAATCAGGTTATTAAAGAGATTATTTGACTCCAGCCACTTAAGTGAGGTGATTTATGTTTGGTGCTATTGCTGGCGGGATTGCTTCTGCTCTTGCTGGTGGCGCCATGTCTAAATTGTTTGGAGGCGGTCAAAAAGCCGCCTCCGGTGGCATTCAAGGTGATGTGCTATCTACCGATAACAATACTGTAGGCATGGGTGATG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:7 ms:i:436 AS:i:436 nn:i:0 tp:A:P cm:i:21 s1:i:424 s2:i:0 L87 163 contig03 316 60 250M = 659 593 TTTTACAGACACCTAAAGCTACATCGTCAACGTTATATTTTGCCAGTTTGACGGTTAATGCTGGTAATGGTGGTTTTCTTCATTGCATTCAGATGGATACATCTGTCAACGCCGCTAATCAGGTTGTTTCTGTTGGTGCTGATATTGCTTTTGATGCCGACCCTAAATTTTTTGCCTGTTTGGTTCGCTTTGAGTCTTCTTCGGTTCCGACTACCCTCCCGACTGCCTATGATGTTTATCCTTTGAATGG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:480 AS:i:480 nn:i:0 tp:A:P cm:i:37 s1:i:424 s2:i:0 L88 83 contig02 156 60 250M = 1 -405 TGGCGTCGAGCGTCCGGTTAAAGCCGCTGAATTGTTCGCGTTTACCTTGCGTGTACGCACAGGAAACTCTGACGTTCTTACTGACGCAGAAGAAAACGTGCGTCAAAAACTACGTGCGGAAGGAGTGATGTAATGTCTAAAGGTAAAAAACGTTCTGGCGCTCGACCTGGGCGTCCGCAGCCGTTGCGAGGTACTCAAGGCAAGCGTAAAGGCGCTCGTCTTTGGTATGTAGGTGGTCAACAATTTTAAT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:19 s1:i:290 s2:i:0 L88 163 contig02 1 60 46S204M = 156 405 TTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTGCTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACACTGGACTTTGTCGGATACCCTCGCTTTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATTGCTGCCGTCATTGCTTATTATCTTCATCCCGACAACATTCAAACGGCCTGTCTCATCATGGAAGGCACTGAATTTACGGAAAACATTATTAATGGCGTCGAGCGTCCGGTTAAAGCCGCTGAATTGTTCGCGTTTACCTTG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:358 AS:i:358 nn:i:0 tp:A:P cm:i:16 s1:i:290 s2:i:0 SA:Z:contig01,515,+,46M204S,27,0; L88 2209 contig01 515 27 46M204H contig02 156 0 TTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTGCTCGTCGCTGCGTTGAGGCT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:0 ms:i:92 AS:i:92 nn:i:0 tp:A:P cm:i:5 s1:i:43 s2:i:0 SA:Z:contig02,1,+,46S204M,60,5; L89 77 * 0 0 * * 0 0 AAGTGGACAGCTTTCACAAAGGACTACTGACGAATGAATGTGCTGGATCTCGGGGTTAGTCCCGGGCCTCCCAATGTAACCGTGGAGCCTAACTTAAAAAGTACCGGACGCTGACATTGGGCGGACCCGTTTTGAAACCTTGCCCCCGATCTTATTTTGGAGGTTTTGACTTGACTGAGCCTCGACTATGCTGGGGTCAATATGTCTCTAGGAAAAACAACTCAGACCTCCCGCAAAGAAACGAATCTTT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB L89 141 * 0 0 * * 0 0 GGGTTCGCTTTCACAATAGCCAAAATCACCATAATGTATCAAACAGCAGGTGAATGTCGATGCGGCTCCGTGGATTAAATTTGCGACTACTCAAGCCTGTTAAAACCGTTACGGCATACGTCGATAGCAGGATGAAGGGACTGTTTTAGCCAAATGCTACAATCAGCTTCTATCATCACGTCTGCGACTCCATGCGGTCGTATCCAATTATCGCGATAGGACCCCCTTCGGGTTACATTCCGGGAGAGTG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB L90 99 contig03 448 60 250M = 682 484 TTGGTGCTGATATTGCTTTTGATGCCGACCATAAATTTTTTGCCTGTTTGGTTCGCTTTGAGTCTTATTCGGTTCCGACTACCCTCCCGACTGCCTATGATGTTTATCCTTTGAATGGTCGCCATGATGGTGGTTATTATACCGTCAAGGACTGTGTGACTATTGACGTCCTTCCCCGTATGCAGGGCAATAACGTTTATGTTGGTTTCATGGTTTGGACTAACTTTACCGCTACTAAATGCCGCCGATT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:23 