pax_global_header00006660000000000000000000000064136170261750014522gustar00rootroot0000000000000052 comment=7b152fde1fcfbc9c5b49dbf39c9ee70b9787cea5 genomicepidemiology-virulencefinder-7b152fde1fcf/000077500000000000000000000000001361702617500222555ustar00rootroot00000000000000genomicepidemiology-virulencefinder-7b152fde1fcf/.gitignore000066400000000000000000000000461361702617500242450ustar00rootroot00000000000000.DS_Store blast-2.2.26 Output *.gz *~ genomicepidemiology-virulencefinder-7b152fde1fcf/Dockerfile000066400000000000000000000022341361702617500242500ustar00rootroot00000000000000FROM debian:stretch ENV DEBIAN_FRONTEND noninteractive ### RUN set -ex; \ RUN apt-get update -qq; \ apt-get install -y -qq git \ apt-utils \ wget \ python3-pip \ ncbi-blast+ \ libz-dev \ ; \ rm -rf /var/cache/apt/* /var/lib/apt/lists/*; ENV DEBIAN_FRONTEND Teletype # Install python dependencies RUN pip3 install -U biopython==1.73 tabulate cgecore==1.4.2; # Install kma RUN git clone --branch 1.0.1 --depth 1 https://bitbucket.org/genomicepidemiology/kma.git; \ cd kma && make; \ mv kma* /bin/ COPY virulencefinder.py /usr/src/virulencefinder.py # TEST setup RUN mkdir /database /test COPY test/database/ /database/ COPY test/test* test/ COPY virulencefinder.py /usr/src/virulencefinder.py RUN chmod 755 /usr/src/virulencefinder.py; \ chmod 755 test/test.sh ENV PATH $PATH:/usr/src # Setup .bashrc file for convenience during debugging RUN echo "alias ls='ls -h --color=tty'\n"\ "alias ll='ls -lrt'\n"\ "alias l='less'\n"\ "alias du='du -hP --max-depth=1'\n"\ "alias cwd='readlink -f .'\n"\ "PATH=$PATH\n">> ~/.bashrc WORKDIR /workdir # Execute program when running the container ENTRYPOINT ["/usr/src/virulencefinder.py"] genomicepidemiology-virulencefinder-7b152fde1fcf/README.md000066400000000000000000000105201361702617500235320ustar00rootroot00000000000000VirulenceFinder =================== This project documents the VirulenceFinder service Documentation ============= The VirulenceFinder service contains one python script virulencefinder.py which is the script of the latest version of the VirulenceFinder service. VirulenceFinder identifies viruelnce genes in total or partial sequenced isolates of bacteria - at the moment only E. coli, Enterococcus, S. aureus and Listeria are available. ## Content of the repository 1. virulencefinder.py - the program 2. test - test folder 3. README.md 4. Dockerfile - dockerfile for building the virulencefinder docker container ## Installation Setting up VirulenceFinder program **Warning:** Due to bugs in BioPython 1.74, if you are not using the Docker container, do not use that version if not using Python 3.7. ```bash # Go to wanted location for virulencefinder cd /path/to/some/dir # Clone and enter the virulencefinder directory git clone https://bitbucket.org/genomicepidemiology/virulencefinder.git cd virulencefinder ``` Build Docker container ```bash # Build container docker build -t virulencefinder . # Run test docker run --rm -it \ --entrypoint=/test/test.sh virulencefinder ``` #Download and install VirulenceFinder database ```bash # Go to the directory where you want to store the virulencefinder database cd /path/to/some/dir # Clone database from git repository (develop branch) git clone https://bitbucket.org/genomicepidemiology/virulencefinder_db.git cd virulencefinder_db VIRULENCE_DB=$(pwd) # Install VirulenceFinder database with executable kma_index program python3 INSTALL.py kma_index ``` If kma_index has no bin install please install kma_index from the kma repository: https://bitbucket.org/genomicepidemiology/kma ## Usage The program can be invoked with the -h option to get help and more information of the service. Run Docker container: ```bash # Run virulencefinder container docker run --rm -it \ -v $VIRULENCE_DB:/database \ -v $(pwd):/workdir \ virulencefinder -i [INPUTFILE] -o [OUTDIR] [-d] [-p] [-mp] [-l] [-t] [-tmp] [-x] ``` When running the docker file you must mount 2 directories: 1. virulencefinder_db (VirulenceFinder database) downloaded from bitbucket 2. An output/input folder from where the input file can be reached and an output files can be saved. Here we mount the current working directory (using $pwd) and use this as the output directory, the input file should be reachable from this directory as well. The path to the infile and outfile directories should be relative to the monuted current working directory. `-i INPUTFILE input file (fasta or fastq) relative to pwd, up to 2 files` `-o OUTDIR output directory relative to pwd` `-d DATABASE set a specific database` `-p DATABASE_PATH set path to database, default is /database` `-mp METHOD_PATH set path to method (blast or kma)` `-l MIN_COV set threshold for minimum coverage` `-t THRESHOLD set threshold for mininum blast identity` `-tmp temporary directory for storage of the results from the external software` `-x extended output: Give extented output with allignment files, template and query hits in fasta and a tab seperated file with gene profile results` `-q don't show results ` ## Web-server A webserver implementing the methods is available at the [CGE website](http://www.genomicepidemiology.org/) and can be found here: https://cge.cbs.dtu.dk/services/VirulenceFinder/ Citation ======= When using the method please cite: Real-time whole-genome sequencing for routine typing, surveillance, and outbreak detection of verotoxigenic Escherichia coli. Joensen KG, Scheutz F, Lund O, Hasman H, Kaas RS, Nielsen EM, Aarestrup FM. J. Clin. Micobiol. 2014. 52(5): 1501-1510. [Epub ahead of print] License ======= Copyright (c) 2014, Ole Lund, Technical University of Denmark All rights reserved. Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License"); you may not use this file except in compliance with the License. You may obtain a copy of the License at http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0 Unless required by applicable law or agreed to in writing, software distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS, WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. See the License for the specific language governing permissions and limitations under the License. genomicepidemiology-virulencefinder-7b152fde1fcf/test/000077500000000000000000000000001361702617500232345ustar00rootroot00000000000000genomicepidemiology-virulencefinder-7b152fde1fcf/test/database/000077500000000000000000000000001361702617500250005ustar00rootroot00000000000000genomicepidemiology-virulencefinder-7b152fde1fcf/test/database/config000066400000000000000000000004211361702617500261650ustar00rootroot00000000000000# Database configuration file - Describes the content of the database # Each db consist of 1 file(s) with the following extensions: fsa # Other important files are: notes.txt #db_prefix name description virulence_ecoli Escherichia coli Virulence genes for Escherichia coli genomicepidemiology-virulencefinder-7b152fde1fcf/test/database/notes.txt000066400000000000000000000423561361702617500267030ustar00rootroot00000000000000K88ab: K88/F4 protein subunit: astA: Heat-stable enterotoxin 1: bfpA: Major subunit of bundle-forming pili: cba: Colicin B: ccI: Cloacin: cdtB: Cytolethal distending toxin B: celb: Endonuclease colicin E2: cfa_c: Colonisation factor antigen I: cma: Colicin M: cnf1: Cytotoxic necrotizing factor: cofA: Longus type IV pilus subunit: eae: Intimin: espB: Secreted protein B: ehxA: Enterohaemolysin: f17-A: Subunit A of F17 fimbrial protein: f17-G: Adhesin subunit of F17 fimbriae: fanA: Involved in biogenesis of K99/F5 fimbriae: fasA: Fimbriae 987P/F6 subunit: fedA: Fimbrial protein F107 subunit A: fedF: Fimbrial adhesin AC precursor: fim41a: Mature Fim41a/F41 protein: gad: Glutamate decarboxylase: hlyA: Haemolysin A: hlyE: Avian E.coli haemolysin: ipaD: Invasion protein Shigella flexneri: ipaH9.8: Invasion plasmid antigen: ireA: Siderophore receptor: iroN: Enterobactin siderophore receptor protein: iss: Increased serum survival: lngA: Longus type IV pilus: ltcA: Heat-labile enterotoxin A subunit: mchB: Microcin H47 part of colicin H: mchC: MchC protein: mchF: ABC transporter protein MchF: mcmA: Microcin M part of colicin H: nfaE: Diffuse adherence fibrillar adhesin gene: perA: EPEC adherence factor: pet: Autotransporter enterotoxin: senB: Plasmid-encoded enterotoxin: sfaS: S-fimbriae minor subunit: sta1: Heat-stabile enterotoxin ST-Ia: stb: Heat-stabile enterotoxin II: virF: VirF transcriptional activator: cif: Type III secreted effector: eatA: serine protease autotransporters of Enterobacteriaceae (SPATE): efa1: EHEC factor for adherence: epeA: serine protease autotransporters of Enterobacteriaceae (SPATE): espA: Type III secretions system: espC: serine protease autotransporters of Enterobacteriaceae (SPATE): espF: Type III secretion system: espI: serine protease autotransporters of Enterobacteriaceae (SPATE): espJ: Prophage-encoded type III secretion system effector: espP: Putative exoprotein precursor: etpD: Type II secretion protein: iha: Adherence protein: katP: Plasmid-encoded catalase peroxidase: lpfA: Long polar fimbriae: nleA: Non-LEE encoded effector A: nleB: Non-LEE encoded effector B: nleC: Non-LEE encoded effector C: pic: serine protease autotransporters of Enterobacteriaceae (SPATE): rpeA: serine protease autotransporters of Enterobacteriaceae (SPATE): saa: Auto agglutinating adhesin: sat: serine protease autotransporters of Enterobacteriaceae (SPATE): sepA: serine protease autotransporters of Enterobacteriaceae (SPATE): sigA: serine protease autotransporters of Enterobacteriaceae (SPATE): subA: Subtilase toxin subunit: tccP: Tir-cytoskeleton coupling protein: tir: Translocated intimin receptor protein: toxB: Toxin B: tsh: serine protease autotransporters of Enterobacteriaceae (SPATE): vat: serine protease autotransporters of Enterobacteriaceae (SPATE): stx1Aa: Shiga toxin 1, subunit A, variant a: stx1Ab: Shiga toxin 1, subunit A, variant b: stx1Ac: Shiga toxin 1, subunit A, variant c: stx1Ad: Shiga toxin 1, subunit A, variant d: stx1Ae: Shiga toxin 1, subunit A, variant e: stx1Af: Shiga toxin 1, subunit A, variant f: stx1Ba: Shiga toxin 1, subunit B, variant a: stx1Bb: Shiga toxin 1, subunit B, variant b: stx1Bc: Shiga toxin 1, subunit B, variant c: stx1Bd: Shiga toxin 1, subunit B, variant d: stx1Be: Shiga toxin 1, subunit B, variant e: stx1Bf: Shiga toxin 1, subunit B, variant f: stx2Aa: Shiga toxin 2, subunit A, variant a: stx2Ab: Shiga toxin 2, subunit A, variant b: stx2Ac: Shiga toxin 2, subunit A, variant c: stx2Ad: Shiga toxin 2, subunit A, variant d: stx2Ae: Shiga toxin 2, subunit A, variant e: stx2Af: Shiga toxin 2, subunit A, variant f: stx2Ag: Shiga toxin 2, subunit A, variant g: stx2Ba: Shiga toxin 2, subunit B, variant a: stx2Bb: Shiga toxin 2, subunit B, variant b: stx2Bc: Shiga toxin 2, subunit B, variant c: stx2Bd: Shiga toxin 2, subunit B, variant d: stx2Be: Shiga toxin 2, subunit B, variant e: stx2Bf: Shiga toxin 2, subunit B, variant f: stx2Bg: Shiga toxin 2, subunit B, variant g: stx1A: Shiga toxin 1, subunit A: stx1B: Shiga toxin 1, subunit B: stx2A: Shiga toxin 2, subunit A: stx2B: Shiga toxin 2, subunit B: ElrA:: SrtA:: ace:collagen adhesin precursor: acm:: agg:aggregation substance: cCF10:: cOB1:: cad:: camE:sex pheromone cAM373 precursor: cylA:: cylB:: cylL:: cylM:: ebpA:: ebpB:: ebpC:: efaAfm:: efaAfs:: espfm:: espfs:: fsrB:biofilm formation: gelE:: hylA:: hylB:: hylEfm:: tpx:: atl:bifunctional autolysin Atl:: cap5A:capsular polysaccharide biosynthesis protein cap5A: cap5B:capsular polysaccharide biosynthesis protein cap5B: cap5C:capsular