s1:i:375 s2:i:0 L90 147 contig03 682 60 250M = 448 -484 CTAAATGCCGCGGAGTGGTTTCGCTGTATCAGGTTATTAAAGAGATTATTTGTCTCCAGCCACTTAAGTGAGGTGATTTATGTTTGGTGCTATTGCTGGCGGTATTGCTTCTGCTCTTGCTGGTGGCGCCATGGCTAAATTGTTTGGTGGCGGTCAAAAAGCCGCCTCCGGTGGCATTCAAGGTGATGTGCTTGCTACCGATAACAATACTGTAGGCATGGGTGATGCTGGTATTAAATCTGCCATTCAA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:460 AS:i:460 nn:i:0 tp:A:P cm:i:26 s1:i:375 s2:i:0 L91 99 contig01 112 60 250M = 439 449 GAAGTGGACTGCTGGCGGTAAATGAGAAAATCCGACCTATCCTTGCGCAGCTCGAGAAGCTCTTACTTTGCGACCTTTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAAAGCTGACGCGTTGGATGAGGCGAAGTGGCTTAATATGCTTGGTACGTTCGTCAAGGACTGGTTTAGATATGAGTCACATTTTGTTCATGGTAGAGATTCTCTTGTTGACATTTTAAAAGAGCGTGGATTACTATCTGAGTCCGATG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:22 s1:i:243 s2:i:0 L91 2193 contig02 1 60 122H128M contig01 112 0 TGCGTTTATGGTACGCTCGACTTTGTGGGATACCCTCGCTTTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATTGCTGCCGACATTGCTTATTATGTTCATCCCGTCAACATTCTAACGGCCAGTCTCATCATGGAAGG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:216 AS:i:216 nn:i:0 tp:A:P cm:i:8 s1:i:69 s2:i:0 SA:Z:contig01,439,-,122M128S,60,3; L91 147 contig01 439 60 122M128S = 112 -449 CTATTAAGCTCATTCAGGCTTCTGTCGTTTTGGATTTAACCGAAGATGATCTCGATTTTCTGACGAGTAACAATGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTGCTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTCGACTTTGTGGGATACCCTCGCTTTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATTGCTGCCGACATTGCTTATTATGTTCATCCCGTCAACATTCTAACGGCCAGTCTCATCATGGAAGG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:214 AS:i:214 nn:i:0 tp:A:P cm:i:8 s1:i:243 s2:i:0 SA:Z:contig02,1,-,122S128M,60,4; L92 99 contig02 316 60 250M = 569 503 CTCGCCCTGGTCGTCCGCAGCCGTTGCGAGGTACTAAAGGCAAGCGTAAAGGCGCTCGTCTTTGGTATGTAGGTGGTCAACAATTTTAATTGCAGGGGCTTCGGCCCCTTACTTGAGGATAAATTATGTCTAATATTCAAACTGGCGCCGAGCGTATGCCGCATGACCTTTCCCATCTTGGCTTACTTGCTGGTCAGATTGGTCGTCTTATTACCATTTCAACTACTCCGGTTATCGCTGGCGACTCCTT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:1 ms:i:490 AS:i:490 nn:i:0 tp:A:P cm:i:36 s1:i:444 s2:i:0 L92 147 contig02 569 60 250M = 316 -503 GATGGACACCGTTGGCGCTCTCGGTCTTTCTCCATTGCGTCGTGGCCTTGCTATTGACTCTACTGTAGACATTTTTACTTTTTATGTCCCTCATCGTCACGTTTATGGTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAAGGATGGTGTTAACGCCACTCCTCTCCCAACTGTTAACACTACTGGTTATATTGACCATGCCGCTTTTCTTGGCACGATTAACCCTGATACCAATAAAATCCCTAAGCATTTGTTTCAG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:460 AS:i:460 nn:i:0 tp:A:P cm:i:29 s1:i:444 s2:i:0 L93 77 * 0 0 * * 0 0 TTAAGGCTACTGTATTTTCCACGGCCTTGGAATCCAAGCTCTATAAGTCTTGTAAAGTTCCCAACTCGCACTAGCGCGGCCTCATGCCACCTGCCTCATCGGAGCCTGTCATCGTTGCCCGTGAGCATCTGAGCGTACCATCACAAAGATGCTAACATCCCGGTATACCGAACAGGGAGGGGCCGTAAGATCCTTTAGTGCGTCATTAGCGCAGCGAGTCTGCTGACCAGTTCGGTGTAGGTGGTGAAGA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB L93 141 * 0 0 * * 0 0 CTCCACAATCCACATGCGTCGGTCGCAATATCGGTTGCCATTCGAAGTCCAGCCTAGTGTACTTTGCGCTTCTGAAAGGGCGCGTCTACCCCAATTGTGTATCAATAATTCGCGTGGACTCTTTGGACATCGCTCTACTCTACCTGTGGAATACCTCCATGACGGCCTCAGCGAAGGACGTGACCCTGCATCGGCACAAAAAGCGGTGATATACTCTACGTGTCGTATGAGATGTCGCAGCAGAGAATCC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB L94 99 contig02 1012 60 250M = 1381 599 TTGACATTATGGGTCTGCAAGCTGCATATGCTAATTTGCATACTGACCAAGAACGTGATTACTTCATGCAGCGTTACCATGATGTTATTCATTCATTTGTAGGTAAAACCACTTATGACGCTGACAACCGTCCTTTACTTGTCATGAGCTCTAATCTCTGGGCATCTGGCTATGATGTTGATGGAACTAACCAAACGTCGTTAGGCCAGTTTTCTGGTCGTGTTCAACAGACCTATAAACATTCTGTGCC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:7 ms:i:430 AS:i:430 nn:i:0 tp:A:P cm:i:18 s1:i:342 s2:i:0 L94 147 contig02 1381 60 230M20S = 1012 -599 TTGCTGGCGACCCTGTTTTGTATGGCAACTTGCCGCCGCGTGAAATTTCTATGAAGGATGTTTTCCGTTCTGGTGATTCGTCTAAGAAGTTTAAGATTGCTGAGGGTCAGTGGTATCGTTATGCGCCTTCGTATGTTGCTCCTGCTTATCACCTTCTTGAAGGGTTCCCATTCATTCAGGAACCGCCTTCTGGTGATTTGCAAGAACGCGTACTTATTCGCCACCATGATTATGACCAGAGTTTCCAGTC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:29 s1:i:342 s2:i:0 L95 83 contig02 830 60 250M = 553 -527 TATCTATAACAACTATTTTAAAGCGCCGTGGATGCCTGACAGTACCGAGGCTAACCCTAATGAGTTTAATCAAGATGATGCTCGTTATCGTTTCCGATGCTGCCATCTCAAAAACATTTGGACTGCTCCGCTTCCTCCTGAGACTGAGATTTCTCGCCAAATGACGACTTCTACCACATCTATTGACATTATGGGTCTGCAAGCTGCTTCTGCTAATTTGCATACTGACCAAGAACGTGATTACTTCATG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:17 s1:i:284 s2:i:0 L95 163 contig02 553 60 250M = 830 527 CTGGCGACTCCTTCGAGATGGACGCCCTTGGCGCTCTCCGTCTTGCTCCATTGCGTCGTGGCCTGGCTATTGACTCTACTGTAGACATTTTTACTTTTTATGTCCCTCATCGTCACGTTTATGTTGAACAGTGGATTAAGCTCATGAAGGATGGTGTTAATGCCACTCCTCTCCCGACTTTTAACACTACTGGTTATATTGACCATTCCGCTTTTCTTGGCACGATTAACCCGGATACCAATAAAATCCC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:8 ms:i:420 AS:i:420 nn:i:0 tp:A:P cm:i:13 s1:i:284 s2:i:0 L96 83 contig03 496 60 250M = 158 -588 TGGTTCGCTTTGAGTCTTCTTCGGTACCGACTACCCTCCCGACGGCCTATGATGTTTATCGTTTGAATGGTCGCCATGATGGTGGTTATTATACCGTCAAGGACTGTGTGACTCTTGACGTCCTTCCCCGTACGCCGGGCAATAACGTTTATGTTGGTTTCATGGTTTGGTCTAACTTTACCGCTCCTAAATGCCGCGGATTGGTTTCGCTGAATCAGGTTATTAAGGAGACTATTTGTCTCCAGCCACT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:7 ms:i:430 AS:i:430 nn:i:0 tp:A:P cm:i:16 s1:i:248 s2:i:0 L96 163 contig03 158 60 250M = 496 588 TTTAATTTTTGCCGCTGAGGGGTTGACCAAGCGAAGCGCGGTAGGTTTTCTGCTTAGGAGTTTAATCATGATTCAGACTTTTATTTCACGCCATAATTGAAACTTTTTTTCTAATAAGCTGGTTCTCACTGCTGTTACTCCAGCTTCTTCGGCCCCTGTTTTACAGACACCTAAAGCTACATCGTCAACGTTATATTTTGATAGTTTGACGGTTAATGCTGGTGATGGTGGTTTTCTTCATTGCATTCCG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:8 ms:i:426 AS:i:426 nn:i:0 tp:A:P cm:i:13 s1:i:248 s2:i:0 L97 83 contig04 280 60 250M = 6 -524 