polysaccharide biosynthesis protein cap5C: cap5D:capsular polysaccharide biosynthesis protein cap5D: cap5E:capsular polysaccharide biosynthesis protein cap5E: cap5F:capsular polysaccharide biosynthesis protein cap5F: cap5G:capsular polysaccharide biosynthesis protein cap5G: cap5H:capsular polysaccharide biosynthesis protein cap5H: cap5I:capsular polysaccharide biosynthesis protein cap5I: cap5J:capsular polysaccharide biosynthesis protein cap5J: cap5K:capsular polysaccharide 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capN:capsular polysaccharide synthesis enzyme capN: capO:capsular polysaccharide synthesis enzyme capO: capP:capsular polysaccharide synthesis enzyme capP: cap8A:truncated capsular polysaccharide synthesis enzyme cap5A: cap8B:capsular polysaccharide synthesis enzyme cap8B: cap8C:capsular polysaccharide synthesis enzyme cap8C: cap8D:capsular polysaccharide synthesis enzyme cap8D: cap8E:capsular polysaccharide synthesis enzyme cap8E: cap8F:capsular polysaccharide synthesis enzyme cap8F: cap8G:capsular polysaccharide synthesis enzyme cap8G: cap8H:capsular polysaccharide synthesis enzyme cap8H: cap8I:capsular polysaccharide synthesis enzyme cap8I: cap8J:capsular polysaccharide synthesis enzyme cap8J: cap8K:capsular polysaccharide synthesis enzyme cap8K: cap8L:capsular polysaccharide synthesis enzyme cap8L: cap8M:capsular polysaccharide synthesis enzyme cap8M: cap8O:capsular polysaccharide synthesis enzyme cap8O: cap8P:capsular polysaccharide synthesis enzyme cap8P: cap1A:capsular polysaccharide biosynthesis protein cap1A: cap1B:capsular polysaccharide biosynthesis protein cap1B: cap1C:capsular polysaccharide biosynthesis protein cap1C: clfA:fibrinogen-binding protein A, clumping factor: clfB:clumping factor ClfB, fibrinogen binding protein: cna:collagen adhesin precursor: coa:staphylocoagulase precursor: eap:extracellular adherence protein: eap/map:extracellular adherence protein: ebh:cell wall associated fibronectin-binding protein: ebpS:cell surface elastin binding protein: efb:extracelular fibrinogen-binding protein: fib:fibrinogen-binding protein: SEntA:putative enterotoxin type A: SEntB:enterotoxin B: SEntC:enterotoxin type C precursor: SEntG:extracellular enterotoxin type G precursor: SEntH:enterotoxin H: SEntI:extracellular enterotoxin type I precursor: SEntK:enterotoxin K: SEntL:extracellular enterotoxin L: SEntM:extracellular enterotoxin type I: SEntN:enterotoxin N: SEntO:enterotoxin O: SEntP:enterotoxin P: SEntQ:enterotoxin Q: SEnt:enterotoxin: SEnt-protiein:enterotoxin protein: SEnt-like:enterotoxin-like toxin: SEntyent1:enterotoxin yent1: SEntyent2:enterotoxin yent2: eta:exfoliative toxin A: etd:exfoliative toxin A: set1:superantigen-like protein: set2:superantigen-like protein: set3:superantigen-like protein: set4:superantigen-like protein: set5:superantigen-like protein 5: set6:superantigen-like protein: set7:superantigen-like protein: set8:superantigen-like protein: set9:superantigen-like protein: set10:superantigen-like protein: set11:superantigen-like protein: set12:superantigen-like protein: set13:superantigen-like protein: set14:superantigen-like protein: set15:superantigen-like protein: set16:exotoxin homolog: set17:exotoxin homolog: set18:superantigen-like protein: set19:superantigen-like protein: set20:superantigen-like protein 5: set21:superantigen-like protein: set22:superantigen-like protein 7: set23:superantigen-like protein: set24:superantigen-like protein: set25:superantigen-like protein: set26:exotoxin homolog: set30:superanitgne-like protein: sal:superantigen-like protein: SExo:exotoxin: fnbA:fibronectin-binding protein A: fnbB:fibronectin-binding protein B: geh:glycerol ester hydrolase: hla:alpha-hemolysin precursor: hlb:beta-hemolysin: hld:delta-hemolysin: hlgA:gamma-hemolysin chain II precursor: hlgB:gamma-hemolysin component B precursor: hlgC:gamma-hemolysin component C: hysA:hyaluronate lyase: icaA:intercellular adhesion protein A: icaR:intercellular adhesion regulator: icaD:intercellular adhesion protein D: icaB:intercellular adhesion protein B: icaC:intercellular adhesion protein C: lip:triacylglycerol lipase: lukF-PV:Panton Valentine leukocidin F component: lukS-PV:Panton Valentine leukocidin S component: lukM:LukM precursor: lukD:leukocidin D component: lukE:leukocidin E component: nuc:thermonuclease: sak:staphylokinase: isb:IgG-binding protein SBI: scn:staphylococcal complement inhibitor: sdrC:Ser-Asp rich fibrinogen-binding protein C: sdrD:Ser-Asp rich fibrinogen-binding protein D: sdrE:Ser-Asp rich fibrinogen-binding protein E: sdrH:Ser-Asp rich fibrinogen-binding portein H: splA:serine protease splA: splB:serine protease splB: splC:serine protease splC: splD:serine protease splD: splE:serine protease splE: splF:serine protease splF: sspA:serine V8 protease: spa:spa immunoglobulin G binding protein A: sspB:cysteine protease: sspB2:cysteine protease SspB: sspC:cysteine protease: tsst:toxic shock syndrome toxin-1: esxA:ESAT-6/WXG100 family secreted protein EsxA/YukE: esaA:type VII secretion protein EsaA: essA:protein secretion system EssA: esaB:Putative secretion accessory protein EsaB/YukD: essB:putative secretion system component EssB: essC:type VII secretion protein EssC: esaC:EsaC protein within ESAT-6 gene cluster: esxB:virulence factor EsxB family protein: vwb:von Willebrand factor-binding protein: stx11:S.dysenteriae 60R stx12:ONTNA, variant a stx13:S.dysenteriae 3818T stx14:O111 PH, variant a stx15:O111 CB168, variant a stx16:O157 AI2001 52, 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>toxB:4:FJ386569 