CCGTCTTCATTTGCATGCGGTGCACTTTATGCGGACACTTCCTACAGGTAGCGTTGACCCTAATTTTGGTCGTCGGCTACGCAATTGCCGCCAGTTAAATAGCTTGCAAAATACGTGGCCTTATGGTTACAGTATGCCCATCGCAGCTCGCTACACGCTGGACGCTTTTTCACGTTCTGGTTGGTTGTGGCCTGTTGATGCTAAAGGTGAGCCGCTTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGTTGGTTTCTAG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:448 AS:i:448 nn:i:0 tp:A:P cm:i:26 s1:i:359 s2:i:0 L97 163 contig04 6 60 250M = 280 524 AGGCCTCCACTATGAAATCGCGTAGAGGCTTTGCTATTCAGCGTTTGATGAATGCAATGCGACGGGCTCATGCTGATGGTTGGTTTTTCGTTTTTGACACTCTCACGTTGGCTGACGACCGATTAGAGGCGTTTTATGATAATCCCAATGCTTTGCGTGACTAATTTCGTGATATTGGTCGTACGGTTCTTGCTGCCCAGGGTCGCAAGGCTAATGATTCACACGACGACTGCTATCAGTATTTTTGTGT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:16 s1:i:359 s2:i:0 L98 83 contig03 1649 60 250M = 1437 -462 ATTTTTCATGGTATTGATAAAGCTGTTGCCTATACTTGGAACAATTTCTGGAAAGACGGTAAAGCTGCTGGTATTGGCTCTAATTTGTCTAGGAAATAACCGTCAGGATTGACACCCTCCCAATTGTATGTTTTCATGCCTCCAAATCTTGGAGGCTTTTTTATGGTTCGTTCTTATTACCCTTCTGAATGTCACGCTGATTATTTTGACTATGAGCGTATCGAGGCTCTTAAACCTGCTATTGAGGCTT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:470 AS:i:470 nn:i:0 tp:A:P cm:i:23 s1:i:406 s2:i:0 L98 163 contig03 1437 60 250M = 1649 462 CCGAGATTATGCGCCAAATGCTTACTCAAGCTCAAACGGCTGGTCAGTATTTTACCAATGACCAAATCAAAGAAATGACTCGCAAGGTTAGTGCTGAGGTTGACTTAGTTCATCAGCAACCGCAGAATCAGCGGTATGGCTCTTCTCATATTGGCGCTACTGCAAAGGATATTTCTAATGTCGTCACTGATGCTGCTTCTGGTGTGGTTGATATTTTTCATGGTATTGATACAGCTGTTGCCGATACTTG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:480 AS:i:480 nn:i:0 tp:A:P cm:i:28 s1:i:406 s2:i:0 L99 97 contig02 1343 60 250M contig03 1 0 GTACCTTAACGATAAAGGTGCTTTGACTTATACCGATATTGCTGGCGACCCTGTTTTGTATGGCAACTTGCCGCCGCGTGAAATTTCTATGAAGGATGTTTTCCGTTCTGGTGATTCGTCTAAGAAGTTTAAGATTGCTGAGGGTCAGTTGTATCGTTCTGCGCCTTCGTATGTTTCTCCTGCTTATCACCTTCTTGAAGGCTTCCCATTCATTGAGGAAACGCCTTCTGGTGATTTGCAAGAACACGTA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:25 s1:i:183 s2:i:0 L99 145 contig03 1 60 12S238M contig02 1343 0 CGCCACCATGATTATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGAATAGTCAGGTTAAATTTAATGTGACCGTTTATCGCAATCTGCCGACCACTCGCGATTCAATCATGACTTCGTGATAAAAGATGGAGTGTGAGGTTATAACGCCGAAGCGGTAAAAATTTTAATTTTTGCCGCTGAGGGGTTGACCAAGCGAAGCGCGGTAGGTTTTCTGCTTAGGAGTTTAATCATGTTTCAGACTTT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:1 ms:i:466 AS:i:466 nn:i:0 tp:A:P cm:i:30 s1:i:222 s2:i:0 L100 99 contig03 420 60 250M = 625 455 GTCAACGCCGCTAATCAGGTTGTTTCTGTTGGTGCTGCTATTGCTTTTGATGCCGACCCTAAATTTTTTGCCTGTTTGGTTCGCTTTGAGTCTTCTTCGGTTCCGACTACCCTCCCGACTGCCTATGATGTTTATCCTTTGAATGGTCGCCATGATGGTGGTTATTATACCGTCAAGGACTGTGTGACTATTGACGTCCTTCCCGGCACGCCGGGCAATAACGTTTATGTTGGTTTCATGGTTTGGTCTA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:470 AS:i:470 nn:i:0 tp:A:P cm:i:33 s1:i:411 s2:i:0 L100 147 contig03 625 60 250M = 420 -455 GTACGCCGGGCAATAACGTTTATGTTGGTTTCATGGTTTGGTCTAACTTTACCGCTACTAAATGCCGCGGATTGGTTTCGCTGAATCAGGTTATGAAAGAGATTATTTGTCTCCAGCCACTTAAGTGAGGTGATTTATGTTTGGTGCTATTGCTGGCGGTATTCCTTCTGCTCTTGCCGGTGGCGCCATGTCTAAATTGTTTGGAGGCGGTCAAAAAGCCGCCTCCGGTGGCATTCAAGGTGATGTGCTT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:470 AS:i:470 nn:i:0 tp:A:P cm:i:29 s1:i:411 s2:i:0 L101 81 contig02 19 60 250M contig01 295 0 GACTTTGTGGGATACCCTCGCTTTCCTGCTGCTGTTGAGTTTATTGTTGCCGTCATTGCTTATTATGTTCATCCCGTCAACATTCAAACGGCCTGTCTCATCATGGAAGGCGCTGAATTTACGGAAAACATTATTAATGGCGTCGAGCGTCCGGTTAAAGCCGCTGAATTGTTCGCGTTTATCTTGCGTGTACGCGCAGGAAACTCTGACGTTCTTACTGATGCAGAAGAAAACGTGCGTCAAAAATTAC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:26 s1:i:193 s2:i:0 L101 161 contig01 295 60 250M contig02 19 0 TTTGGTCATGGTAGAGATTCTCTTGTTGACATTTTCAAAGAGCGTGCATTACTATCTGAGTCCGATGCTGTTCAACCACTAATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTTTCCAGACCGCTTTGGCCTCTATTAATCTCATTCAGGCTTCTGCCGTTTTGGATATACCCAAAGATGATTTCGATTTTCTGACGAGTAACAATGTGTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTGCTCG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:9 ms:i:410 AS:i:410 nn:i:0 tp:A:P cm:i:20 s1:i:185 s2:i:0 L102 83 contig03 397 60 250M = 121 -526 ATTGCATTCAGATGGATACATCTGTCAACGCCGCTAATCAGGTTGTTTCTGTTGGTGCTGATATTGCTTTTGATACCGACCCTAAATTTTTTGCCTGTTTGGTTCGCTTTGAGTCTTCTTCGGTTCCGACTACCCTCCCGACTGCCTATGATGTTTATCCTTTGAATGGTCGCCATGATGGTGGTTATTATACCGTCAACGACTGTGTGACTATTGACGTCCTTCCGCGTACGTCGGGCAATAACGTTTA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:460 AS:i:460 nn:i:0 tp:A:P cm:i:28 s1:i:363 s2:i:0 L102 163 contig03 121 60 250M = 397 526 ATTGAGTGAGAGGTTATAACGCCGAAGCGGCAAAAATTTTAATTTTTGCCGCTGAGGGGTTGACCAAGCGAAGCGCGGTAGGTTTTCTGCTTAGGAGTTTAATCATGTTTCAGACTTTTATTTCTCGCCATAATTCAAACTTTTTTTCTGATAAGCTGGTTCTCACTTCTGGTACTCCACCTTCTTCGGCACCTGTTTTACAGACACCTAAAGCTACATCGTAAACGTTATATTTTGATAGTGTGACGGT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:23 s1:i:363 s2:i:0 L103 99 contig04 454 60 250M = 656 452 TTCTGGTTGGTTGTGGCCTGTTGATGCTAAAGGTGAGCCGCTTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGTTGTTTTCTATGTGGCTAAATACGTTAACAAAAAGTCAGATATGGACCTTGCTGCTAAACGTCTAGGAGCTAAAGAATGGAACAACTCACTAAAAACCAAGCTGTCGCTACTTCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAATGAGCCGCAACTTCGGGATGAAAATGCTCACAATGACAAATCTGTCC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:480 AS:i:480 nn:i:0 tp:A:P cm:i:29 s1:i:354 s2:i:0 L103 147 contig04 656 60 250M = 454 -452 ATGAGCCGCAACTTCGGGATGGAAATGCTCACAATGACAAATCTGTCCACGGAGTGCTTAATCCAACTTACCAAGCTTGGTTACGACGCGACGCCTTTCAACCAGATATTGGAGCAGAACGCAAAAAGAGAGATGAGATTGAGGCTGGGAAAAGTTACTGTAGCCGACGTTTTGGCGGCGCAACCTGAGACGACAAATCTGCTCTAATTTATGCGCGCTTCGATAAAAATGATTGGCGTATCCAACCTGC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:18 s1:i:354 s2:i:0 L104 83 contig03 1432 60 250M = 1230 -452 