ATGATTCATCCAGGTTCTTTTTTAGATAAGACAATTAACAATACAAGAGGTAAAAATGTTAATGCTAATATCAAACATAGTCAAATTCAAGAGATAAAAAGGAATTTCACCTATAAAAAAAATGATGACATCTCATCCAGATTTAAATTTTACAGCTCGCTAGTAAAGCAGAAAAACTCAACAGAAGATGTTGTTTTGATAGGAAAAATGATTTCAGATGAAGTTAGAAATTACAGCACCATACATAATGATAGAAATATCATAATTAACTCTGGAAATTGGAAAACATCTTTTTTATGTAATCTTGCCAGACTACTATATAGCATGTTTAATGGTAGCGTCTATTTTCCTTCCCGTGATGATGAAAATAGCTCATCCCCCAGCCCAACTCTACCTACTATACATCAGTCTGAAAGGAAGGAGTTATCACAACAAAAAAGCATCAATCATTTAAAAAAAAGTGATACCATCGACGAATACATTAAAATAAGAAAAACAAGAGGCATTGAAGATCAAATAACAACTACCTCTCAAAGTTTGATAATTAATGAGCTGTTAAATGGAGTTAATAGAAATACCATTCCATTTCAGAAAATAAGTGAGCTCAATGACATCATACATTCATATGAAAATATGCAAACTAAAAATAGCCGAAAAGGTATAGAAATATTAGTTAAGCAGGGAGAACTGTTATCATCATTAATAAATTATGACAAAGAAAACAAACAATTATCAGACAATATATCTAAAATAATAAATTTATTAGGGATAGAGTATCAGTCACATAAAGTAGACATAGAGCCATTTATACATGCAGTATGGGTTGCAGGTGCACCTCCTGAAAATACATCGTCATATATAACAGCTTTTTTAAATACATATAAAAATTATACTTACTTGCTCTGGATTGATCCCAATGCTTTTGGTGCAGCCAAGTTTAGTGGAATTTTAAAAAATATAGCCATGAATTATGCAATTATGCGTTTGAGAAGAACCAATCCTCATTTAGCGGAAAAAATGAATGATGTGATATTAAAAATACAACACATACAAAATGAAACAGTAGATTTTAATGAAACAAGAGAGAGGGTAAAGGAACTTGAAAATAAATACAAATCATTAACGAGAGAAACCAAAGAAAAATTCAATGTTTTTTTTCTTGAGTCAATGATAGGTATGCAAGACAACTATTTCACATATTGTATATCAAACGGAATATCAAATACTGATGATATATCCAGACTTAACTTTTTAACTACTGTTTTAAAACTTTCACCAGACATTCTGGATGACTTTAAATCTACAGTAGAGAAAAACAAAAAAGATATAGATTTATTAAAAGACATAATATCTCAAAAATTCGGGGATAGATTTCAACTGAGAGATATTAACACATTGGAATCATTTAAAAAACCACAAGATTATTTTTTTTATCAACAAGAGATGCTATTAAGATGGAACTACGCCGCTGCATCAGATCAGGTAAGAATGAATATATTGAAAGAGTATGGAGGGATTTATACCGATACTGATATTCTTCCTGCATATTCAGATGAAGTGTCACAGATAATAAATAAAAAAAGTGATGGAGATATGTTTTTTGAAGATTTAAAACTAAGAAGGTTTATATCAGAAGCTATTCTGTCCCTCATAAAAGGGGAAAAGTACTCAATTAAGCATGATAGCTTAGATGAAAAAACACGTAATCAGTTAAATGCTATATTGAGTGAAATAGAAAAGCTGACGATAGATAATTATTTTAAACCTGTTGAGACAACAGTTATTAGAGATAGTTTTAAAATTTTTAAAAGATATCAAAAATGGTCAGAAAACAACTGGAATATTAGAGGGAATAATAATTTCATGCTAACTCACAAGGGAAGTAAATGTATTGATTTTATTCAATCAGGACAGAAAAAACAATATTTAGAACTTCAGCGCATCAGAGATAATATAAGTTATAATAATTTCTTTTATACCACAAATGATCTAAAATCTTTAGATAACGTGGAAATAGGAGGAATACCTGCAAAAAAATATTTAGAACACGGTTTGTTTTCTGAATATCGACAGGACGGTACAATTCCTTATGTAGTAAGTACTCTAAATATATCTGGCCCAGACATGATTATGCGACAAATGAAAAAATACTATAAATCTCTAGGGCGCATAGGTGAAGTACATATTAAAGACAATAAATTAAGTGATATGAATTTTATGGGGGTATATGCAAGTTCAGATAAAGAAAATAAAAGTTTTAACTGGCTGAATCCAGTGAGTGTTGGTGTTAATGATATTACACCGGATGATGAAAGCTCATGGGCTGTTAGAAATAATGATATTAATAAAATTTTATTCGAAAAAATAAACTGTCATGTACCCGAAAAACTACCTACCTCCCTATACTATGAAATCGACTCGCGAGTTTTTTTTCATGGATGGGATAATAAAAGCATACAATATGTTACTGAGATTAATAAAGACCTTATTAAAGATATAAATTTATTGTTAACATCGTCTAATGTTGATGTTAAACTTTTAATAAAGCTAGATCGTGAATTATATGCAATAAGCAGCAAAATAGAGAATCCGTTAGCCTTGCGCTCTATAAGGACTTTACAGCTGCAATTAACTAATTATGTAACCTCAAACACATTTGAACCTGAAAATACAATTAATTTTATTTATGATTTTTATAGTAAAAAACAAAATGATTTACTTAGCGCAATTAAGTTATTTTCGCGTAATGATGTCGAGACAAAAATCATTGTTTGGTACAATTCAACAATGGAAAAAAATGTATTCCTCCGAGAGGTTATATCATGTGTTCTATGGACTAAAAAAGTAGACTCTTATATAAAAGAAAACAAAAAACACTTATCTACGGAAGATGCTGAAGCTTTAAGAGATTATGCAAAATTAAAAATAAAAGAACTATTTTCGATGTTGGATGATGATGGTTATAAAAGAATCATAACAACAAATTCATATATTAAAGAGAGGGATAAACTATCAGGCATTATACACAACATCGAAAATTCTATTATATCAGGTCATGAATCATCTGATATAATACGAAGCCATCAACATGAGTGGGGAGATTTATCAACGGTAGAGCAATTTAAAAAATTTGAATTTTATGTTAAAAGTGAGTTATCATTTTCCAAGTCAATTTTTGATGATATAAAAACCAAATATATAACAGATCCCGAAACAAAACGAAACGCACTTTACCATCAATTAGATAGTGATATCAAAGAGCGAATAGCCTTTCTCGACATATCCCACTACGCATATCCAGGTAGTTTATTAGAAAAATTACAGTTAAGCGGCTACGTTTTTTCTGACATCAACATAATTGCAGAATACTTATTGTCTAGTTACGGAATTTCTGGGCATTATTCTCACGGCGTGGTATACCCAGCTCCATCTGATAAATTATTTGAGTTATTAAGAAGACATACAAATTCCAATTCTGATTGGATAGAAAAAATAATCCCATATGTTTATGATATCTTATCAGGTAATGTGTCCAGCTTCTTGCACCCTCCCTTATCAGAAGAACAGAAAAAAATATTGAGTGATATAAAATTAGAAATTAGTGAATCTGTATCAGAACAGTATTTCATGAAGTTGACAGAACAAAAATCATCAGTTATTGGCATTAAATACTCTGTTGATTTTGATAGATACAATGAGAATTTATTTTTGTCTTTACCTATAAATCAAAATTTAACTCTACCTTTCATGTATCGCTACTTCGAGATGTTATATGACATTCACATTGGGATCTTAGAAAACAAGGCAAATAGAGATTTTATATATAGGAAGTTTTCATCTTTAAATTTGGATTTTTTAATTAATGACGAGAGAGTTTTTAATCTTGAAGGCTTAATAAAAAAATATAAATATTTATCATTGAGTGAAATACATAAAACTTTAACAAATAGTAATTCATTTGCAGATATTTCCATACCATTATTACAGACTATATGTCCCAGTATAACAACAATAATAAAAAAAACAGAATATCATGGACATCAGTTAACAAATGCTATGACAGTTGCTTCAGTGGTTAAGCCATATGACTTTAGTAATCTTGGTGCCATAAATAGTATAGATAAGTCCGTTTCTGATATACCTGCATTGCATACAATTGTTGAACAAGCGAAGTATAATTTACTTTCATGGAATGATTTTTATAATACTCATGCGTCAATATGGGATACAATAGCAAGGCAGCATAAAAGTACAAATATCGAATTTCACCCACAAAGTCTTCTTTTTGATAGAGATTCGAAAGGAAAGTGCCTTGGTTTGTCTCTCCTGTATCTTGATACAGGAGGTTATGGAAGCAGATATCAAAAACTGAGACACAATATTGAAACTGCCAGCGCATTGTATCAAACAAAATATAATGACAATATTAAATTATCTAATAGCGATGATTTCTTTTTAAGAAAAACACAACGTATCATTACAATGTCCAATGAGTTAGGCAATAATAGATTAAAAAACTCACAGTTAGAAATCCTAGAATTGAAGGACCCTGTACTAACTGAAGGTATATTATACCAGCGTCGAATATCATCTCTTTTAATAACAACAGAATATCACTCACTCGCGTTACAACAAGTATCTTCTTTTTGGAGAGTAACCGATCCTAATTTTGGGCATTGTGACTTCCATTCCTTAGCACAGGCTTTAACGTTTATAAAAAATATAACGAGCAATGGTAACTTTTCATCTTTATATGGAAGTGGTATTATTAAAATTTACTTTAGTGAGTCTCTTAATAATTGGAAGTATATAAAACTCCCTCTTATTCAGAATAATTCTTTGTCAAGGGATATATATTTGACAACTCCAGAGAAATTATCCGCAACTGGAGATTCATTAAATATTATGGGACATTTAGTGCCTGTCAGTTTTATTTATGACATTGGAGGAGTCTTTAATGGCAACAGAATAAGTGAAAGCACAGATATAAAAAATAAAATCAAGAATCTGAAAATAAATGGGGATATTTTACAACATTATATAAATACGCATTATTTGTCAGAGTCGCAAACTCAGAAGATAAAAGATATTGTGGATTTTTTAGGCATTCAGGACAACACAAAAAGAGTTAAGCTTGAAAGTGATATTAAACATATAAGTGAAGTTCAACAGCCCCTTCATTCTATTATCTCACGGCAGAAAGAACATGTAAAAAACTTACTATCTGGATTACTTAATGAGTTTTCAAATAAGTTAAGACAGCAAGGCCTTTCACTTAAAACAAATGTTCTTTCAGTTAATAACTTCAAAGCATCAAAGATAAATAGTGATACTGTGGAGGTTACAGTAACTGATCTGCAAGGAAGACTTTATAGTGTTGATATAGATACAAGAGTTATTGGCTTAACTTTTAAAGAGGGGATAAATAGTTTATCTGAAGCACTCGAACACATGAATATAGATGCAATTATGTCTGTTATTGGCTTGGTTCAATATACACGAATGATAAAAACAAATGACAATATTAGCGCAATAGATCATGCAGGAGCAGTATCAGATATTAAAAATATTGTAGACAAATTTTTAGGCGGAATTTTAACTTTTACTAATAATCGCGTATATAACCCTGGTGGTATATCTGGTGCCTCGCTTGAAGGATTTATATCTTCTGGTTTAGAAGTGTGCGCGTCAAGAATAGGTGGCACCGCTGGGCGTTATCTTAGCAATGTGGCAAAAGTAATAAAATTACCTTTGCTAGATATAGGCATAAATATTTGGTCATTATATGACTCTTCATTAAATCATGCCAGAGCCACCACACAAATTGAATATATATCAACAGCGATAGATGTATCTTTTTCATCTATAAATACTGCTTTATCAATAGGCGCAATCGCATATCCACCTTTGGCAATAGCTATAGTTCCGATAACTATCTTTTCTCATGAAGTAAAAAACTATGCTGTTTATGTGAATCAAATTAATGAGCGACATAAGTTATGGCTTGAAGCTGAAAAATATCTGGACAATGGAAGCGCAAAGGTTCTAAGCATTAACAAAGATACAGGCATAATCGATTTATCAAATAATCAGGTGTTAGGTAATGTTCATTTAGATATGAGAGAAAACCCTCCGATATTACATGGTGAAAAATCATATAATAGCGGGAAGAATATTGGAAGTCATCCAGATATGACTGACAGAGAAATTATGGAGTCTGGAGCATACAATTTTGCATGTACAAAACTCTCAGATGCAGGTGAACCCGATATTTTCGGTTGGGGAGATAAGGATGTATGTAATTCAATGGAACTGTCTGAATCTCAATTAGCTAATGGGTATTCTAACCGCCAATGGCCTTCACAAAGTCCAGTTATTCCTGAAGGGATTTATAATACAGTATATCTTGGGTATGGAGAAACATTGCGAGCTAATACAGAAGTTACATTGAGTAGCACTGGTTACTTTTACGAGATTGCAAGGGCATATACTGATGATGAACTATCTGAGCCATTATTAACAGTATGTAACCAACGTAGTAGTGTAATTGGTGGAAAAGAACCATTAACAATAATCATTCCAGCTCTTGAACATGGTATGCTTGGCTCTAATCTACATATGATTGAACGTTTTAAAAACTACAATTTTTCAATATCAGGAGGGAAGGGCGGGATAAAATTAATGGTTGGTGGTATTGGTGATTACAACATAGAATGTACCCCCGGTGTTAGAAATATTATTTCTTTTGAACAATTATCACGTGACTTCAATCTGGATTTGGATTTATCAGATGAGAGGAAACAAAATTTTTACTTTCATCATCCCTCTGGTTTTTATTCAGGAAAAGTTATGAGTATAACGCAAAAGGGCATAAATTCGGTTGTTGGTACTAAACAGGGATATGATAAGATTCGTGGTAATAATTTAGATAATACCTTTTCCCTTGGAAATGGGGGGGGGGTTATATATTCTGGTGGAGGAAGCAATACATATTTTGTTCCTGCTACACTACAGCATAATTTGCATATATATATATCAGAAAAATCAAATGGTAACCATATTATTTTAGGTGAGACACACTCTCGCTTATCTATTGAATGCCACTTTAGTGATGATAAAAGAGAGTTTATAAAGATGGACTTATATAATGGAGGTGATGTAATTTTAGAAAGTGACACTTTACAAAAAATAAATACATTTTCAAAAAATATAACAATACAGACAGCGGATGGAGTTATGGCAAACTGGGATGATGAATCAAGTACTCTGTCTGTTTATTCAATAGATATGATTGCCTGGAGGGATAAAAATAAAACTGAAAAAGAGCCTTTACCACTTGATGTGATTCAGTTAACTAATTGGAGGATACATAACTCATGCTCTTTATTTTATGATAAATATCAAGTTGACATTGAAGCCAATAAATTAACGTATACAATTTTATTTCCTGATACGGAGTTACCTGTTCAACTTAATTATGCTAGTGTTATTTATGGTAATCATGGGGCAAAATATACATTCCTCGACTCAGGAAGTAAAGCTATAACCATCCACATTACTGATGAAAGTGGCGATTATGATACTTTTGACTTCCGCAATATTGTTTTTGAACATCACACCAATGACATGTTTATAAGCTTTGATAATCAAGGAGGATTTGTTATATCAATATCAAATAATGCCACAAATGAACTGACAGATATTAATGTATTCCGAAAAAACATGACTTCTTTTGATGGCTGTCGTTCATTGATATATTTGCCTAGCGGTGATGTTTTTTATATTTCAGATATCTATAAAATGTCCAGAGGAAGAAAATCGGTTAAATTAAATGTAGAAAAGAAACCGGACATTAACGACATCATCAATGTGGCTATTTTAGAAACTTCTTATCTGCAAATAAAAAAAATCCCAAATAATGATGATGGCAGTTATGTTTTATGTCTAGACAACCCTAACCTCTCATCTTACACATTACACTTTAATGACTTATCTGGATATATATCAAGTATATGGGATAATATTAGAGGAAGCTTCACTCCTTTTCATAATAATACTGTGAATATCGCCCCTAATGAAAAAAAATTTATTTCCCTAACAGAGCCAGATAAGTTGTCATTCAACATTGATGTTTTTAGAGAAGCATTAGAGGTAAAAAATAGTTATAAGTTAAGTAAATTTACATGGGAAACGTATGGTGATATCGTGGTATCACCTGAAGATAGAATTTCTCATCTGGAATTAGATGGATTTAATTATTTTTCACAACCCGAGTTAGATGCTCAAATATCAGACACCTTTTCATATCTATATGATAATTTTCAGATTGCTGATGGTGATGTTCATATTAAGCTTCTTCATCTCGATAGAGAAACAAAGCAAATAACGCCACATCGTATTATCCTTCAAAAATACTTTATAGACTCATTTGCTAAAACAAGTATCTCTGACAGAGAAAACAATATATATCCTGTTATTTGTGATTCACCTGATCACTTCACAAATGATATATATAGGCATCCATTTAGGATAGTTCTCGGGAATAAAACATTGTATCCATCAGAAGAACTTATAAAGTTTATAAGAACCTCAAAGGAATATTTAAGCAATATGGATATAATTAATAATATTATTGTTCCACAAAAAACAATAAAGAAAAATAAATTATCTGTCGTTAGTTTAAATAGCAACCTCAAAAATGAGGTTGTTTTGTCTGGAGTAATGACAGGAACATCAAAGGTTTTTCATCTAAATAAATCAGGCGACTTATTGTTAACCACTTCAAAAACTCATGGGGGCGGGGTTATAGTTATTTTTAAAGATTTTATAAATAACTGGTGGAAATATAACCTTACATTGATAACAGTTCCTATTGATGACAAATTGTCAGATAACAGGATAAATATAACACCAATGGGTATAACGATACATGAAATAGTCAATGGGGATGATAAGTTGTTTTTTTATCCTACTCCATTAAAAAATGGAGGTTTTATCTTACATAATCCACTTTACACTAATTCATTTCCTTCTTCATATTCACATGAATTATTTGATTTGGTTGAGGCATATAGAAATCCAACGTATTCATATTTACAGAATAGTATTATCAATAGATATATACATACTGTTTCTGAGCATAATGGAAAAGACGGTGTAGCTCAGATGTCATTACCTATATATGCATACTCAACATGTCGTTTTTGGCCAAAAGAAAGTGTAGCTGTTGGAGATACAATAAATTTATCTAATTATGAACATATTGAATTTAGCTTTAATTCTTTTAGTAAAGATGTCTGTCGTGAACAAAATAGTGATATATATAAAATATTTTTTAAAATTGTGGCTTTGAATAATTCGATTGTTGTGAGCGAAAATATGTTCACTCAAAAAAACTTCTTGGAACACAATACATTTTTCAGTGTTACCGGCATAGATGAGTCTCTCTATGAAAAGCATATAATCTTTATCACTCTTAAGGCCATTCCTCCCCAGAAGTAG genomicepidemiology-virulencefinder-7b152fde1fcf/test/test.fsa000066400000000000000000000025461361702617500247150ustar00rootroot00000000000000>astA:1:AF161000 ATGCCATCAACACAGTATATCCGGAGACCCACATCCAGTTATGCATCGTGCATATGGTGCGCAACAGTCTGC GCTTCGTGTCATGGAAGGACTACAAAGCCGTCACTCGCGACCTGA >stx1:1:M24352:1 ATGAAAATAATTATTTTTAGAGTGCTAACTTTTTTCTTTGTTATCTTTTCAGTTAATGTGGTTGCGAAGGAATTTACCTTAGACTTCTCGACCGCAAAGACGTATGTAGATTCGCTGAATGTCATTCGCTCTGCAATAGGTACTCCATTACAGACTATTTCATCAGGAGGTACGTCTTTACTGATGATTGATAGTGGCACAGGGGATAATTTGTTTGCAGTTGATGTCAGAGGGATAGATCCAGAGGAAGGGCGGTTTAATAATCTACGGCTTATTGTTGAACGAAATAATTTATATGTGACAGGATTTGTTAACAGGACAAATAATGTTTTTTATCGCTTTGCTGATTTTTCACATGTTACCTTTCCAGGTACAACAGCGGTTACATTGTCTGGTGACAGTAGCTATACCACGTTACAGCGTGTTGCAGGGATCAGTCGTACGGGGATGCAGATAAATCGCCATTCGTTGACTACTTCTTATCTGGATTTAATGTCGCATAGTGGAACCTCACTGACGCAGTCTGTGGCAAGAGCGATGTTACGGTTTGTTACTGTGACAGCTGAAGCTTTACGTTTTCGGCAAATACAGAGGGGATTTCGTACAACACTGGATGATCTCAGTGGGCGTTCTTATGTAATGACTGCTGAAGATGTTGATCTTACATTGAACTGGGGAAGGTTGAGTAGTGTCCTGCCTGACTATCATGGACAAGACTCTGTTCGTGTAGGAAGAATTTCTTTTGGAAGCATTAATGCAATTCTGGGAAGCGTGGCATTAATACTGAATTGTCATCATCATGCATCGCGAGTTGCCAGAATGGCATCTGATGAGTTTCCTTCTATGTGTCCGGCAGATGGAAGAGTCCGTGGGATTACGCACAATAAAATATTGTGGGATTCATCCACTCTGGGGGCAATTCTGATGCGCAGAACTATTAGCAGTTGAGGGGGTAAAATGAAAAAAACATTATTAATAGCTGCATCGCTTTCATTTTTTTCAGCAAGTGCGCTGGCGACGCCTGATTGTGTAACTGGAAAGGTGGAGTATACAAAATATAATGATGACGATACCTTTACAGTTAAAGTGGGTGATAAAGAATTATTTACCAACAGATGGAATCTTCAGTCTCTTCTTCTCAGTGCGCAAATTACGGGGATGACTGTAACCATTAAAACTAATGCCTGTCATAATGGAGGGGGATTCAGCGAAGTTATTTTTCGTTGA genomicepidemiology-virulencefinder-7b152fde1fcf/test/test.sh000066400000000000000000000004001361702617500245410ustar00rootroot00000000000000#!/bin/bash virulencefinder.py -i /test/test.fsa -o /test/ -mp blastn -x -q file=/test/results_tab.tsv DIFF=$(diff $file /test/test_results.tsv) if [ "$DIFF" == "" ] && [ -s $file ] ; then echo "TEST SUCCEEDED"; else echo "TEST FAILED"; fi genomicepidemiology-virulencefinder-7b152fde1fcf/test/test_results.tsv000066400000000000000000000006611361702617500265350ustar00rootroot00000000000000Database Virulence factor Identity Query / Template length Contig Position in contig Protein function Accession number virulence_ecoli astA 100.0 117 / 117 astA:1:AF161000 1..117 EAST-1 heat-stable toxin AF161000 virulence_ecoli stx1A 99.79 948 / 948 stx1:1:M24352:1 1..948 Shiga toxin 1, subunit A, variant a EF079675 virulence_ecoli stx1B 100.0 270 / 270 stx1:1:M24352:1 958..1227 Shiga toxin 1, subunit B, variant a AM230663 genomicepidemiology-virulencefinder-7b152fde1fcf/virulencefinder.py000077500000000000000000000524121361702617500260220ustar00rootroot00000000000000#!