GGTTTCCGAGATTATGCGCCGTATGCTTACTCAAGCTCAAACGGCTGGTCAGTATTTTACCAATGACCAAATCAGAGAAATGACTCGCAAGGTTAGTGCTGAGGTTGACTTAGTTCATCAGCAAACGCAGAATCAGCGGTATGGCTCTTCTCATATTGGCGCTACTGCAAAGGATATTTCTAATGTCGTCACTGATGCTGCTTCTGGTGTGGTTGATATTTTTCATGGTATTGATAAAGCTGTTGCCGAT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:470 AS:i:470 nn:i:0 tp:A:P cm:i:26 s1:i:392 s2:i:0 L104 163 contig03 1230 60 250M = 1432 452 TGCACCTGGACAATCAGAAAGAGATTGCCGAGATGCAAAATGAGACTCAAAAAGAGATTGCTGGCATTCAGGCGGCGACTTCACGCCAGAATACGAAAGACCAGGTATATGCACAAAATGAGATGCTTGCTTATCAACAGAAGGAGTCTACTGCTCGCGTTGCGTCTATTATCGAAAACACCAATCTTTCCAAGCAACAGCAGGTTTCCGAGATTATGCGCCAGCTGCTTACTCAAACTCAAACGGCTGG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:23 s1:i:392 s2:i:0 L105 83 contig03 881 60 250M = 554 -577 GATAACAATACTGTAGGCATGGGTGATGCTGTTATTAAATCTGCCATACAAGGCTCTAATATTCCTAACCCTGATGAGGCCGCCCCTAGTTCTGTTTCTGGTGCTATGGCGAAAGCTGGTAAAGGACTTCTTGAAGGTACGTTGCAGACTGGCACTTCTGCCGTTTCTGATAAGTTGCTTGATTTGGTTGGACTTGGTGGCAAGTCTGCCGCTGATAAAGGAAAGGATACTCGTGATTATCTTGCTGCTG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:17 s1:i:359 s2:i:0 L105 163 contig03 554 60 250M = 881 577 TCCTTTGAATGGTCGCCATGATGGTGGTTATTATAACGTCAAGGACTGTGTGACTATTGACGTCCTTCCCCGTACGCCGGGCAATAACGTTTATGTTGGTTTCATGGTTTGGTCTAACTTTACCGCTACTAAATGCCGCGGATTGGTTTCTCTGAATCAGGTTATTAAAGAGATTATTTGTCTACAGCCACTTAAGTGAGGTGATTTATGTTTGGTGTTATTGCTGGCGGTATTGCTTCTGCTCTTGCTG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:460 AS:i:460 nn:i:0 tp:A:P cm:i:24 s1:i:359 s2:i:0 L106 99 contig02 375 60 250M = 728 603 CTTTTGTATGTAGGTGGTCAACAATTTTAATTGCAGGGGCTTCGGCCCCTTCCTTGAGGATAAATTATGTCTAATATTCAAACTCGCGCCGAGCGTATGCCGCATGACCTTTCCCATCTTGGCTTCCTTGTTGGTCAGATTGGTCGTCTTATTACCATTTAAACTACTCCGGTTATCGCTGGCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGTTGGCGCTCTCCGTCTTTCTCGATTGCGTCGTGGCCTTGCTATTG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:17 s1:i:341 s2:i:0 L106 147 contig02 728 60 250M = 375 -603 GAATGTTAACACTACCGGTTATATTGACCATGCCGCTTTTCTTGGCACGATTAACCCTGATACCAATAAAATCCCTAAGCATTTGTTTCAGGGTTATTTGAATATCTGTAACAACTATTTTAAAGCGCCGTGGATGCCTGACCGTACCGAGGCTAACCCTAATGAGCTTAATCAAGTTGATGGTCGTCATGGTTTCCGTTGCTGCCATCTCAAAAACATTTGGACTGCTCCGCTTCCTCCTGAGACTGAG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:444 AS:i:444 nn:i:0 tp:A:P cm:i:24 s1:i:341 s2:i:0 L107 99 contig04 318 60 250M = 625 557 TTCCTACAGGTAGCTCTGACCCTAATTTTGGTCGTCGGGTACGCAATCGCCGCCAGTTAAATAGCTTGCAAAATACGTGGCCGTATGGTTACAGTGTGCCCATCGCAGTTCGCTACACGCAGGACGCTTTTTCACGTTCTGGTTGGTTGTGGCCTGTTGATGCTAAAGGTGAGGCGCTTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGTTGGTTTCTATGTGGCTAAATACGTTAACAAAAAGTCAGATATGGGCCT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:442 AS:i:442 nn:i:0 tp:A:P cm:i:22 s1:i:316 s2:i:0 L107 147 contig04 625 60 250M = 318 -557 GCTACTTCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAATGAGCCGCAACTTCGGGATGAAAATGCTCACAATGACAAATCTGTCCACGGAGTGCTTAATCCAACTTACCAAGCTGTGTTAGGACGCGACGCCGTTCCACCAGATATTGAAGCAGAACGCATAAAGAGAGATGAGATTGAGGCTGGGAAAAGTTACTGTAGCCGACGTTTTCGCGGCGCAACCTGTGACGACCAATCTGCTCAAATTTATGCGCGCT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:22 s1:i:316 s2:i:0 L108 99 contig02 1109 60 250M = 1400 502 TGGAGGTAAAACCTCTGATGACGCTGACAACCGTCCTTTAATTGTCATGCGCTCTAATCTCTGGGCATCTGGCTATGATGTTGATGGAACTGACCAAACGTCGTTAGGCCAGTTTTCTGGTCTTGTTCAACAGACCTATAAACATTCTGTGCCGCGTTTCTTTGTTCCTGAGCATGGCATTATGTTTACTGTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGATTCAGTACCTTAACGCTAAA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:23 s1:i:330 s2:i:0 L108 147 contig02 1400 60 211M39S = 1109 -502 GTATGGCAACTTGCCGCCGCGTGAAATTTCTATGAAGGCTGTTTTACGATCTGGTGATTCGTCTAAGAAGTTTAAGATTGCTGAGGGTCAGTGGTATCGTTATGCGCCTTCGTATGTTTCTCCTGCTTATCACCTTCTTGAAGGCTTCCCATTCATTCAGGAACCGCTTTCTGGTGATTTGCAAGAACGCGTACTTATTCGCCACCATGATTATGACCAGTGTTTCCAGTTCGTTCAGTTGTTGCAGTGG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:382 AS:i:382 nn:i:0 tp:A:P cm:i:23 s1:i:330 s2:i:0 L109 83 contig02 291 60 250M = 1 -540 TCTAAAGGTAAAAAACGTTCTGGCGCTCGCCCTGGTCGTCCGCAGCCGTTGCGAGGTACTAAAGGCAAGCGTAAAGGCGCTCGTCTGTGGTATGTAGGTGGTCAACAATTTTAATTGCAGGGGCTTCGGCCCCTTACTTGAGGATAAATTATGTCTAATATTCAAACTGGCGCCGAGCGTATGCCGCATGACCTTTCCCATCTTGGCTTCCTTGCTGGTCAGATTGGTCGTCTTATTACCATTTCAACTA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:1 ms:i:490 AS:i:490 nn:i:0 tp:A:P cm:i:33 s1:i:361 s2:i:0 L109 163 contig02 1 60 14S236M = 291 540 GCTGCGCTGAGGATTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTGGGATACCCTCGCTTTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATTGCTGCCGTCATTGCTTATTATGTTCATCCCGTCAACATTCAGACGGCCCGTCTCATCATGGAAGGCGCTGAATTTACGGAAAACATTATTAATGGCGTCGAGAGTCCGGTTACAGCCGCTGAATAGTTCGCGTTTACCTTGCCTGTACGCGCAGGAAACTCTGACGTTCTTAC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:7 ms:i:402 AS:i:402 nn:i:0 tp:A:P cm:i:21 s1:i:361 s2:i:0 L110 83 contig02 1424 60 187M63S = 1131 -480 AATTTCTATGAAAGATGTTTTCCGTTCTGGTGATTCGTCGAAGAAGTTTAAGATTACTGAGGGTCAGTGGTATCGTTATGCGCCTTCGTATGTTTCTCCTGCTTATCACCTTCTTGAAGGCTTCCCATTCATTCAGGAACCGCCTTCTGGTGATTTGCAAGAACGCGTACTTATTCGCCACCATGATTATGACCAGTGTTGCCAGACCGTTCAGTTGTTGCAGTGGAATAGTCAGGTTAAATTTAATGTG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:344 AS:i:344 nn:i:0 tp:A:P cm:i:17 s1:i:306 s2:i:0 SA:Z:contig03,1,-,187S63M,14,2; L110 2129 contig03 1 14 187H63M contig02 1131 0 TATGACCAGTGTTGCCAGACCGTTCAGTTGTTGCAGTGGAATAGTCAGGTTAAATTTAATGTG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:106 AS:i:106 nn:i:0 tp:A:P cm:i:3 s1:i:37 s2:i:0 SA:Z:contig02,1424,-,187M63S,60,3; L110 163 contig02 1131 60 250M = 1424 480 GCTGACAACCGTCCTTTACTTGTCATGCGCTCTAATCTCTGGGCATCTGGCTATGATGTTGCTGGAAGTGACCAAACGTCGTTAGGCCAGTTTTCGGGTCCTGTTCAACAGATCTATAAACATTCTGTGCCGCGTTTCTTTGTTCCTGAGCATGGCACTATGTTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGATTCAGTACCTTAACGCTAAAGGTGCTTCGACTTATACCGATA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:6 