/usr/bin/env python3 from __future__ import division from argparse import ArgumentParser from tabulate import tabulate from cgecore.blaster import Blaster from cgecore.cgefinder import CGEFinder from distutils.spawn import find_executable import sys import os import time import re import subprocess import json import gzip import pprint ########################################################################## # TODO list ########################################################################## # 1) A lot of output files are opened while creating output and not closed # until the end. This creates unecessary I/O pressure on the servers. # SOLUTION: create output in string variables and write all output to # each file only once. ########################################################################## # FUNCTIONS ########################################################################## def text_table(headers, rows, empty_replace='-'): ''' Create text table USAGE: >>> from tabulate import tabulate >>> headers = ['A','B'] >>> rows = [[1,2],[3,4]] >>> print(text_table(headers, rows)) ********** A B ********** 1 2 3 4 ========== ''' # Replace empty cells with placeholder rows = map(lambda row: map(lambda x: x if x else empty_replace, row), rows) # Create table table = tabulate(rows, headers, tablefmt='simple').split('\n') # Prepare title injection width = len(table[0]) # Switch horisontal line table[1] = '*' * (width + 2) # Update table with title table = (("%s\n" * 3) % ('*' * (width + 2), '\n'.join(table), '=' * (width + 2))) return table def is_gzipped(file_path): ''' Returns True if file is gzipped and False otherwise. The result is inferred from the first two bits in the file read from the input path. On unix systems this should be: 1f 8b Theoretically there could be exceptions to this test but it is unlikely and impossible if the input files are otherwise expected to be encoded in utf-8. ''' with open(file_path, mode='rb') as fh: bit_start = fh.read(2) if(bit_start == b'\x1f\x8b'): return True else: return False def get_file_format(input_files): """ Takes all input files and checks their first character to assess the file format. Returns one of the following strings; fasta, fastq, other or mixed. fasta and fastq indicates that all input files are of the same format, either fasta or fastq. other indiates that all files are not fasta nor fastq files. mixed indicates that the inputfiles are a mix of different file formats. """ # Open all input files and get the first character file_format = [] invalid_files = [] for infile in input_files: if is_gzipped(infile): f = gzip.open(infile, "rb") fst_char = f.read(1) else: f = open(infile, "rb") fst_char = f.read(1) f.close() # Assess the first character if fst_char == b"@": file_format.append("fastq") elif fst_char == b">": file_format.append("fasta") else: invalid_files.append("other") if len(set(file_format)) != 1: return "mixed" return ",".join(set(file_format)) def make_aln(file_handle, json_data, query_aligns, homol_aligns, sbjct_aligns): for dbs_info in json_data.values(): for db_name, db_info in dbs_info.items(): if isinstance(db_info, str): continue for gene_id, gene_info in sorted( db_info.items(), key=lambda x: (x[1]['virulence_gene'], x[1]['accession'])): seq_name = ("{gene}_{acc}" .format(gene=gene_info["virulence_gene"], acc=gene_info["accession"])) hit_name = gene_info["hit_id"] seqs = ["", "", ""] seqs[0] = sbjct_aligns[db_name][hit_name] seqs[1] = homol_aligns[db_name][hit_name] seqs[2] = query_aligns[db_name][hit_name] write_align(seqs, seq_name, file_handle) def write_align(seq, seq_name, file_handle): file_handle.write("# {}".format(seq_name) + "\n") sbjct_seq = seq[0] homol_seq = seq[1] query_seq = seq[2] for i in range(0, len(sbjct_seq), 60): file_handle.write("%-10s\t%s\n" % ("template:", sbjct_seq[i:i + 60])) file_handle.write("%-10s\t%s\n" % ("", homol_seq[i:i + 60])) file_handle.write("%-10s\t%s\n\n" % ("query:", query_seq[i:i + 60])) ########################################################################## # PARSE COMMAND LINE OPTIONS ########################################################################## parser = ArgumentParser() parser.add_argument("-i", "--infile", help="FASTA or FASTQ input files.", nargs="+", required=True) parser.add_argument("-o", "--outputPath", dest="outdir", help="Path to blast output", default='.') parser.add_argument("-tmp", "--tmp_dir", help=("Temporary directory for storage of the results " "from the external software.")) parser.add_argument("-mp", "--methodPath", dest="method_path", help="Path to method to use (kma or blastn)") parser.add_argument("-p", "--databasePath", dest="db_path", help="Path to the databases", default='/database') parser.add_argument("-d", "--databases", help=("Databases chosen to search in - if non is " "specified all is used")) parser.add_argument("-l", "--mincov", dest="min_cov", help="Minimum coverage", default=0.60) parser.add_argument("-t", "--threshold", dest="threshold", help="Minimum hreshold for identity", default=0.90) parser.add_argument("-x", "--extented_output", help=("Give extented output with allignment files, " "template and query hits in fasta and a tab " "seperated file with gene profile results"), action="store_true") parser.add_argument("--speciesinfo_json", help=("Argument used by the cge pipeline. It takes a list" " in json format consisting of taxonomy, from " "domain -> species. A database is chosen based on " "the taxonomy."), default=None) parser.add_argument("-q", "--quiet", action="store_true") args = parser.parse_args() ########################################################################## # MAIN ########################################################################## if args.quiet: f = open('/dev/null', 'w') sys.stdout = f # Defining varibales min_cov = float(args.min_cov) threshold = float(args.threshold) method_path = args.method_path # Check if valid database is provided if args.db_path is None: sys.exit("Input Error: No database directory was provided!