ms:i:440 AS:i:440 nn:i:0 tp:A:P cm:i:31 s1:i:306 s2:i:0 L111 83 contig03 1155 60 250M = 991 -414 AGCGTGCTGGTGCTGATGCTTCCTCTGCTGGTATGGTTGACGCCGGATTTGAGAATCAAAAAGAGCTTACTAAAATGCTACTGGACAATCAGAAAGAGATTGCCGAGATGCAAAATGAGACTCAAAAAGAGATTGCTGGCATTCAGTCGGCGACTTCACGCCAGAATACGAAAGACCAGGTATATGCACAAAATCAGATGCTTGCTTATCAACAGAAGGAGTCTACTGCTCGCGTTGCGTCTATTATGGA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:2 ms:i:480 AS:i:480 nn:i:0 tp:A:P cm:i:30 s1:i:364 s2:i:0 L111 163 contig03 991 60 250M = 1155 414 TAAAGCTGGTAAAGGACTTCTTGAAGGTACGTTGCAGGCTGGCACTTCTGCCGTTTCTGATAAGATGCTTGATTTGGTTGGACTTGGTGGCAAGTCTGCCGCTGATAAAGGAAAGGATACTCGTGATTATCTTGCTGCTGCATTTCCTGAGCTTAATGCTTGGGAGCGTGCTGGTGCTGATACTTCCTCTGCTGGTATGGTTGACGCCGGATTTGAGAATCAAAAAGAGGTTACTAAAATGCAACTGGAC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:3 ms:i:470 AS:i:470 nn:i:0 tp:A:P cm:i:18 s1:i:364 s2:i:0 L112 83 contig03 2109 60 202M48S = 1924 -387 AATGCTACAATGTGCTCCCCCAACTTGATATTAATAACACTATAGACCACCGCCCCGAAGGGGACGAAAAATGGGTTTTAGAGAACGAGAATACGGTTACGCAGTTTTGCCGCAAGCTGGCTGCTGAACGCCCTCTTAAGGATCTTCGCGATGAGTATAATTACCCCAAAAACAAAGGTATTAAGGATGAGTGTTCAAGATTGCTGGAGGCCTCCACTATGAAATCGCGTAGAGGCTTTGCTATTCAGCG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:364 AS:i:364 nn:i:0 tp:A:P cm:i:11 s1:i:258 s2:i:0 SA:Z:contig04,1,-,202S48M,12,0; L112 2129 contig04 1 12 202H48M contig03 1924 0 GCTGGAGGCCTCCACTATGAAATCGCGTAGAGGCTTTGCTATTCAGCG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:0 ms:i:96 AS:i:96 nn:i:0 tp:A:P cm:i:3 s1:i:34 s2:i:0 SA:Z:contig03,2109,-,202M48S,60,4; L112 163 contig03 1924 60 250M = 2109 387 CCCAATGCTTGGCTTCCATAAGCAGTTGGATAACCGCATCAAGCTCTTGGAAGAGATTCTGTCTTTTCGTATGCATGGCGTTGAGTTCGTTAATGGTGATATGTATGTTGACGGCCATAAGGCTGCTTCTGACGTTCGTGACGAGTTTGTATCTGTTACTGAGAAGTTAATGGATGAATTGGCACAATGCTACGATGTGCTCCCCCAACTTGATATTAATAAAACGATAGACCACCGACCCGAAGGGGAC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:8 ms:i:420 AS:i:420 nn:i:0 tp:A:P cm:i:17 s1:i:258 s2:i:0 L113 99 contig03 1402 60 250M = 1622 470 GGAAAACACCAATCTTTCCAAGCAACAGCAGGTTTCCGAGATTAGGCGCCAAATGCTTACTCAAGCTCAAACGGCTGGTCAGTATTTTACCAATGAGCAAATCAAAGAAATGACTCGCAAGGTTAGTGCTGAGGTTGAGTTAGTTCATCAGCACACGCAGAATCAGCGGTATGGCTCTTCTCATATTGGCGCTACTGCAAAGGATATTTCTAATGTCGTCACTGATGCTGCTTCTGGTGTGGTTGATATT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:4 ms:i:460 AS:i:460 nn:i:0 tp:A:P cm:i:22 s1:i:381 s2:i:0 L113 147 contig03 1622 60 250M = 1402 -470 ACTGATGCTGCTTCTGGTGTGGTTGATATTTTTCATGGTATTGATAGAGCTGTTGCCGATACTTGGAACAATTTCTGGAAAGACGGTAAAGCTGATGGTATTGGCTCTAATTTGTCTAGGAAATAAGCGTCAGGATTGACACCCTCCCAATTGTATGTTGTCATGCCTCCAAATCTTGGAGGCTTTTTTATGGTTCGTTCTTATTACCCTTCTGAATGTCACGCTGATTATTTTGACCTTGAGCATATCG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB NM:i:5 ms:i:450 AS:i:450 nn:i:0 tp:A:P cm:i:20 s1:i:381 s2:i:0