\n") elif not os.path.exists(args.db_path): sys.exit("Input Error: The specified database directory does not exist!\n") else: # Check existence of config file db_config_file = '%s/config' % (args.db_path) if not os.path.exists(db_config_file): sys.exit("Input Error: The database config file could not be found!") db_path = args.db_path # Check if valid input files are provided if args.infile is None: sys.exit("Input Error: No input file was provided!\n") elif not os.path.exists(args.infile[0]): sys.exit("Input Error: Input file does not exist!\n") elif len(args.infile) > 1: if not os.path.exists(args.infile[1]): sys.exit("Input Error: Input file does not exist!\n") infile = args.infile else: infile = args.infile # Check if valid output directory is provided if not os.path.exists(args.outdir): sys.exit("Input Error: Output dirctory does not exist!\n") outdir = os.path.abspath(args.outdir) # Check if valid tmp directory is provided if args.tmp_dir: if not os.path.exists(args.tmp_dir): sys.exit("Input Error: Tmp dirctory, {}, does not exist!\n" .format(args.tmp_dir)) else: tmp_dir = os.path.abspath(args.tmp_dir) else: tmp_dir = outdir # Check if databases and config file are correct/correponds dbs = {} extensions = [] db_description = {} tax_2_db = {} with open(db_config_file) as f: for i in f: i = i.strip() if i == '': continue if i[0] == '#': if 'extensions:' in i: extensions = [ s.strip() for s in i.split('extensions:')[-1].split(',')] continue tmp = i.split('\t') if len(tmp) != 3: sys.exit(("Input Error: Invalid line in the database" " config file!\nA proper entry requires 3 tab " "separated columns!\n%s") % (i)) db_prefix = tmp[0].strip() name = tmp[1].split('#')[0].strip() description = tmp[2] # Check if all db files are present for ext in extensions: db = "%s/%s.%s" % (db_path, db_prefix, ext) if not os.path.exists(db): sys.exit(("Input Error: The database file (%s) " "could not be found!") % (db)) if db_prefix not in dbs: dbs[db_prefix] = [] dbs[db_prefix].append(name) db_description[db_prefix] = description # Create database, where keys are from column 2 in config file (species # or other taxonomy). Values are lists of databases belonging to the # species or "group". taxdbs = tax_2_db.get(name.lower(), []) taxdbs.append(db_prefix) tax_2_db[name.lower()] = taxdbs if len(dbs) == 0: sys.exit("Input Error: No databases were found in the " "database config file!") if args.speciesinfo_json: databases = None taxonomy = tuple(json.loads(args.speciesinfo_json)) for tax in reversed(taxonomy): if tax in tax_2_db: databases = tax_2_db[tax] break if databases is None: databases = databases = dbs.keys() elif args.databases is None: # Choose all available databases from the config file databases = dbs.keys() else: # Handle multiple databases args.databases = args.databases.split(',') # Check that the ResFinder DBs are valid databases = [] for db_prefix in args.databases: if db_prefix in dbs: databases.append(db_prefix) else: sys.exit("Input Error: Provided database was not " "recognised! (%s)\n" % db_prefix) species = set([",".join(dbs[db]) for db in databases]) # Check file format (fasta, fastq or other format) file_format = get_file_format(infile) # Call appropriate method (kma or blastn) based on file format if file_format == "fastq": if not method_path: method_path = "kma" if find_executable(method_path) is None: sys.exit("No valid path to a kma program was provided. Use the -mp " "flag to provide the path.") # Check the number of files if len(infile) == 1: infile_1 = infile[0] infile_2 = None elif len(infile) == 2: infile_1 = infile[0] infile_2 = infile[1] else: sys.exit("Only 2 input file accepted for raw read data,\ if data from more runs is avaliable for the same\ sample, please concatinate the reads into two files") sample_name = os.path.basename(sorted(args.infile)[0]) method = "kma" # Call KMA method_obj = CGEFinder.kma(infile_1, tmp_dir, databases, db_path, min_cov=min_cov, threshold=threshold, kma_path=method_path, sample_name=sample_name, inputfile_2=infile_2, kma_mrs=0.75, kma_gapopen=-5, kma_gapextend=-1, kma_penalty=-3, kma_reward=1) elif file_format == "fasta": if not method_path: method_path = "blastn" if find_executable(method_path) is None: sys.exit("No valid path to a blastn program was provided. Use the " "-mp flag to provide the path.") # Assert that only one fasta file is inputted assert len(infile) == 1, "Only one input file accepted for assembled data" infile = infile[0] method = "blast" # Call BLASTn method_obj = Blaster(infile, databases, db_path, tmp_dir, min_cov, threshold, method_path, cut_off=False) else: sys.exit("Input file must be fastq or fasta format, not " + file_format) results = method_obj.results query_aligns = method_obj.gene_align_query homo_aligns = method_obj.gene_align_homo sbjct_aligns = method_obj.gene_align_sbjct json_results = dict() # Open notes.txt from database func_notes = {} notes_file = open(db_path + "/notes.txt") for line in notes_file: splitted_line = line.split(":") gene = splitted_line[0] func = splitted_line[1] func_notes[gene] = func hits = [] for db in results: contig_res = {} if db == 'excluded': continue db_name = str(dbs[db][0]) if db_name not in json_results: json_results[db_name] = {} if db not in json_results[db_name]: json_results[db_name][db] = {} if results[db] == "No hit found": json_results[db_name][db] = "No hit found" else: for contig_id, hit in results[db].items(): identity = float(hit["perc_ident"]) coverage = float(hit["perc_coverage"]) # Skip hits below coverage if coverage < (min_cov * 100) or identity < (threshold * 100): continue bit_score = identity * coverage if contig_id not in contig_res: contig_res[contig_id] = [] contig_res[contig_id].append([hit["query_start"], hit["query_end"], bit_score, hit]) if not contig_res: json_results[db_name][db] = "No hit found" # Check for overlapping hits, only report the best for contig_id, hit_lsts in contig_res.items(): hit_lsts.sort(key=lambda x: x[0]) hits = [hit[3] for hit in hit_lsts] for hit in hits: header = hit["sbjct_header"] tmp = header.split(":") try: gene = tmp[0] note = tmp[1] acc = tmp[2] except IndexError: gene = ":".join(tmp) print(gene) note = "" acc = "" try: variant = tmp[3] except IndexError: variant = "" identity = hit["perc_ident"] coverage = hit["perc_coverage"] sbj_length = hit["sbjct_length"] HSP = hit["HSP_length"] positions_contig = "%s..%s" % (hit["query_start"], hit["query_end"]) positions_ref = "%s..%s" % (hit["sbjct_start"], hit["sbjct_end"]) contig_name = hit["contig_name"] # Get protein function from notes_file if gene + note in func_notes: function = func_notes[gene + note].rstrip() elif gene + variant in func_notes: function = func_notes[gene + variant].rstrip() elif gene in func_notes: function = func_notes[gene].rstrip() else: function = "" # Write JSON results dict json_results[db_name][db].update({contig_id: {}}) json_results[db_name][db][contig_id] = { "virulence_gene": gene, "identity": round(identity, 2), "HSP_length": HSP, "template_length": sbj_length, "position_in_ref": positions_ref, "contig_name": contig_name, "positions_in_contig": positions_contig, "note": note, "accession": acc, "protein_function": function, "coverage": round(coverage, 2), "hit_id": contig_id} # Get run info for JSON file service = os.path.basename(__file__).replace(".py", "") date = time.strftime("%d.%m.%Y") time = time.strftime("%H:%M:%S") # Make JSON output file data = {service: {}} userinput = {"filename(s)": args.infile, "method": method, "file_format": file_format} run_info = {"date": date, "time": time} json_results=dict(sorted(json_results.items(), key=lambda x: x[0].lower())) data[service]["user_input"] = userinput data[service]["run_info"] = run_info data[service]["results"] = json_results pprint.pprint(data) # Save json output result_file = "{}/data.json".format(outdir) with open(result_file, "w") as outfile: json.dump(data, outfile) # Getting and writing out the results header = ["Virulence factor", "Identity", "Query / Template length", "Contig", "Position in contig", "Protein function", "Accession number"] if args.extented_output: # Define extented output table_filename = "{}/results_tab.tsv".format(outdir) query_filename = "{}/Hit_in_genome_seq.fsa".format(outdir) sbjct_filename = "{}/Virulence_genes.fsa".format(outdir) result_filename = "{}/results.txt".format(outdir) table_file = open(table_filename, "w") query_file = open(query_filename, "w") sbjct_file = open(sbjct_filename, "w") result_file = open(result_filename, "w") # Make results file result_file.write("{} Results\n\nOrganism(s): {}\n\n" .format(service, ",".join(species))) # Write tsv table rows = [["Database"] + header] for species, dbs_info in json_results.items(): for db_name, db_hits in dbs_info.items(): result_file.write("*" * len("\t".join(header)) + "\n") result_file.write(db_description[db_name] + "\n") db_rows = [] # Check it hits are found if isinstance(db_hits, str): content = [''] * len(header) content[int(len(header) / 2)] = db_hits result_file.write(text_table(header, [content]) + "\n") continue for gene_id, gene_info in sorted( db_hits.items(), key=lambda x: (x[1]['virulence_gene'], x[1]['accession'])): vir_gene = gene_info["virulence_gene"] identity = str(gene_info["identity"]) coverage = str(gene_info["coverage"]) template_HSP = ( "{hsp_len} / {template_len}". format(hsp_len=gene_info["HSP_length"], template_len=gene_info["template_length"])) position_in_ref = gene_info["position_in_ref"] position_in_contig = gene_info["positions_in_contig"] protein_function = gene_info["protein_function"] acc = gene_info["accession"] contig_name = gene_info["contig_name"] # Add rows to result tables db_rows.append([vir_gene, identity, template_HSP, contig_name, position_in_contig, protein_function, acc]) rows.append([db_name, vir_gene, identity, template_HSP, contig_name, position_in_contig, protein_function, acc]) # Write query fasta output hit_name = gene_info["hit_id"] query_seq = query_aligns[db_name][hit_name] sbjct_seq = sbjct_aligns[db_name][hit_name] if coverage == 100 and identity == 100: match = "PERFECT MATCH" else: match = "WARNING" qry_header = (">{}:{} ID:{}% COV:{}% Best_match:{}\n" .format(vir_gene, match, identity, coverage, gene_id)) query_file.write(qry_header) for i in range(0, len(query_seq), 60): query_file.write(query_seq[i:i + 60] + "\n") # Write template fasta output sbj_header = ">{}\n".format(gene_id) sbjct_file.write(sbj_header) for i in range(0, len(sbjct_seq), 60): sbjct_file.write(sbjct_seq[i:i + 60] + "\n") # Write db results tables in results file and table file result_file.write(text_table(header, db_rows) + "\n") result_file.write("\n") for row in rows: table_file.write("\t".join(row) + "\n") # Write allignment output result_file.write("\n\nExtended Output:\n\n") make_aln(result_file, json_results, query_aligns, homo_aligns, sbjct_aligns) # Close all files query_file.close() sbjct_file.close() table_file.close() result_file.close() if args.quiet: f.close()